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- PDB-4p1z: Structure of the MID domain from MIWI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1z
タイトルStructure of the MID domain from MIWI
要素Piwi-like protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / MID domain / MIWI / piRNA biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of cytoplasmic translation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing ...primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / regulation of cytoplasmic translation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / P granule / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GAGE / GAGE protein / GAGE / Piwi, N-terminal domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi ...GAGE / GAGE protein / GAGE / Piwi, N-terminal domain / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Piwi-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cora, E. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: The MID-PIWI module of Piwi proteins specifies nucleotide- and strand-biases of piRNAs.
著者: Cora, E. / Pandey, R.R. / Xiol, J. / Taylor, J. / Sachidanandam, R. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
履歴
登録2014年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Data collection
改定 1.32015年9月30日Group: Data collection
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi-like protein 1
B: Piwi-like protein 1
C: Piwi-like protein 1
D: Piwi-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6044
ポリマ－57,6044
非ポリマー00
水23413
1
A: Piwi-like protein 1
C: Piwi-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8022
ポリマ－28,8022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14420 Å2
手法PISA
2
B: Piwi-like protein 1
D: Piwi-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8022
ポリマ－28,8022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.860, 101.290, 146.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ALAALALYSLYSAA486 - 6122 - 128
2ALAALAASNASNBB486 - 6102 - 126
3ALAALAASNASNCC486 - 6102 - 126
4LYSLYSASNASNDD492 - 6108 - 126

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.965592, -0.067046, -0.25127), (0.105364, 0.984202, 0.142286), (0.23776, -0.163865, 0.957402)13.48526, -5.53824, -33.34134
3given(-0.857315, 0.187907, -0.479273), (-0.285076, -0.94851, 0.138061), (-0.428652, 0.254991, 0.866739)-17.21182, -2.0516, -6.33293
4given(-0.979324, -0.019536, 0.201352), (0.02304, -0.999621, 0.015074), (0.200981, 0.019402, 0.979403)-38.23595, 3.04141, -33.95143

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要素

#1: タンパク質
Piwi-like protein 1


分子量: 14400.985 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Piwil1, Miwi / プラスミド: pProExHtb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9JMB7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 26-32% PEG 4000, 100mM Tris-HCl, 100-200mM MgCl2 / PH範囲: 7.8-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 24331 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SHARP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 34.58 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1245 5.1 %RANDOM
Rwork0.242 23086 --
obs0.2437 24331 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.11 Å2 / Biso mean: 79.951 Å2 / Biso min: 46.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.71 Å20 Å2-0 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3876 0 0 13 3889
Biso mean---62.64 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9835323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4375493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18625.135148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.61615773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7191522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2593.7021981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1625.5342468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5684.1721952
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A443LOOSE POSITIONAL0.085
2B443LOOSE POSITIONAL0.075
3C443LOOSE POSITIONAL0.085
4D443LOOSE POSITIONAL0.075
1A471TIGHT THERMAL5.340.5
2B471TIGHT THERMAL5.260.5
3C471TIGHT THERMAL7.260.5
4D471TIGHT THERMAL11.350.5
1A443LOOSE THERMAL6.6310
2B443LOOSE THERMAL6.710
3C443LOOSE THERMAL10.3910
4D443LOOSE THERMAL11.2510
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 76 -
Rwork0.455 1604 -
all-1680 -
obs--93.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66110.5728-1.00860.2006-0.31426.71090.2422-0.1664-0.03720.0492-0.0473-0.0244-0.1195-0.1329-0.19490.7019-0.07-0.03040.2234-0.03410.1366-13.641-11.7598.624
20.87520.98740.07581.1872-0.38244.4657-0.0770.1363-0.0002-0.04840.22760.0452-0.0899-0.0469-0.15060.8092-0.06190.02950.22430.06770.0892-16.965-11.26146.122
30.4050.7777-0.42232.19861.08396.07760.0747-0.00660.02810.2016-0.09950.06290.03040.03910.02480.9729-0.00280.0420.1819-0.02610.0418-6.64813.7819.765
41.46731.4741.20151.68212.1367.5359-0.23970.3287-0.529-0.43660.3917-0.4692-1.1322-0.321-0.15210.9939-0.04110.07920.4012-0.09430.2129-14.71615.35846.993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A486 - 612
2X-RAY DIFFRACTION2B486 - 610
3X-RAY DIFFRACTION3C485 - 610
4X-RAY DIFFRACTION4D492 - 610

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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