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万見
- PDB-4q38: The crystal structure of acyltransferase in complex with decanoyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q38
タイトルThe crystal structure of acyltransferase in complex with decanoyl-CoA and teicoplanin
要素Putative uncharacterized protein tcp24
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase / acyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #120 / N-acyltransferase, N-terminal domain / GNAT-like C-terminal domain / N-acyltransferase N-terminal domain / GNAT-like C-terminal domain / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / 2-amino-6-O-decanoyl-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Li, T.-L. / Lyu, S.-Y. / Liu, Y.-C. / Chang, C.-Y. / Huang, C.-J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Multiple complexes of long aliphatic N-acyltransferases lead to synthesis of 2,6-diacylated/2-acyl-substituted glycopeptide antibiotics, effectively killing vancomycin-resistant enterococcus
著者: Lyu, S.Y. / Liu, Y.C. / Chang, C.Y. / Huang, C.J. / Chiu, Y.H. / Huang, C.M. / Hsu, N.S. / Lin, K.H. / Wu, C.J. / Tsai, M.D. / Li, T.L.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein tcp24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7665
ポリマ－38,4721
非ポリマー1,2934
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.806, 133.806, 49.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein tcp24 / acyltransferase


分子量: 38472.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
遺伝子: tcp24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q70AY4, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-TEC / 2-amino-6-O-decanoyl-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


分子量: 333.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31NO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1mM MES, 0.2M ammonium sulphate, 30%(V/V) PEG 5000 MME, 1mM decanoyl-CoA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月21日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30 Å / Num. all: 34606 / Num. obs: 34606 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MFJ

4mfj


解像度: 1.99→22.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.125 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22033 1741 5 %RANDOM
Rwork0.19174 ---
all0.19316 32849 --
obs0.19316 32849 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.17 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→22.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2607 0 81 299 2987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.9813844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0285331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59922.086139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47515423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.621531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212203
LS精密化 シェル解像度: 1.994→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 114 -
Rwork0.216 2321 -
obs--99.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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