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- PDB-4qtp: Crystal Structure of an Anti-sigma Factor Antagonist from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qtp
タイトルCrystal Structure of an Anti-sigma Factor Antagonist from Mycobacterium paratuberculosis
要素Anti-sigma factor antagonist
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / STAS domain / Anti-sigma factor antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


anti-sigma factor antagonist activity
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor antagonist / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Anti-sigma factor antagonist
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dranow, D.M. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of an Anti-sigma Factor Antagonist from Mycobacterium paratuberculosis
著者: Dranow, D.M. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2014年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anti-sigma factor antagonist
B: Anti-sigma factor antagonist
C: Anti-sigma factor antagonist
D: Anti-sigma factor antagonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,79224
ポリマ－59,9404
非ポリマー1,85220
水7,188399
1
A: Anti-sigma factor antagonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4556
ポリマ－14,9851
非ポリマー4705
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anti-sigma factor antagonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3935
ポリマ－14,9851
非ポリマー4084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Anti-sigma factor antagonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5508
ポリマ－14,9851
非ポリマー5657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Anti-sigma factor antagonist
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3935
ポリマ－14,9851
非ポリマー4084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.170, 58.300, 58.900
Angle α, β, γ (deg.)69.660, 78.610, 78.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARGAA2 - 11624 - 138
21SERSERARGARGBB2 - 11624 - 138
12SERSERARGARGAA2 - 11624 - 138
22SERSERARGARGCC2 - 11624 - 138
13ALAALAARGARGAA3 - 11625 - 138
23ALAALAARGARGDD3 - 11625 - 138
14LEULEUASPASPBB1 - 11723 - 139
24LEULEUASPASPCC1 - 11723 - 139
15ALAALAARGARGBB3 - 11625 - 138
25ALAALAARGARGDD3 - 11625 - 138
16ALAALAARGARGCC3 - 11625 - 138
26ALAALAARGARGDD3 - 11625 - 138

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

-
要素

#1: タンパク質
Anti-sigma factor antagonist


分子量: 14984.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: MAP_0380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q744G1
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: JCSG(a3): 20% PEG-3350, 200mM ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 55656 / Num. obs: 54310 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 29.227 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 19.76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.9-1.950.4413.1215874399596.3
1.95-20.3464.0515501390196.7
2-2.060.2834.9114893374896.8
2.06-2.120.2266.3314421364097
2.12-2.190.1777.8814077355497.1
2.19-2.270.1519.2313809348297
2.27-2.360.12810.7413182332997.5
2.36-2.450.10712.8112807323997.5
2.45-2.560.08615.3612186308197.7
2.56-2.690.06819.2211693295797.9
2.69-2.830.05822.2811073280498.2
2.83-30.04626.710538267098.1
3-3.210.0430.110016254198.3
3.21-3.470.0338.919234234898.3
3.47-3.80.02545.678342211998.8
3.8-4.250.02250.357799198498.7
4.25-4.910.01954.136827173198.8
4.91-6.010.0251.135688144898.6
6.01-8.50.0251.884440113198.9
8.50.01760.85227360897.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.1829 / WRfactor Rwork: 0.1564 / FOM work R set: 0.8671 / SU B: 4.031 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1109 / SU Rfree: 0.1069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1932 2603 5 %RANDOM
Rwork0.1659 ---
obs0.1672 52225 93.99 %-
all-54828 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.53 Å2 / Biso mean: 24.449 Å2 / Biso min: 7.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.03 Å2-0.01 Å2
2---0.09 Å20.43 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 122 399 3842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.023457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5412.0214863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42337991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4715483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.46424.766107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99415513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0091513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4931.6251887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4931.6231886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5072.4132361
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A68520.07
12B68520.07
21A64290.13
22C64290.13
31A63780.13
32D63780.13
41B64590.13
42C64590.13
51B63680.13
52D63680.13
61C65850.04
62D65850.04
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 173 -
Rwork0.245 3295 -
all-3468 -
obs--83.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5011-0.5595-0.44611.61650.27120.9225-0.0221-0.00020.03770.09690.01340.09840.0587-0.01490.00870.0269-0.0111-0.0120.0726-0.01430.115112.035516.152853.8212
23.3495-1.2341.66023.48730.89968.02970.2739-0.17690.5709-0.0245-0.0462-0.1906-0.4311-0.1225-0.22760.1105-0.03880.04670.0621-0.02390.237315.639427.810854.4867
30.3603-0.6656-0.29531.31780.58711.6193-0.03240.0216-0.00160.07690.0276-0.01640.09380.08320.00480.0233-0.0104-0.00680.0901-0.01620.101141.103931.228564.8299
43.42161.7443-1.48029.3855-0.76343.88020.28380.4294-0.3263-0.5251-0.3009-0.04590.2061-0.02450.01710.13760.0444-0.05380.1811-0.06050.089537.727326.643453.9188
50.0854-0.2537-0.12581.6993-0.68771.7076-0.00690.0178-0.03020.19720.07480.0611-0.2097-0.1169-0.06790.0822-0.0008-0.00140.0633-0.01150.088218.214-1.103870.5144
66.0649-1.09521.59867.42392.104922.2053-0.32370.11290.27310.93850.4370.5886-1.6129-0.8221-0.11330.37610.20580.19620.15950.11910.19067.03773.236780.0794
70.1145-0.1845-0.24831.334-0.56782.2851-0.0101-0.04220.0184-0.1567-0.0518-0.02780.31250.09070.06190.08110.0013-0.01210.06060.01030.083234.999121.59485.6509
83.9245-0.3664-4.81063.8329-1.85577.5498-0.2552-0.263-0.0259-0.5134-0.1011-0.3561.09090.45890.35630.8150.1150.17050.04860.04540.103641.835312.586190.0744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2A98 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4B98 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6C108 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7D67
8X-RAY DIFFRACTION8D98 - 117

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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