ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB XSCALEデータスケーリング Show PHASER2.5.2位相決定 Show PHENIX1.8.2_1309精密化 Show PDB_EXTRACT3.14 データ抽出 Show XDSデータスケーリング XDSデータ削減
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.35→49.634 Å / FOM work R set : 0.8016 / SU ML : 0.3 / σ(F) : 1.99 / 位相誤差 : 27.06 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2677 1378 5 % Rwork 0.2143 - - obs 0.2169 27538 98.46 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 77.17 Å2 / Biso mean : 38.67 Å2 / Biso min : 14.05 Å2 精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.35→49.634 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4787 0 20 206 5013
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.004 4938 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.832 6746 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.033 738 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.006 895 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d13.779 1749
Refine LS restraints NCS Ens-ID Dom-ID Auth asym-ID 数 Refine-ID Rms タイプ 1 1 A2840 X-RAY DIFFRACTION 5.648 TORSIONAL1 2 B2840 X-RAY DIFFRACTION 5.648 TORSIONAL
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 10
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)2.35-2.434 0.2903 138 0.2516 2615 2753 99 2.434-2.5315 0.3089 138 0.2723 2627 2765 99 2.5315-2.6467 0.3294 138 0.2565 2619 2757 99 2.6467-2.7862 0.3078 139 0.2576 2634 2773 99 2.7862-2.9607 0.3112 139 0.2599 2634 2773 99 2.9607-3.1893 0.2588 137 0.2335 2622 2759 99 3.1893-3.5102 0.2823 138 0.2101 2625 2763 99 3.5102-4.0179 0.2699 135 0.2112 2555 2690 96 4.0179-5.0613 0.2047 137 0.1585 2607 2744 98 5.0613-49.645 0.2205 139 0.1649 2622 2761 97
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.4832 -0.0516 0.2146 0.9799 -0.0027 1.1812 -0.0169 0.0298 0.0401 -0.0176 -0.0104 0.1822 -0.0086 0.028 0.012 0.2138 -0.0029 -0.0398 0.2747 -0.0041 0.5384 44.3167 9.0108 116.8819 2 2.6896 0.153 0.7355 1.2685 -0.0979 1.0457 -0.1232 -0.3501 0.4544 0.3108 0.0622 0.2542 -0.0521 -0.1447 0.0747 0.3084 0.0674 0.0078 0.3284 -0.0722 0.3754 45.0991 21.9535 133.6037 3 0.5891 -0.3752 -0.35 1.378 0.3849 0.8965 -0.0022 0.1331 -0.1597 -0.1244 -0.0295 0.2871 0.1223 -0.0575 0.018 0.2251 -0.0278 -0.0383 0.2826 -0.0147 0.4045 41.94 1.4062 112.0804 4 0.2824 0.087 -0.0536 0.7737 -0.1972 0.6827 -0.0444 -0.1062 -0.1651 0.0665 0.0134 -0.1944 0.0876 -0.0038 0.0335 0.1741 0.0089 -0.0185 0.2632 0.0057 0.3522 66.4015 5.927 124.3024 5 1.5236 -0.2409 -0.4683 1.4223 -0.0369 0.9789 -0.1068 -0.2765 -0.0442 0.2463 0.0786 -0.254 0.0212 0.1331 0.0397 0.2954 0.0632 -0.075 0.3366 0.022 0.4099 67.1897 2.0086 134.053 6 0.4285 -0.3174 0.2718 1.5598 -0.3528 1.4649 0.0302 0.0499 0.2561 -0.084 -0.1187 -0.2811 -0.1407 0.0747 0.0799 0.2211 0.0012 -0.0154 0.307 0.0226 0.4356 69.6187 20.1543 111.994
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 CHAIN A AND (RESID 225:285 )2 X-RAY DIFFRACTION 2 CHAIN A AND (RESID 286:453 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 CHAIN A AND (RESID 454:565 )4 X-RAY DIFFRACTION 4 CHAIN B AND (RESID 225:345 )5 X-RAY DIFFRACTION 5 CHAIN B AND (RESID 346:453 )6 X-RAY DIFFRACTION 6 CHAIN B AND (RESID 454:565 )