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万見
- PDB-4qai: P. stipitis OYE2.6-Y78W -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qai
タイトルP. stipitis OYE2.6-Y78W
要素NADPH dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / flavin oxidoreductase / alkene reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADPH dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Scheffersomyces stipitis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Sullivan, B. / Walton, A.Z. / Stewart, J.D.
引用ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2014
タイトル: Residues Controlling Facial Selectivity in an Alkene Reductase and Semirational Alterations to Create Stereocomplementary Variants.
著者: Walton, A.Z. / Sullivan, B. / Patterson-Orazem, A.C. / Stewart, J.D.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dehydrogenase
B: NADPH dehydrogenase
C: NADPH dehydrogenase
D: NADPH dehydrogenase
E: NADPH dehydrogenase
F: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,65012
ポリマ－271,9116
非ポリマー2,7386
水39622
1
A: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5504
ポリマ－90,6372
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
2
B: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子

B: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5504
ポリマ－90,6372
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_444x-y-1/3,-y-2/3,-z-2/31
3
C: NADPH dehydrogenase
E: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5504
ポリマ－90,6372
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NADPH dehydrogenase
F: NADPH dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5504
ポリマ－90,6372
非ポリマー9132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)226.787, 226.787, 360.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
NADPH dehydrogenase


分子量: 45318.578 Da / 分子数: 6 / 変異: Y78W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis (菌類) / 株: CBS 6054 / 遺伝子: OYE 2.6, OYE2.6, PICST_44614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-gold (DE3) / 参照: UniProt: A3LT82
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3M sodium malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.65 Å / Num. all: 92137 / Num. obs: 92137 / % possible obs: 99.47 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: OYE 2.6 Y78W, I113C

解像度: 2.75→48.65 Å
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 -0.1
Rwork0.224 --
all-92137 -
obs-92137 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19056 0 186 22 19264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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