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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qmb | ||||||
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タイトル | The structure of inorganic pyrophosphatase from Schistosoma japonicum | ||||||
要素 | SJCHGC07024 protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / METAL BINDING PROTEIN / pyrophosphatase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Q.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure and function of inorganic pyrophosphatase from Schistosoma japonicum 著者: Wu, Q.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qmb.cif.gz | 238.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qmb.ent.gz | 193.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qmb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qmb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1e9gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32713.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう) プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5DE13 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 6.8, 2M NH4SO4, 0.04M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9707 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9707 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.603→37.88 Å / Num. all: 24093 / Num. obs: 24093 / % possible obs: 99.69 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.603→2.696 Å / % possible all: 99.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1E9G 解像度: 2.603→37.875 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.603→37.875 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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