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- PDB-4qio: Lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCIA) at high resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qio
タイトルLambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCIA) at high resolution
要素5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*IP*A)-3'
キーワードDNA / intercalation / ruthenium complex / inosine
機能・相同性: / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / PDB ENTRY 3QRN / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Gurung, S.P. / Hall, J.P. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: Inosine Can Increase DNA's Susceptibility to Photo-oxidation by a Ru II Complex due to Structural Change in the Minor Groove.
著者: Keane, P.M. / Hall, J.P. / Poynton, F.E. / Poulsen, B.C. / Gurung, S.P. / Clark, I.P. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Gunnlaugsson, T. / Quinn, S.J. / Cardin, C.J. / Kelly, J.M.
履歴
登録2014年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年8月24日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*IP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9514
ポリマ－3,0311
非ポリマー9213
水1,44180
1
A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*IP*A)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*IP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9038
ポリマ－6,0622
非ポリマー1,8416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area4570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.160, 42.160, 39.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*IP*A)-3'


分子量: 3030.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-RKL / Ru(tap)2(dppz) complex


分子量: 747.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H22N12Ru
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 uL 1 mM d(TCGGCGCCIA)2 + 1 uL 4 mM rac-Ru(TAP)2(dppz).2Cl + 6uL 40 mM sodium cacodylate, 12 mM spermine, 10% MPD, 20 mM barium chloride, 80 mM potassium chloride equilibrated against 1 mL ...詳細: 1 uL 1 mM d(TCGGCGCCIA)2 + 1 uL 4 mM rac-Ru(TAP)2(dppz).2Cl + 6uL 40 mM sodium cacodylate, 12 mM spermine, 10% MPD, 20 mM barium chloride, 80 mM potassium chloride equilibrated against 1 mL 35% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.82565 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月17日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→23.828 Å / Num. all: 22994 / Num. obs: 22994 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 0.95→0.97 Å / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PDB ENTRY 3QRN / 解像度: 0.95→23.828 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.385 / SU ML: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11928 1179 5.1 %RANDOM
Rwork0.09538 ---
obs0.09655 21791 99.29 %-
all-21791 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å2-0 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→23.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 201 53 80 334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.014337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0841.773528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.573360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0390.02197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.0284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5831.355337
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5791.355338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5552.011529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.59914.783750
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.83314.136705
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.0693492
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.95959
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.0465525
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 84 -
Rwork0.175 1578 -
obs--98.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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