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- PDB-4q0i: Deinococcus radiodurans BphP PAS-GAF D207A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q0i
タイトルDeinococcus radiodurans BphP PAS-GAF D207A mutant
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / PAS GAF / photosensor / response regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / photoreceptor activity / protein kinase activator activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / GAF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain ...: / GAF domain / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.744 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Vierstra, R.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and Electron Microscopic Analyses of a Bacterial Phytochrome Reveal Local and Global Rearrangements during Photoconversion.
著者: Burgie, E.S. / Wang, T. / Bussell, A.N. / Walker, J.M. / Li, H. / Vierstra, R.D.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6864
ポリマ－36,9801
非ポリマー7063
水4,864270
1
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3728
ポリマ－73,9602
非ポリマー1,4126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.497, 51.327, 80.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 36980.238 Da / 分子数: 1 / 断片: PAS-GAF / 変異: D207A, Y307S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#3: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 19% isopropano, 19% PEG 3350, 5% glycerol, 100 mM Citric acid(NaOH) pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月11日
放射モノクロメーター: horizontal focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.744→36.5 Å / Num. all: 32752 / Num. obs: 32523 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.744→36.193 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1951 1649 5.07 %random
Rwork0.1612 ---
all0.163 32899 --
obs0.163 32498 98.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.744→36.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2397 0 51 270 2718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6233818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1811046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.744-1.79530.18611190.20382458X-RAY DIFFRACTION95
1.7953-1.85320.24391340.22546X-RAY DIFFRACTION99
1.8532-1.91950.23171260.19052582X-RAY DIFFRACTION99
1.9195-1.99630.23151450.18152549X-RAY DIFFRACTION99
1.9963-2.08720.21721210.1662568X-RAY DIFFRACTION99
2.0872-2.19720.23521430.17012579X-RAY DIFFRACTION99
2.1972-2.33480.20161360.16232572X-RAY DIFFRACTION99
2.3348-2.51510.17961420.17362591X-RAY DIFFRACTION100
2.5151-2.76810.20561440.17112578X-RAY DIFFRACTION100
2.7681-3.16840.22451510.16582599X-RAY DIFFRACTION100
3.1684-3.99110.1741370.14692611X-RAY DIFFRACTION100
3.9911-36.20050.16991510.14372616X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.453-2.9773-2.74376.57091.64193.47750.1326-0.4157-0.57130.5141-0.2505-0.3870.52740.46570.08660.4165-0.074-0.07320.38970.10610.224216.5492-31.515331.1317
24.9419-0.4399-0.03512.05251.4563.46210.0568-0.26820.7064-0.1344-0.22230.198-0.4328-0.50620.15410.26270.0422-0.00760.2847-0.06770.2829-0.7551-11.400921.9866
30.9396-0.8744-0.88152.78823.82095.90610.04590.10620.0981-0.4462-0.09990.0915-0.6225-0.12020.11480.20820.0037-0.03320.25030.02910.28893.9013-22.40934.0651
41.4704-0.02730.13841.70461.12562.46110.0229-0.1187-0.06290.16060.0188-0.12930.12010.143-0.02320.10990.0009-0.02340.12780.02760.154816.4974-27.247512.1146
54.91681.75731.34122.20063.38496.1714-0.07830.1391-0.48970.29050.3060.05170.31720.1591-0.21610.11110.0001-0.00810.2420.01920.17725.2146-32.86892.2105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 118 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 152 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 298 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 299 through 324 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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