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万見
- PDB-4qj7: Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qj7
タイトルCrystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (R452S)
要素
  • Protease
  • p1-p6 peptide
キーワードHYDROLASE / co-evolution / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Gag polyprotein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Lin, K.H. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
著者: Ozen, A. / Lin, K.H. / Kurt Yilmaz, N. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
C: Protease
D: Protease
F: p1-p6 peptide
G: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8099
ポリマ－45,5226
非ポリマー2873
水5,891327
1
A: Protease
B: Protease
F: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9525
ポリマ－22,7613
非ポリマー1912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
2
C: Protease
D: Protease
G: p1-p6 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8574
ポリマ－22,7613
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.597, 58.162, 61.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protease / Retropepsin


分子量: 10828.831 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ARV2/SF2 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド p1-p6 peptide


分子量: 1103.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (ARV2/SF2 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P03349*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月19日
放射モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 115828 / Num. obs: 40242 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 20.77
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.86 / Num. unique all: 4101 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→41.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.186 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22926 2045 5.1 %RANDOM
Rwork0.17845 ---
obs0.18102 38190 94.47 %-
all-115828 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.218 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0 Å2-0.24 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3---0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→41.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 15 327 3480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9884655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72237916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2825451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59225.372121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39215597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.761515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4122.1351762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.412.1351761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3143.1952227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3143.1962228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7982.4271642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7562.4131631
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7983.5212411
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.12818.3173664
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.12818.323665
LS精密化 シェル解像度: 1.667→1.71 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 155 -
Rwork0.234 2802 -
obs-4101 94.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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