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- PDB-4qm8: Crystal Structure of a Putative Cysteine Dioxygnase From Bacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qm8
タイトルCrystal Structure of a Putative Cysteine Dioxygnase From Bacillus subtilis: A Alternative Modeling of 3EQE
要素Cysteine dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cupin Fold / Cysteine dioxygnease
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / : / Cysteine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Hartman, S.H. / Driggers, C.M. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structures of Arg- and Gln-type bacterial cysteine dioxygenase homologs.
著者: Driggers, C.M. / Hartman, S.J. / Karplus, P.A.
履歴
登録2014年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 4QM8 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R3EQESF DETERMINED ...THIS ENTRY 4QM8 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R3EQESF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 3EQE:S.M.VOROBIEV,M.SU,J.SEETHARAMAN,J.BENACH,F.FOROUHAR, G.CLAYTON,B.COOPER,H.WANG,E.L.FOOTE,C.CICCOSANTI,L.MAO, R.XIAO,T.B.ACTON,G.T.MONTELIONE,J.F.HUNT,L.TONG,NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine dioxygenase
B: Cysteine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1456
ポリマ－39,7912
非ポリマー3544
水1,13563
1
A: Cysteine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0723
ポリマ－19,8951
非ポリマー1772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cysteine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0723
ポリマ－19,8951
非ポリマー1772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.830, 65.830, 197.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Cysteine dioxygenase / CDO


分子量: 19895.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU31140, cdoA, Cysteine Dioxygenase, yubC / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: O32085, cysteine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細AUTHORS HAVE DECLARED THAT THE ACTIVE SITE DENSITY AT THIS RESOLUTION IS NOT DEFINITIVE, SO TO BE ...AUTHORS HAVE DECLARED THAT THE ACTIVE SITE DENSITY AT THIS RESOLUTION IS NOT DEFINITIVE, SO TO BE CONSERVATIVE OUR FINAL REFINEMENT AND DEPOSITION USED THE MINIMAL INTERPRETATION OF THREE WATERS IN THE ACTIVE SITE. TO ENSURE THAT USERS OF THE COORDINATES ARE AWARE THAT CYS MAY BE BOUND, WE ALSO INCLUDE IN THE FILE, WITH OCCUPANCY SET TO ZERO, THE COORDINATES AND B-FACTORS WE OBTAINED BY REFINING A BOUND CYS AT 100% OCCUPANCY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3EQE.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXDE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化解像度: 2.82→46.51 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 465 4.19 %
Rwork0.177 --
obs0.18 11097 99.6 %
all-19930 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→46.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 16 63 2431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1743273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.395891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8203-3.22830.3031470.22053408X-RAY DIFFRACTION99
3.2283-4.06690.2771520.19823498X-RAY DIFFRACTION100
4.0669-46.51970.23181660.15623726X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.21443.0178-0.40067.1499-0.1943.75450.0274-0.01360.1388-0.09070.0361-0.46680.00370.168-0.02670.58860.01520.04160.3245-0.00650.3469-39.7633-19.2955141.5321
27.03650.9998-0.33363.9853-1.83593.9340.23180.1474-0.4566-0.0828-0.12070.04590.58310.005-0.12910.688-0.0340.05150.372-0.07350.4085-39.10921.9788121.6725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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