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- PDB-4qy8: Crystal Structure of anti-MSP2 Fv fragment (mAb6D8) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qy8
タイトルCrystal Structure of anti-MSP2 Fv fragment (mAb6D8) in complex with 3D7-MSP2 14-30
要素
  • Fv fragment(mAb6D8) heavy chain
  • Fv fragment(mAb6D8) light chain
  • Merozoite surface antigen 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / N-TERMINAL MSP2 / unstructured antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell adhesion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Merozoite surface antigen 2 (MSA-2) / Merozoite Surface Antigen 2 (MSA-2) family / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Merozoite surface protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.353 Å
データ登録者Morales, R.A.V. / MacRaild, C.A. / Seow, J. / Bankala, K. / Drinkwater, N. / McGowan, S. / Rouet, R. / Christ, D. / Anders, R.F. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural basis for epitope masking and strain specificity of a conserved epitope in an intrinsically disordered malaria vaccine candidate.
著者: Morales, R.A. / MacRaild, C.A. / Seow, J. / Krishnarjuna, B. / Drinkwater, N. / Rouet, R. / Anders, R.F. / Christ, D. / McGowan, S. / Norton, R.S.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fv fragment(mAb6D8) heavy chain
B: Fv fragment(mAb6D8) light chain
Q: Merozoite surface antigen 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4183
ポリマ－26,4183
非ポリマー00
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.107, 60.323, 43.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fv fragment(mAb6D8) heavy chain


分子量: 12489.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fv fragment(mAb6D8) light chain


分子量: 11959.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド Merozoite surface antigen 2 / MEROZOITE SURFACE PROTEIN 2 / MSA-2 / 45 kDa merozoite surface antigen


分子量: 1969.252 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 33-49 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P50498
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 30% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.1M NaOAc, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→34.39 Å / Num. all: 44204 / Num. obs: 44204 / % possible obs: 97.4 %
反射 シェル解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QYO

4qyo


解像度: 1.353→34.23 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1647 2247 5.08 %
Rwork0.1518 --
obs0.1525 44199 97.27 %
all-44204 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.353→34.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 0 369 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.746673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3526-1.3820.25691330.25222517X-RAY DIFFRACTION94
1.382-1.41410.27191220.2462604X-RAY DIFFRACTION96
1.4141-1.44950.30161270.23312599X-RAY DIFFRACTION96
1.4495-1.48870.24671190.21052602X-RAY DIFFRACTION97
1.4887-1.53250.2291200.19632599X-RAY DIFFRACTION97
1.5325-1.5820.18481370.19142608X-RAY DIFFRACTION97
1.582-1.63850.2331360.17452629X-RAY DIFFRACTION97
1.6385-1.70410.17941350.1692616X-RAY DIFFRACTION97
1.7041-1.78170.18551450.15642592X-RAY DIFFRACTION97
1.7817-1.87560.15831570.15482625X-RAY DIFFRACTION98
1.8756-1.99310.16651330.13732650X-RAY DIFFRACTION98
1.9931-2.1470.14351550.13742619X-RAY DIFFRACTION98
2.147-2.3630.13941650.13182635X-RAY DIFFRACTION99
2.363-2.70480.17441610.13932650X-RAY DIFFRACTION99
2.7048-3.40720.1441410.13282696X-RAY DIFFRACTION99
3.4072-34.24060.13371610.13122711X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.5541 Å / Origin y: 16.9193 Å / Origin z: 32.9832 Å
111213212223313233
T0.0701 Å20.0128 Å20.0051 Å2-0.0781 Å20.018 Å2--0.0664 Å2
L0.7822 °20.2759 °20.3319 °2-1.1552 °20.4921 °2--0.6905 °2
S-0.05 Å °0.053 Å °0.0286 Å °-0.0482 Å °0.0451 Å °0.0517 Å °-0.0088 Å °0.0552 Å °0.0025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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