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万見
- PDB-4qtb: Structure of human ERK1 in complex with SCH772984 revealing a nov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qtb
タイトルStructure of human ERK1 in complex with SCH772984 revealing a novel inhibitor-induced binding pocket
要素Mitogen-activated protein kinase 3
キーワードTransferase/transferase inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE / kinase / MAPK / signalling / inhibitor / allosteric / Structural Genomics Consortium (SGC) / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of xenophagy / xenophagy / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / interleukin-34-mediated signaling pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development ...negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of xenophagy / xenophagy / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / interleukin-34-mediated signaling pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / RSK activation / positive regulation of cyclase activity / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / phosphorylation / cartilage development / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / interleukin-1-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / MAPK3 (ERK1) activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / signal transduction in response to DNA damage / MAP kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / BMP signaling pathway / Signal attenuation / phosphatase binding / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / phosphotyrosine residue binding / sensory perception of pain / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / RNA Polymerase I Promoter Opening / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / Negative regulation of FGFR3 signaling / ESR-mediated signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / thymus development / Negative regulation of FGFR1 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of PTEN gene transcription / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Signal transduction by L1 / Spry regulation of FGF signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Oncogene Induced Senescence / FCERI mediated MAPK activation / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / modulation of chemical synaptic transmission / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Negative regulation of MAPK pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Interferon gamma signaling
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38Z / Mitogen-activated protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Keates, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A unique inhibitor binding site in ERK1/2 is associated with slow binding kinetics.
著者: Chaikuad, A. / M C Tacconi, E. / Zimmer, J. / Liang, Y. / Gray, N.S. / Tarsounas, M. / Knapp, S.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 3
B: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,50532
ポリマ－86,5552
非ポリマー2,95030
水20,0151111
1
A: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,96019
ポリマ－43,2781
非ポリマー1,68218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,54513
ポリマ－43,2781
非ポリマー1,26712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.980, 94.010, 65.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 3 / MAP kinase 3 / MAPK 3 / ERT2 / Extracellular signal-regulated kinase 1 / ERK-1 / Insulin-stimulated ...MAP kinase 3 / MAPK 3 / ERT2 / Extracellular signal-regulated kinase 1 / ERK-1 / Insulin-stimulated MAP2 kinase / MAP kinase isoform p44 / p44-MAPK / Microtubule-associated protein 2 kinase / p44-ERK1


分子量: 43277.566 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERK1, MAPK3, PRKM3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P27361, mitogen-activated protein kinase

-
非ポリマー , 6種, 1141分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-38Z / (3R)-1-(2-oxo-2-{4-[4-(pyrimidin-2-yl)phenyl]piperazin-1-yl}ethyl)-N-[3-(pyridin-4-yl)-2H-indazol-5-yl]pyrrolidine-3-carboxamide / SCH-772984


分子量: 587.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H33N9O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 33% PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.0 and 0.2 M lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91997 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月5日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.15 Å / Num. all: 140419 / Num. obs: 140385 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 19971 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2ZOQ

2zoq


解像度: 1.4→32.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.892 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17505 7044 5 %RANDOM
Rwork0.14704 ---
obs0.14846 133341 95.55 %-
all-140385 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å2-0.07 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----0.38 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.143 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→32.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5692 0 193 1111 6996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0196273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9748500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.789314079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6955767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1423.603297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.41151126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7931548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0217316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9870.8952880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9730.8932879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5551.3393619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5551.3393619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8121.1283393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8121.1283393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.781.5984848
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.2529.9198320
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.2529.9178318
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 500 -
Rwork0.266 9557 -
obs--92.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1775-0.0042-0.03320.1231-0.04920.2187-0.01110.0028-0.02020.00090.01650.0054-0.0125-0.0028-0.00540.01980.0037-0.00330.0248-0.00450.038431.88346.56557.034
20.33760.37730.81650.75790.53473.36250.0505-0.0275-0.03260.0227-0.0423-0.15080.0679-0.052-0.00810.0226-0.00770.00320.0367-0.00430.075954.23950.04149.561
30.33770.02350.09010.04980.04450.2393-0.01130.00950.0237-0.00690.0105-0.0011-0.00740.00580.00080.0230.00610.00250.01670.00070.039856.59830.85690.64
40.9390.581-1.3860.7833-0.44253.52420.0624-0.09580.02740.0276-0.06370.122-0.05830.10750.00130.0215-0.00690.00510.03440.00790.059734.83227.50781.855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2A350 - 374
3X-RAY DIFFRACTION3B27 - 349
4X-RAY DIFFRACTION4B350 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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