PDB-4quz: Crystal structure of Feline Norovirus P Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4quz

タイトル

Crystal structure of Feline Norovirus P Domain

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Feline Norovirus / Viral capsid protein / P domain / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus cat/GIV.2/CU081210E/USA/2010 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of a feline norovirus protruding domain.
著者: Singh, B.K. / Glatt, S. / Ferrer, J.L. / Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Dunder, J. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4quz.cif.gz	250.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4quz.ent.gz	203.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4quz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/4quz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/4quz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qv2C 4qvaC 4qvjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qv2-d 5zvc-d 4qvj-d 3pun-d 4p26-1 4rpd-d 3r6k-1 4rdk-d 5gxg-d 4rdj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.740, 99.920, 59.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A
2	1	CHAIN B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 225 - 565 / Label seq-ID: 1 - 341

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	CHAIN A	A	A
2	CHAIN B	B	B

#1: タンパク質	VP1 分子量: 36662.984 Da / 分子数: 2 / 断片: P domain (UNP RESIDUES 225-565) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus cat/GIV.2/CU081210E/USA/2010 (ウイルス) 遺伝子: JF781268 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H8YRY9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, Glycerol, 2-propanol, Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.979738 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979738 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→49.634 Å / Num. obs: 37583 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 19.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.204 / Χ²: 0.937 / Net I/σ(I): 5.26

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.16		0.614	0.765	1.38	5241	2866	2137	0.956	74.6
2.16-2.22		0.71	0.717	1.72	8135	2812	2788	0.88	99.1
2.22-2.28		0.737	0.557	2.51	7713	2706	2639	0.684	97.5
2.28-2.35		0.795	0.777	1.8	7706	2644	2572	0.948	97.3
2.35-2.43		0.808	0.57	2.13	7605	2540	2527	0.696	99.5
2.43-2.52		0.78	0.609	2.28	7374	2490	2465	0.744	99
2.52-2.61		0.813	0.553	2.4	7221	2381	2368	0.673	99.5
2.61-2.72		0.886	0.413	2.98	6950	2295	2277	0.503	99.2
2.72-2.84		0.915	0.356	3.35	6758	2213	2200	0.433	99.4
2.84-2.98		0.918	0.317	3.88	6487	2125	2107	0.385	99.2
2.98-3.14		0.957	0.215	5.32	6053	1994	1974	0.262	99
3.14-3.33		0.968	0.16	7.1	5793	1908	1888	0.194	99
3.33-3.56		0.98	0.126	8.53	5209	1766	1738	0.154	98.4
3.56-3.84		0.979	0.111	9.81	4723	1691	1622	0.137	95.9
3.84-4.21		0.987	0.091	11.05	4440	1522	1474	0.112	96.8
4.21-4.71		0.993	0.067	13.54	4246	1386	1359	0.08	98.1
4.71-5.43		0.992	0.065	13.97	3807	1235	1210	0.079	98
5.43-6.66		0.993	0.064	13.57	3281	1053	1033	0.077	98.1
6.66-9.41		0.995	0.054	15.14	2518	807	796	0.065	98.6
	9.41	0.994	0.047	18.14	1220	469	409	0.057	87.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.16 Å	49.63 Å
Translation	2.16 Å	49.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→49.634 Å / FOM work R set: 0.8016 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2677	1378	5 %
R_work	0.2143	-	-
obs	0.2169	27538	98.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.17 Å² / B_iso mean: 38.67 Å² / B_iso min: 14.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4787	0	20	206	5013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4938
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	6746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	895
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.779	1749

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2840	X-RAY DIFFRACTION	5.648	TORSIONAL
1	2	B	2840	X-RAY DIFFRACTION	5.648	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.434	0.2903	138	0.2516	2615	2753	99
2.434-2.5315	0.3089	138	0.2723	2627	2765	99
2.5315-2.6467	0.3294	138	0.2565	2619	2757	99
2.6467-2.7862	0.3078	139	0.2576	2634	2773	99
2.7862-2.9607	0.3112	139	0.2599	2634	2773	99
2.9607-3.1893	0.2588	137	0.2335	2622	2759	99
3.1893-3.5102	0.2823	138	0.2101	2625	2763	99
3.5102-4.0179	0.2699	135	0.2112	2555	2690	96
4.0179-5.0613	0.2047	137	0.1585	2607	2744	98
5.0613-49.645	0.2205	139	0.1649	2622	2761	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4832	-0.0516	0.2146	0.9799	-0.0027	1.1812	-0.0169	0.0298	0.0401	-0.0176	-0.0104	0.1822	-0.0086	0.028	0.012	0.2138	-0.0029	-0.0398	0.2747	-0.0041	0.5384	44.3167	9.0108	116.8819
2	2.6896	0.153	0.7355	1.2685	-0.0979	1.0457	-0.1232	-0.3501	0.4544	0.3108	0.0622	0.2542	-0.0521	-0.1447	0.0747	0.3084	0.0674	0.0078	0.3284	-0.0722	0.3754	45.0991	21.9535	133.6037
3	0.5891	-0.3752	-0.35	1.378	0.3849	0.8965	-0.0022	0.1331	-0.1597	-0.1244	-0.0295	0.2871	0.1223	-0.0575	0.018	0.2251	-0.0278	-0.0383	0.2826	-0.0147	0.4045	41.94	1.4062	112.0804
4	0.2824	0.087	-0.0536	0.7737	-0.1972	0.6827	-0.0444	-0.1062	-0.1651	0.0665	0.0134	-0.1944	0.0876	-0.0038	0.0335	0.1741	0.0089	-0.0185	0.2632	0.0057	0.3522	66.4015	5.927	124.3024
5	1.5236	-0.2409	-0.4683	1.4223	-0.0369	0.9789	-0.1068	-0.2765	-0.0442	0.2463	0.0786	-0.254	0.0212	0.1331	0.0397	0.2954	0.0632	-0.075	0.3366	0.022	0.4099	67.1897	2.0086	134.053
6	0.4285	-0.3174	0.2718	1.5598	-0.3528	1.4649	0.0302	0.0499	0.2561	-0.084	-0.1187	-0.2811	-0.1407	0.0747	0.0799	0.2211	0.0012	-0.0154	0.307	0.0226	0.4356	69.6187	20.1543	111.994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 225:285 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 286:453 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 454:565 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 225:345 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 346:453 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 454:565 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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