[日本語] English
万見
- PDB-4qjh: Crystal Structure of the Twister Ribozyme with the Nucleotide 5'-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qjh
タイトルCrystal Structure of the Twister Ribozyme with the Nucleotide 5'- to the Cleavage Site Ordered at 4.1 A Resolution
要素(Twister Ribozyme) x 2
キーワードRNA / small self-cleaving ribozyme
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者Eiler, D.R. / Wang, J. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the fast self-cleavage reaction catalyzed by the twister ribozyme.
著者: Eiler, D. / Wang, J. / Steitz, T.A.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Twister Ribozyme
B: Twister Ribozyme
C: Twister Ribozyme
D: Twister Ribozyme
E: Twister Ribozyme
F: Twister Ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,04110
ポリマ－71,9446
非ポリマー974
水1086
1
A: Twister Ribozyme
B: Twister Ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0063
ポリマ－23,9812
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
2
C: Twister Ribozyme
D: Twister Ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0545
ポリマ－23,9812
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
3
E: Twister Ribozyme
F: Twister Ribozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9812
ポリマ－23,9812
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.770, 228.770, 101.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

MG

21E-101-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 Twister Ribozyme


分子量: 8257.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 Twister Ribozyme


分子量: 15723.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase.
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 160 mM sodium citrate, pH 4.6, 700 mM ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, 3% pentaerythriotol ethoxylate (3/4 EO/OH), 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11.1051
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.8456
シンクロトロンAPS 24-ID-C31.8445
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2014年2月21日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2014年2月21日
DECTRIS PILATUS 6M-F3PIXEL2014年2月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1cryo-cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2cryo-cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3cryo-cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10511
21.84561
31.84451
反射解像度: 2.018→198.121 Å / Num. all: 99843 / Num. obs: 12154 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
4.1-4.2640.73.8521,2,3100
4.26-4.381,2,3100
4.38-4.521,2,3100
4.52-4.671,2,3100
4.67-4.831,2,3100
4.83-501,2,399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
HKL2Mapモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.88→198.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 40.977 / SU ML: 0.512 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.53 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23224 600 4 %RANDOM
Rwork0.18525 ---
obs0.1873 14227 99.4 %-
all-14918 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 146.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å2-0.42 Å2-0 Å2
2---0.85 Å2-0 Å2
3---2.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.88→198.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4764 4 6 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0115332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.3138295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.214.6825328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.01610670
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.88→3.981 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.373 993 -
obs--92.98 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る