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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q4g | ||||||
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タイトル | Structure of the Resuscitation Promoting Factor Interacting protein RipA mutated at C383 | ||||||
![]() | Peptidoglycan endopeptidase RipA | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-beta / cell wall hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cell wall organization or biogenesis / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Berisio, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutational and structural study of RipA, a key enzyme in Mycobacterium tuberculosis cell division: evidence for the L-to-D inversion of configuration of the catalytic cysteine. 著者: Squeglia, F. / Ruggiero, A. / Romano, M. / Vitagliano, L. / Berisio, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49828.801 Da / 分子数: 1 / 変異: C383A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ripA, Rv1477 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O53168, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 5 and 8 mg mL-1 protein concentration, respectively, and 8% (v/v) 2-Propanol, 16% (w/v) PEG4000 in 60 mM Sodium citrate trihydrate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9343 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.97→30 Å / Num. all: 97797 / Num. obs: 97211 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 0.97→1 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0110 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.752 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.97→10.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.97→0.995 Å / Total num. of bins used: 20
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