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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qio | ||||||||||||||||||
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タイトル | Lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCIA) at high resolution | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / intercalation / ruthenium complex / inosine | 機能・相同性 | : / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Gurung, S.P. / Hall, J.P. / Cardin, C.J. | ![]() ![]() タイトル: Inosine Can Increase DNA's Susceptibility to Photo-oxidation by a Ru II Complex due to Structural Change in the Minor Groove. 著者: Keane, P.M. / Hall, J.P. / Poynton, F.E. / Poulsen, B.C. / Gurung, S.P. / Clark, I.P. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Gunnlaugsson, T. / Quinn, S.J. / Cardin, C.J. / Kelly, J.M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 720.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 720.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3030.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BA / |
#3: 化合物 | ChemComp-RKL / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 uL 1 mM d(TCGGCGCCIA)2 + 1 uL 4 mM rac-Ru(TAP)2(dppz).2Cl + 6uL 40 mM sodium cacodylate, 12 mM spermine, 10% MPD, 20 mM barium chloride, 80 mM potassium chloride equilibrated against 1 mL ...詳細: 1 uL 1 mM d(TCGGCGCCIA)2 + 1 uL 4 mM rac-Ru(TAP)2(dppz).2Cl + 6uL 40 mM sodium cacodylate, 12 mM spermine, 10% MPD, 20 mM barium chloride, 80 mM potassium chloride equilibrated against 1 mL 35% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月17日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.82565 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.95→23.828 Å / Num. all: 22994 / Num. obs: 22994 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 0.95→0.97 Å / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: PDB ENTRY 3QRN / 解像度: 0.95→23.828 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.385 / SU ML: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.591 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.95→23.828 Å
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拘束条件 |
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