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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qac | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN (ACHBP) IN COMPLEX WITH 4-(4-methylpiperidin-1-yl)-6-(4-(trifluoromethyl)phenyl)pyrimidin-2-amine | ||||||
要素 | Acetylcholine-binding protein | ||||||
キーワード | Acetylcholine-Binding Protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / neuron projection / synapse / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kaczanowska, K. / Harel, M. / Radic, Z. / Changeux, J.-P. / Finn, M.G. / Taylor, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Structural basis for cooperative interactions of substituted 2-aminopyrimidines with the acetylcholine binding protein. 著者: Kaczanowska, K. / Harel, M. / Radic, Z. / Changeux, J.P. / Finn, M.G. / Taylor, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qac.cif.gz | 427.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qac.ent.gz | 358.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qac_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qac_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4qac_validation.xml.gz | 85.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qac_validation.cif.gz | 113.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/4qac | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24746.338 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: pFLAG-CMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S-GNT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-KK3 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.26 M ammonium phosphate monobasic, 35% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→50 Å / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 17.741 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→49.829 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.829 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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