PDB-4rdj: Crystal structure of Norovirus Boxer P domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rdj

タイトル

Crystal structure of Norovirus Boxer P domain

要素

Capsid

キーワード

VIRAL PROTEIN / mixed alpha/beta structure / virus capsid / receptor binding / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Human calicivirus NLV/Boxer/2001/US (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Hao, N. / Chen, Y. / Xia, M. / Liu, W. / Tan, M. / Jiang, X. / Li, X.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of GI.8 Boxer virus P dimers in complex with HBGAs, a novel evolutionary path selected by the Lewis epitope.
著者: Hao, N. / Chen, Y. / Xia, M. / Tan, M. / Liu, W. / Guan, X. / Jiang, X. / Li, X. / Rao, Z.

履歴

登録	2014年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rdj.cif.gz	254.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rdj.ent.gz	204.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/4rdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rdkC 4rdlC 2zl7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rdk-d 5n7m-d 2zl7-d 4p1v-1 2zl5-d 4qv2-d 5gxg-d 3ast-d 3by2-2 4rdl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid

B: Capsid

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.867, 139.867, 64.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Capsid 分子量: 33758.879 Da / 分子数: 2 / 断片: Protrusion domain, UNP residues 227-526 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human calicivirus NLV/Boxer/2001/US (ウイルス) プラスミド: pGex-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BCA3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M LiCl, 18% (w/v) PEG 3350, 10% (v/v) MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月28日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 115571 / Num. obs: 115571 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 42.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZL7

2zl7

解像度: 1.5→29.377 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1627	5825	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1362	-	-	-
obs	0.1375	115416	99.99 %	-
all	-	115416	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.44 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3383 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.3383 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.6767 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.377 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4552	0	0	764	5316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4714
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	6458
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.32	1708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	864

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.5-1.517	0.2147	196	0.1465	3637
1.517-1.5349	0.2054	215	0.1374	3607
1.5349-1.5536	0.1961	198	0.1376	3672
1.5536-1.5733	0.1971	184	0.1374	3631
1.5733-1.594	0.1791	201	0.1341	3625
1.594-1.6158	0.172	195	0.1328	3629
1.6158-1.6389	0.1756	195	0.1245	3656
1.6389-1.6634	0.182	193	0.1272	3589
1.6634-1.6893	0.1503	211	0.1202	3620
1.6893-1.717	0.1626	200	0.1164	3668
1.717-1.7466	0.1684	189	0.1162	3620
1.7466-1.7784	0.1555	168	0.1116	3655
1.7784-1.8126	0.1729	188	0.1116	3657
1.8126-1.8496	0.1593	190	0.117	3655
1.8496-1.8898	0.1469	204	0.1156	3628
1.8898-1.9337	0.1562	200	0.1185	3613
1.9337-1.9821	0.1559	188	0.1171	3674
1.9821-2.0357	0.1547	196	0.1224	3605
2.0357-2.0956	0.1326	187	0.1219	3680
2.0956-2.1632	0.1542	202	0.1273	3671
2.1632-2.2405	0.1749	199	0.1285	3625
2.2405-2.3301	0.1442	198	0.1253	3659
2.3301-2.4361	0.1478	177	0.1268	3652
2.4361-2.5645	0.1522	186	0.1385	3684
2.5645-2.7251	0.1828	199	0.1489	3660
2.7251-2.9353	0.1684	183	0.1439	3669
2.9353-3.2304	0.1754	181	0.1458	3720
3.2304-3.697	0.1689	198	0.1448	3658
3.697-4.6549	0.128	195	0.1324	3712
4.6549-29.3825	0.1867	209	0.1796	3760

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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