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- PDB-4qh7: LC8 - Ana2 (159-168) Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qh7
タイトルLC8 - Ana2 (159-168) Complex
要素
  • Anastral spindle 2
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
キーワードMOTOR PROTEIN / LC8 fold Dimer / Target dimerization / Ana2 / Cellular
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body organization / spermatid nucleus elongation / chaeta morphogenesis / positive regulation of neuron remodeling / Macroautophagy / Aggrephagy / centriole-centriole cohesion / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport ...ciliary basal body organization / spermatid nucleus elongation / chaeta morphogenesis / positive regulation of neuron remodeling / Macroautophagy / Aggrephagy / centriole-centriole cohesion / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule anchoring at centrosome / centriole assembly / chaeta development / sperm individualization / imaginal disc-derived wing morphogenesis / asymmetric neuroblast division / Neutrophil degranulation / dynein complex / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / oogenesis / establishment of mitotic spindle orientation / centriole replication / actin filament bundle assembly / centriole / ciliary basal body / disordered domain specific binding / spermatogenesis / microtubule / centrosome / protein homodimerization activity / protein-containing complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 1, cytoplasmic / Anastral spindle 2, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.829 Å
データ登録者Slevin, L.K. / Romes, E.R. / Slep, K.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The Mechanism of Dynein Light Chain LC8-mediated Oligomerization of the Ana2 Centriole Duplication Factor.
著者: Slevin, L.K. / Romes, E.M. / Dandulakis, M.G. / Slep, K.C.
履歴
登録2014年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Dynein light chain 1, cytoplasmic
C: Anastral spindle 2
D: Anastral spindle 2
E: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: Dynein light chain 1, cytoplasmic
G: Anastral spindle 2
H: Anastral spindle 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3358
ポリマ－48,3358
非ポリマー00
水5,585310
1
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Dynein light chain 1, cytoplasmic
C: Anastral spindle 2
D: Anastral spindle 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1674
ポリマ－24,1674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
2
E: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: Dynein light chain 1, cytoplasmic
G: Anastral spindle 2
H: Anastral spindle 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1674
ポリマ－24,1674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.453, 77.913, 108.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein


分子量: 10800.304 Da / 分子数: 4 / 断片: LC8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1, CG6998 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q24117
#2: タンパク質・ペプチド
Anastral spindle 2


分子量: 1283.365 Da / 分子数: 4 / 断片: Ana2 T159-P168 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence T159-P168 occurs naturally in Drosophila melanogaster. Peptide synthesized is NYTICAGTQTDP with C-terminal amide.
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9XZ31
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.3M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 26% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月14日
放射モノクロメーター: Double crystal - liquid nitrogen-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 108273 / Num. obs: 37488 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PG1

2pg1


解像度: 1.829→44.629 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 1953 5.37 %Random
Rwork0.176 ---
obs0.1777 36371 92.23 %-
all-37488 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.829→44.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3046 0 0 310 3356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9854201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9921113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8291-1.87480.24141200.22112092X-RAY DIFFRACTION80
1.8748-1.92550.24941370.19492347X-RAY DIFFRACTION90
1.9255-1.98220.23551380.18972406X-RAY DIFFRACTION91
1.9822-2.04610.20451400.18132450X-RAY DIFFRACTION93
2.0461-2.11930.23671350.17632440X-RAY DIFFRACTION93
2.1193-2.20410.19531390.17062459X-RAY DIFFRACTION94
2.2041-2.30440.18311440.16772515X-RAY DIFFRACTION95
2.3044-2.42590.20381430.17122505X-RAY DIFFRACTION95
2.4259-2.57790.22351450.18332538X-RAY DIFFRACTION95
2.5779-2.77690.22831410.18752523X-RAY DIFFRACTION95
2.7769-3.05630.22151440.19552554X-RAY DIFFRACTION95
3.0563-3.49840.19521420.17122529X-RAY DIFFRACTION94
3.4984-4.4070.16111410.15032509X-RAY DIFFRACTION92
4.407-44.64190.22891440.17932551X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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