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万見
- PDB-4q65: Structure of the E. coli Peptide Transporter YbgH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q65
タイトルStructure of the E. coli Peptide Transporter YbgH
要素Dipeptide permease D
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS fold motif A / peptide transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transport / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid/peptide transporter family, dipeptide permease D / : / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; ...Amino acid/peptide transporter family, dipeptide permease D / : / Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptide permease D
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhang, C. / Zhao, Y. / Mao, G. / Liu, M. / Wang, X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the E. coli peptide transporter YbgH.
著者: Zhao, Y. / Mao, G. / Liu, M. / Zhang, L. / Wang, X. / Zhang, X.C.
履歴
登録2014年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptide permease D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1841
ポリマ－54,1841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.035, 109.448, 76.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Dipeptide permease D


分子量: 54183.594 Da / 分子数: 1 / 変異: L472V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dtpD, ybgH, b0709, JW0699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75742

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.21 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50mM NaAc (pH 5.0), 25%(v/v) PEG400, 50mM Mg(Ac)2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A10.9788
シンクロトロンSSRF BL17U21
シンクロトロンSPring-8 BL41XU31.006
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年4月12日
2
3
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
3x-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
211
31.0061
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 9105 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.4-3.7145.3
3.7-4.2155.6
4.2-4.9178.4
4.9-7.1197.8
7.1-50188.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.4→44.54 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.36 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3157 753 4.82 %
Rwork0.2576 --
obs0.2603 9105 74.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 0 0 3366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2734687
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9671158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.66250.39711230.33552023X-RAY DIFFRACTION51
3.6625-4.03090.35981200.30462422X-RAY DIFFRACTION61
4.0309-4.61360.30991450.2432983X-RAY DIFFRACTION75
4.6136-5.81060.31011930.26323778X-RAY DIFFRACTION94
5.8106-44.54350.3011720.24253648X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 190.9846 Å / Origin y: 27.9697 Å / Origin z: 99.3857 Å
111213212223313233
T0.4793 Å2-0.0109 Å2-0.0468 Å2-0.5605 Å2-0.0885 Å2--0.5548 Å2
L2.7207 °20.5721 °20.4732 °2-5.3523 °2-0.1811 °2--2.923 °2
S-0.184 Å °0.6597 Å °-0.0367 Å °-0.0923 Å °0.0201 Å °-0.2001 Å °0.0874 Å °0.3984 Å °0.1438 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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