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- PDB-4qrp: Crystal Structure of HLA B*0801 in complex with HSKKKCDEL and DD31 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qrp
タイトルCrystal Structure of HLA B*0801 in complex with HSKKKCDEL and DD31 TCR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • DD31 TCR alpha chain
  • DD31 TCR beta chain
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
  • NS3-4A protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*0801 / human hepatitis C virus / TCR / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / transformation of host cell by virus / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / serine-type peptidase activity ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / transformation of host cell by virus / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / serine-type peptidase activity / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / defense response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / protein-folding chaperone binding / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / RNA helicase activity / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...: / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Helicase, C-terminal / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gras, S. / Berry, R. / Lucet, I.S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: An Extensive Antigenic Footprint Underpins Immunodominant TCR Adaptability against a Hypervariable Viral Determinant.
著者: Nivarthi, U.K. / Gras, S. / Kjer-Nielsen, L. / Berry, R. / Lucet, I.S. / Miles, J.J. / Tracy, S.L. / Purcell, A.W. / Bowden, D.S. / Hellard, M. / Rossjohn, J. / McCluskey, J. / Bharadwaj, M.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32020年9月16日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct_keywords / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details ..._struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: NS3-4A protein
D: DD31 TCR alpha chain
E: DD31 TCR beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: NS3-4A protein
I: DD31 TCR beta chain
J: DD31 TCR alpha chain
K: DD31 TCR alpha chain
L: DD31 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,51727
ポリマ－240,92512
非ポリマー1,59215
水1,00956
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: NS3-4A protein
D: DD31 TCR alpha chain
E: DD31 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6789
ポリマ－95,2755
非ポリマー4044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: NS3-4A protein
I: DD31 TCR beta chain
J: DD31 TCR alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,80510
ポリマ－95,2755
非ポリマー5315
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: DD31 TCR alpha chain
L: DD31 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0348
ポリマ－50,3762
非ポリマー6586
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: NS3-4A protein
I: DD31 TCR beta chain
J: DD31 TCR alpha chain
ヘテロ分子

D: DD31 TCR alpha chain
E: DD31 TCR beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: NS3-4A protein
K: DD31 TCR alpha chain
L: DD31 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,51727
ポリマ－240,92512
非ポリマー1,59215
水1629
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29680 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area97240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.160, 252.190, 79.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

-
タンパク質 , 4種, 10分子 AFBGDJKEIL

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-8 alpha chain / MHC class I antigen B*8


分子量: 31927.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30460, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 DD31 TCR alpha chain


分子量: 22741.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質 DD31 TCR beta chain


分子量: 27634.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド NS3-4A protein


分子量: 1091.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: X2G898

-
非ポリマー , 3種, 71分子

#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 16% PEG 4K, 0.1 tri-Na citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 62727 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 63.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 9.62
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-30.5742.82199.9
3-3.10.4383.68199.8
3.1-3.20.3584.391100
3.2-3.30.2815.45199.9
3.3-3.40.2376.23199.8
3.4-3.50.2067.121100
3.5-40.1439.54199.9
4-50.08814.11199.8
5-60.08114.87199.8
6-100.06416.85199.8
100.04821.25187

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M05, PDB ENTRY 1KGC

1m05

1kgc


解像度: 2.9→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8428 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 3181 5.07 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2086 62723 99.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5789 Å20 Å214.6239 Å2
2---10.4416 Å20 Å2
3---6.8627 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.439 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16833 0 15 56 16904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00717250HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9923437HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5888SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes493HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2489HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17250HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2190SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18156SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3152 236 5.07 %
Rwork0.2559 4416 -
all0.2588 4652 -
obs--99.93 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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