PDB-4qv2: Unliganded crystal structure of Feline Norovirus P Domain co-crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qv2

タイトル

Unliganded crystal structure of Feline Norovirus P Domain co-crystallized with HBGA A-trisaccharide

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Feline Norovirus / Capsid Protein / P domain / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus cat/GIV.2/CU081210E/USA/2010 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of a feline norovirus protruding domain.
著者: Singh, B.K. / Glatt, S. / Ferrer, J.L. / Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Dunder, J. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qv2.cif.gz	357 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qv2.ent.gz	294.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qv2_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qv2_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	4qv2_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	4qv2_validation.cif.gz	47.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4quzC 4qvaC 4qvjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4quz-d 5zvc-d 4rdj-d 4p26-1 3pun-d 4rdk-d 4p2n-2 4p3i-2 4qvj-d 4rpd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.480, 99.380, 59.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A
2	1	CHAIN B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 225 - 565 / Label seq-ID: 1 - 341

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	CHAIN A	A	A
2	CHAIN B	B	B

#1: タンパク質	VP1 分子量: 36662.984 Da / 分子数: 2 / 断片: P domain (UNP RESIDUES 225-565) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus cat/GIV.2/CU081210E/USA/2010 (ウイルス) 遺伝子: JF781268 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H8YRY9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, Glycerol, 2-propanol, Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.979701 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979701 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→49.4 Å / Num. obs: 83120 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.147 / Χ²: 0.972 / Net I/σ(I): 9.45

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.63-1.67		0.515	1.2	1.28	20360	6184	5680	1.404	91.8
1.67-1.71		0.611	0.012	1.61	25010	6054	6041	1.276	99.8
1.71-1.76		0.684	0.012	1.93	24172	5853	5843	1.142	99.8
1.76-1.82		0.767	0.012	2.38	23461	5675	5664	0.97	99.8
1.82-1.88		0.797	0.012	2.87	23041	5545	5536	0.834	99.8
1.88-1.94		0.857	0.012	3.76	21995	5305	5299	0.636	99.9
1.94-2.02		0.894	0.012	4.95	20977	5138	5110	0.471	99.5
2.02-2.1		0.918	0.012	6.17	19949	4967	4931	0.374	99.3
2.1-2.19		0.962	0.012	7.72	19903	4758	4759	0.274	100
2.19-2.3		0.971	0.012	9.01	19086	4575	4569	0.238	99.9
2.3-2.42		0.98	0.012	10.32	18080	4316	4311	0.2	99.9
2.42-2.57		0.983	0.012	11.43	17082	4082	4083	0.176	100
2.57-2.75		0.989	0.012	13.43	16152	3862	3855	0.137	99.8
2.75-2.97		0.993	0.012	15.43	14963	3587	3585	0.113	99.9
2.97-3.25		0.996	0.012	19.58	13628	3296	3286	0.079	99.7
3.25-3.63		0.997	0.012	24.87	12102	3000	2994	0.061	99.8
3.63-4.2		0.998	0.012	28.27	10720	2650	2650	0.05	100
4.2-5.14		0.998	0.012	33.51	9378	2240	2235	0.04	99.8
5.14-7.27		0.998	0.012	31.52	7345	1753	1746	0.041	99.6
	7.27	0.998	0.012	34.63	3736	981	943	0.037	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.79 Å	49.43 Å
Translation	6.79 Å	49.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→27.388 Å / FOM work R set: 0.9035 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	3784	5 %
R_work	0.1601	-	-
obs	0.1612	75647	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.89 Å² / B_iso mean: 18.45 Å² / B_iso min: 4.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→27.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4797	0	20	765	5582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	6764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	741
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.444	1743

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2844	X-RAY DIFFRACTION	1.876	TORSIONAL
1	2	B	2844	X-RAY DIFFRACTION	1.876	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.68-1.7013	0.2628	139	0.2375	2642	2781	100
1.7013-1.7236	0.2692	140	0.236	2655	2795	100
1.7236-1.7473	0.2997	140	0.2325	2665	2805	100
1.7473-1.7722	0.2447	139	0.2232	2639	2778	100
1.7722-1.7987	0.2527	141	0.2146	2682	2823	100
1.7987-1.8268	0.2208	138	0.197	2623	2761	100
1.8268-1.8567	0.1927	140	0.1907	2652	2792	100
1.8567-1.8887	0.2359	139	0.1927	2639	2778	100
1.8887-1.923	0.2203	142	0.1912	2691	2833	100
1.923-1.96	0.1966	139	0.1788	2645	2784	100
1.96-2	0.1934	140	0.1842	2654	2794	100
2-2.0435	0.2237	137	0.209	2609	2746	98
2.0435-2.091	0.204	140	0.1654	2659	2799	100
2.091-2.1433	0.1929	141	0.1602	2674	2815	100
2.1433-2.2012	0.1666	140	0.1458	2667	2807	100
2.2012-2.266	0.1671	139	0.1418	2637	2776	100
2.266-2.3391	0.1461	140	0.1365	2666	2806	100
2.3391-2.4226	0.1939	141	0.1429	2680	2821	100
2.4226-2.5195	0.1839	141	0.1488	2669	2810	100
2.5195-2.6341	0.1752	140	0.147	2658	2798	100
2.6341-2.7729	0.2055	140	0.1536	2661	2801	100
2.7729-2.9464	0.1807	141	0.1571	2668	2809	100
2.9464-3.1736	0.1562	141	0.1438	2683	2824	100
3.1736-3.4924	0.1546	141	0.1383	2684	2825	100
3.4924-3.9964	0.1665	141	0.1368	2678	2819	100
3.9964-5.03	0.1177	141	0.1225	2681	2822	100
5.03-27.392	0.1864	143	0.168	2702	2845	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9292	-0.0245	0.095	0.922	0.2509	0.8259	-0.0438	0.0413	-0.0404	0.0168	0.0076	0.1031	-0.0058	-0.0491	0.0197	0.0711	0.0004	0.003	0.0892	-0	0.1288	-4.0844	10.5082	59.2742
2	1.3656	-0.1815	0.2771	1.0724	0.0588	0.7455	-0.1036	-0.1955	0.1553	0.2147	0.0719	0.1303	-0.1054	-0.0764	0.0295	0.1527	0.0396	0.0348	0.1308	-0.0251	0.1447	-4.3454	21.2622	74.351
3	1.0116	-0.1307	0.0232	0.9923	0.1795	1.1603	-0.0465	0.189	-0.1711	-0.0794	-0.0412	0.1814	0.0939	-0.1352	0.0311	0.0989	-0.0138	0.0009	0.1396	-0.03	0.1856	-7.1607	1.5064	53.5812
4	0.8131	-0.0281	-0.3217	1.1807	-0.2765	0.974	-0.0325	0.0024	0.066	0.0044	0.0012	-0.1035	0.0102	0.0211	0.0235	0.0691	0.0027	-0.002	0.0909	-0.003	0.1097	17.4696	11.3528	59.4108
5	1.3679	-0.0919	-0.3552	1.1738	-0.1061	0.8701	-0.0943	-0.1606	-0.1314	0.22	0.0454	-0.0756	0.0916	0.0455	0.0482	0.1481	0.0337	-0.0158	0.1239	0.0131	0.1056	17.3984	0.7904	74.7977
6	0.7283	-0.1501	-0.1122	0.8432	0.15	1.6871	-0.0284	0.0482	0.1266	-0.0021	0.0007	-0.0985	-0.029	0.0253	0.024	0.0839	0.0041	0.003	0.0869	0.0011	0.1314	18.7766	17.7065	57.613
7	2.5797	0.3615	0.4677	2.4962	-0.6858	3.2002	-0.0455	0.1111	0.1974	-0.1339	-0.0202	-0.133	-0.1148	0.1239	0.0505	0.0903	-0.0211	0.0184	0.1149	0.0311	0.1464	23.3291	21.9421	48.7977
8	1.766	-0.0961	0.0615	1.6654	0.3749	0.7827	0.0023	0.2219	0.211	-0.1537	-0.0364	-0.1091	-0.0482	0.0712	0.0223	0.1286	-0.002	0.0035	0.125	0.0598	0.1463	21.1282	24.5788	47.6624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 225:290 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 330:453 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 454:565 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 225:290 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 328:453 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 454:518 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 519:538 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 539:565 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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