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万見
- PDB-4qnn: Crystal Structure of phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qnn
タイトルCrystal Structure of phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom
要素Phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom
キーワードHYDROLASE / alpha / bata hydrolase family fold / Phospholipase A1 / Phospholipid
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / 1-acyl-2-lysophosphatidylserine acylhydrolase activity / phospholipase A1 activity / hemolysis in another organism / triacylglycerol lipase activity / lipid metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Vespid venom allergen phospholipase A1 / Triacylglycerol lipase family / Lipase / Lipase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phospholipase A1
類似検索 - 構成要素
生物種Vespa basalis (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chuang, C.Y. / Ko, T.P. / Wang, A.H.J. / Hou, M.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom
著者: Chuang, C.Y. / Ko, T.P. / Wang, A.H.J. / Hou, M.H.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom
B: Phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom
C: Phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom
D: Phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,37431
ポリマ－132,9214
非ポリマー1,45327
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-341 kcal/mol
Surface area44760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.276, 70.147, 81.724
Angle α, β, γ (deg.)107.14, 109.99, 100.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Phospholipase A 1 from hornet(Vespa basalis) venom


分子量: 33230.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vespa basalis (昆虫) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW3*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris HCl pH 8.0, 25% PEG4000 500ml precipitation, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL17B2 / 波長: 1.5418 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月7日
放射モノクロメーター: Water-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 35849 / Num. obs: 35849 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.5-2.59195
2.59-2.69195.2
2.69-2.82195.9
2.82-2.96196
2.96-3.15196.3
3.15-3.39196.6
3.39-3.73197
3.73-4.27197.7
4.27-5.38198
5.38-50197.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC精密化
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2789 1936 RANDOM
Rwork0.2042 --
all0.207935 37345 -
obs0.2042 35409 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9168 0 27 477 9672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.166
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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