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- PDB-4qxa: Crystal structure of the Rab9A-RUTBC2 RBD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qxa
タイトルCrystal structure of the Rab9A-RUTBC2 RBD complex
要素
  • Ras-related protein Rab-9A
  • Small G protein signaling modulator 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/PROTEIN BINDING / PH domain / Rab9A / RUTBC2 / Rab binding domain / Rab9-effector complex / PROTEIN TRANSPORT-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOBTB3 ATPase cycle / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Rab protein signal transduction / retrograde transport, endosome to Golgi / phagocytic vesicle / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding ...RHOBTB3 ATPase cycle / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Rab protein signal transduction / retrograde transport, endosome to Golgi / phagocytic vesicle / GTPase activator activity / cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / late endosome / melanosome / protein transport / lysosome / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PH-domain like - #230 / Small G protein signalling modulator 1/2, PH domain / : / Small G protein signalling modulator 1/2, Rab-binding domain / Rab-binding domain (RBD) / Rab9 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain ...PH-domain like - #230 / Small G protein signalling modulator 1/2, PH domain / : / Small G protein signalling modulator 1/2, Rab-binding domain / Rab-binding domain (RBD) / Rab9 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Small G protein signaling modulator 1 / Ras-related protein Rab-9A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, Z. / Wang, S. / Ding, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the Rab9A-RUTBC2 RBD complex reveals the molecular basis for the binding specificity of Rab9A with RUTBC2.
著者: Zhang, Z. / Wang, S. / Shen, T. / Chen, J. / Ding, J.
履歴
登録2014年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-9A
B: Small G protein signaling modulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8694
ポリマ－44,3222
非ポリマー5472
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.776, 59.944, 127.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-9A / Rab9A / Sid 99


分子量: 23918.771 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-199 / 変異: Q66L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rab9a, Rab9, Sid99 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9R0M6
#2: タンパク質 Small G protein signaling modulator 1 / RUTBC2 RBD / RUN and TBC1 domain-containing protein 2


分子量: 20403.002 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 254-425 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sgsm1, Rutbc2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q8BPQ7
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % / Mosaicity: 0.96 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 20% (w/v) PEG 4000, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.7 % / 数: 107241 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.13 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18655 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955010.0440.9845.2
3.934.9510.0711.4785.3
3.443.9310.0791.3395.6
3.123.4410.0691.0135.9
2.93.1210.0871.3785.9
2.732.910.121.1355.9
2.592.7310.1571.1085.9
2.482.5910.2121.0035.9
2.382.4810.2890.9366
2.32.3810.3540.9466
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18655 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 39.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.128 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.3860.35418220.946100
2.38-2.4860.28918590.936100
2.48-2.595.90.21218541.003100
2.59-2.735.90.15718661.108100
2.73-2.95.90.1218641.135100
2.9-3.125.90.08718741.37899.9
3.12-3.445.90.06918671.01399.9
3.44-3.935.60.07918961.33999.5
3.93-4.955.30.07118501.47895.8
4.95-505.20.04419030.98492.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YZL

1yzl


解像度: 2.3→43.725 Å / FOM work R set: 0.8374 / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 961 5.21 %random
Rwork0.1806 ---
obs0.1831 18429 98.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.04 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 158.17 Å2 / Biso mean: 56.33 Å2 / Biso min: 18.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.3212 Å2-0 Å2-0 Å2
2---11.0952 Å20 Å2
3----6.226 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2559 0 33 104 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2163608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.308966
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.42130.29791500.225124672617100
2.4213-2.57290.30441470.215224582605100
2.5729-2.77160.29961410.197624922633100
2.7716-3.05040.2411350.191624962631100
3.0504-3.49170.23191480.167825102658100
3.4917-4.39850.22321260.16692527265398
4.3985-43.73280.18341140.17592518263293
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.8756 Å / Origin y: 19.684 Å / Origin z: -13.6395 Å
111213212223313233
T0.1879 Å2-0.003 Å2-0.0008 Å2-0.2277 Å20.035 Å2--0.2367 Å2
L1.3961 °2-0.2648 °2-0.2249 °2-2.7585 °20.6187 °2--4.0279 °2
S-0.0215 Å °0.0931 Å °0.0312 Å °-0.2117 Å °-0.0343 Å °-0.096 Å °-0.1639 Å °-0.0521 Å °0.0473 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 177
2X-RAY DIFFRACTION1allB254 - 424
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 301
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 302
5X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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