#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)
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集合体
登録構造単位
A: DNA polymerase IV C: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3') D: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*C)-3') ヘテロ分子
モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.92→19.96 Å / Num. all: 40545 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.014 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.2
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
MOLREP
位相決定
REFMAC
5.5.0109
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.777 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.251
2652
10.2 %
RANDOM
Rwork
0.215
-
-
-
obs
0.219
23266
95.6 %
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK