PDB-4q4h: TM287/288 in its apo state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q4h

タイトル

TM287/288 in its apo state

要素

ABC transporter
Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

キーワード

HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / ABC exporter / Multidrug efflux / ABC Transporter / Membrane Transporter / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.527 Å

データ登録者

Hohl, M. / Gruetter, M.G. / Seeger, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for allosteric cross-talk between the asymmetric nucleotide binding sites of a heterodimeric ABC exporter.
著者: Hohl, M. / Hurlimann, L.M. / Bohm, S. / Schoppe, J. / Grutter, M.G. / Bordignon, E. / Seeger, M.A.

履歴

登録	2014年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q4h.cif.gz	475.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q4h.ent.gz	393.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4q4h_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q4h_full_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示
XML形式データ	4q4h_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	4q4h_validation.cif.gz	54.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/4q4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/4q4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q4aC 4q4jC 3qf4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mkk-d 5ta0-3 5tv4-d 6pam-1 4q4j-d 2dex-1 3b1u-1 2dew-1 6p6i-d 2dey-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: ABC transporter

B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	214.640, 84.010, 114.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ABC transporter / ABC transporter / ATP-binding protein / Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA 分子量: 65060.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0287, THEMA_03290, Tmari_0285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYC3
#2: タンパク質	Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288 分子量: 67789.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYC4
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.18 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 26 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 400, 50 mM Na-cacodylate, 50 mM CaCl2, 2.5 mM ADP and 3 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.527→29.512 Å / Num. all: 68156 / Num. obs: 59480 / % possible obs: 87.27 % / Observed criterion σ(F): -3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.527→29.512 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2904	3003	5.05 %
R_work	0.2367	-	-
obs	0.2395	59480	87.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.527→29.512 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9126	0	0	12	9138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9282
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.922	12551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.534	3480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1489
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5267-2.5681	0.4751	31	0.317	600	X-RAY DIFFRACTION	20
2.5681-2.6124	0.3775	65	0.3191	1259	X-RAY DIFFRACTION	41
2.6124-2.6599	0.4261	108	0.3184	1776	X-RAY DIFFRACTION	59
2.6599-2.711	0.4061	127	0.2987	2207	X-RAY DIFFRACTION	72
2.711-2.7663	0.316	137	0.3046	2403	X-RAY DIFFRACTION	79
2.7663-2.8264	0.3717	141	0.3063	2627	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8264-2.8921	0.369	142	0.2964	2786	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8921-2.9643	0.3686	131	0.275	2933	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9643-3.0444	0.3496	162	0.2762	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0444-3.1339	0.3032	152	0.2585	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1339-3.2349	0.3291	162	0.259	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2349-3.3504	0.3314	163	0.2612	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3504-3.4843	0.2745	151	0.255	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4843-3.6426	0.324	148	0.2474	3018	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6426-3.8343	0.3125	179	0.2632	2949	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8343-4.074	0.2695	147	0.222	3030	X-RAY DIFFRACTION	98
4.074-4.3876	0.2627	177	0.1862	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3876-4.8274	0.2479	167	0.1658	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8274-5.522	0.2356	166	0.1869	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
5.522-6.9421	0.3019	171	0.2486	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9421-29.5135	0.2174	176	0.2167	3155	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4091	-0.9762	-2.3979	0.8828	0.4962	2.4632	0.1879	-0.1566	0.5268	0.0286	0.1222	-0.0762	-0.2723	0.345	-0.3209	0.5376	-0.1223	0.0433	0.3453	-0.071	0.5147	-29.37	18.3857	32.1172
2	1.9442	0.19	-1.3077	0.8475	-0.3769	1.1495	0.0118	1.5077	0.5222	-0.1129	-0.0463	0.622	0.2036	-0.9681	0.0918	0.8433	-0.232	-0.1336	1.6001	0.0076	0.6845	-55.3568	7.4723	15.1686
3	7.783	-2.7264	-6.5362	5.2841	1.8951	6.4599	-0.1519	1.8799	0.269	-0.0003	0.1516	-0.2802	-0.1397	-0.9397	0.1265	0.8101	-0.1659	0.0774	1.024	-0.0672	0.6865	-20.6079	16.18	11.2187
4	9.2432	-0.0253	-7.7223	1.7325	0.1371	8.6262	0.5571	0.0942	-0.1013	-0.6124	-0.6771	-0.1342	-1.4528	-0.2018	-0.0029	0.7365	0.0172	0.186	0.5001	0.0149	0.7738	-52.2506	26.9026	39.3342
5	5.4536	2.2517	0.7655	3.9659	1.077	4.368	0.0198	0.6075	0.3573	-0.3473	0.2291	0.2833	-0.5156	-0.2532	-0.2228	0.6339	0.0899	0.1824	0.431	0.0618	0.8595	-75.9868	30.3723	57.5754
6	2.4402	-1.6682	-0.5432	2.7063	0.7637	1.4104	-0.0377	0.1229	-0.5085	-0.3362	0.0059	-0.2368	0.3132	-0.0158	-0.0183	0.878	-0.0178	0.2448	0.4471	0.0247	0.9085	-69.0701	7.1239	62.112
7	9.458	2.9008	-2.5078	2.3493	-1.2209	2.8202	0.5297	-0.2735	-1.0908	0.7878	-0.9398	0.6623	0.3503	-1.2191	0.0348	0.6833	-0.0591	0.1161	0.8372	-0.0308	1.4311	-83.7923	8.4866	64.7454
8	8.0845	2.1718	1.9452	5.3237	0.2615	6.4442	-0.1774	0.4214	0.7549	-0.0235	-0.0217	1.5241	0.1059	-1.4703	0.2203	0.5103	-0.0429	-0.0121	0.9492	0.0395	1.1676	-93.9525	20.8491	55.0752
9	1.7748	0.4152	2.9938	2.3804	3.3017	8.023	-0.1482	1.0944	-1.2578	0.4153	0.4737	0.0164	0.969	0.0861	-0.3225	1.1651	-0.536	0.3615	1.2494	-0.5449	1.2674	-48.8521	-15.2747	22.5978
10	4.3457	0.9684	-1.1075	1.6624	-0.2484	0.7251	-0.1648	0.7188	0.0454	-0.5607	0.0956	0.0148	0.3711	-0.4638	0.134	0.9692	-0.3025	0.0043	1.3155	-0.2832	0.5988	-41.5761	-2.2621	11.2398
11	8.9741	-0.0536	-0.0565	2.9401	0.6344	3.3996	0.0441	1.0953	-0.213	-0.8445	-0.2297	-0.1857	0.234	-0.3555	0.234	1.0498	-0.0454	0.2054	0.6058	-0.0915	0.6263	-23.2187	-8.003	14.7542
12	6.038	-1.8211	-2.7879	1.4633	0.5309	2.3109	-0.3087	0.1	-0.243	0.2444	0.1825	0.4596	0.2686	-0.0142	0.1556	0.6637	-0.0635	0.1036	0.3756	-0.0089	0.6492	-38.8238	6.9367	43.305
13	2.9642	0.132	-1.2767	0.8792	-0.0271	1.2108	-0.1187	0.3515	-0.4901	-0.2492	-0.0625	0.1978	0.4697	-0.3382	0.0728	0.9322	-0.2888	0.0517	0.9261	-0.1694	0.7677	-55.4303	-11.1523	27.2703
14	2.4973	0.5656	-1.6793	1.6555	-0.3395	1.8257	-0.314	1.1808	-0.3768	-0.3395	-0.0034	0.075	0.3892	-1.4315	0.1584	0.865	-0.4526	-0.1251	1.8908	-0.1848	1.1175	-87.551	-0.4907	29.5076
15	0.9621	-1.6435	-0.2586	5.0629	-0.5529	2.4753	-0.3341	0.6003	0.0397	0.361	-0.0745	-0.0313	-0.1513	-0.906	0.3872	0.6286	-0.3027	-0.1699	1.495	-0.1382	1.0005	-91.3379	7.7279	34.5769
16	3.4723	-1.4098	-0.1867	5.0397	1.529	4.4216	-0.7576	0.3911	-0.4535	0.6652	0.4039	1.1586	0.6098	-0.94	0.2523	1.0551	-0.4316	0.211	1.4162	-0.2112	1.2469	-97.9551	-3.8604	49.3714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -2:163)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 164:255)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 256:296)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 297:316)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 317:402)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 403:498)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 499:520)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 521:569)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 10:35)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 36:151)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 152:185)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 186:280)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 281:379)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 380:490)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 491:535)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 536:592)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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