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- PDB-4q16: Structure of NAD+ Synthetase from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q16
タイトルStructure of NAD+ Synthetase from Deinococcus radiodurans
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードLIGASE / NADS / NAD synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Park, Y.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of the NH3-dependent NAD+ Synthetase from Deinococcus radiodurans
著者: Lee, J.Y. / Park, Y.W. / Yeo, H.K.
履歴
登録2014年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
C: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
D: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,22012
ポリマ－124,4514
非ポリマー7698
水6,521362
1
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6106
ポリマ－62,2262
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area22130 Å2
手法PISA
2
C: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
D: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6106
ポリマ－62,2262
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.230, 114.150, 121.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 31112.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: nadE, DR_A0201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RYV5, NAD+ synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.05 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% Poly ethylene glycol (PEG) 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 49185 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 37.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→29.381 Å / FOM work R set: 0.7707 / SU ML: 0.4 / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 位相誤差: 29.52 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2928 2460 5.07 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
all0.2418 46018 --
obs0.2418 48478 98.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.44 Å2 / Biso mean: 41.74 Å2 / Biso min: 14.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7867 0 40 362 8269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53910947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3622821
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.650.37421380.29782494263297
2.65-2.7040.36531250.28912467259297
2.704-2.76280.31541230.29322513263697
2.7628-2.8270.41711380.29772496263498
2.827-2.89770.32561260.28942496262298
2.8977-2.97590.38671450.29422537268298
2.9759-3.06340.34771370.28022511264899
3.0634-3.16220.3451370.28232550268799
3.1622-3.27510.3511430.27282516265999
3.2751-3.4060.32771430.25862551269499
3.406-3.56080.2851240.24182570269499
3.5608-3.74810.26491380.23422550268899
3.7481-3.98240.27571410.2232571271299
3.9824-4.28910.24721300.19792589271999
4.2891-4.71910.23081470.19512593274099
4.7191-5.39830.29961420.218826172759100
5.3983-6.78740.29011250.23562645277099
6.7874-29.38250.2161580.195427522910100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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