- PDB-4q00: Crystal structure of an S150A mutant of the E. coli FeoB G-domain -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4q00
タイトル
Crystal structure of an S150A mutant of the E. coli FeoB G-domain
要素
Ferrous iron transport protein B
キーワード
METAL TRANSPORT / G PROTEIN / IRON TRANSPORT / GTPASE / TRANSMEMBRANE / GTP binding
機能・相同性
機能・相同性情報
iron ion import across plasma membrane / ferrous iron transmembrane transporter activity / DNA damage response / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain ...Helix Hairpins - #1770 / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月7日
放射
モノクロメーター: SI VORTEX ES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.1→91.875 Å / Num. all: 44450 / Num. obs: 44450 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Num. measured all
Num. unique all
Rpim(I) all
Rsym value
Net I/σ(I) obs
% possible all
2.1-2.21
3.5
0.597
1.2
22835
6453
0.366
0.597
2.4
99
2.21-2.35
3.6
0.415
1.6
21705
6044
0.254
0.415
3.5
98.5
2.35-2.51
3.6
0.287
2.5
20742
5716
0.175
0.287
4.6
99.3
2.51-2.71
3.6
0.219
3.3
19470
5346
0.133
0.219
6
99.2
2.71-2.97
3.6
0.137
5.4
18007
4943
0.083
0.137
8.6
99.5
2.97-3.32
3.6
0.087
8.5
16204
4485
0.053
0.087
11.9
99.6
3.32-3.83
3.6
0.064
10.1
14139
3970
0.04
0.064
16.6
99.8
3.83-4.7
3.5
0.053
11.9
11891
3394
0.033
0.053
20.1
99.9
4.7-6.64
3.4
0.041
15.3
8960
2614
0.026
0.041
19.3
99.5
6.64-91.875
3.5
0.039
14.6
5231
1485
0.024
0.039
22.2
99.4
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
MOSFLM
データ削減
SCALA
3.3.20
データスケーリング
PHASER
位相決定
REFMAC
5.7.0029
精密化
PDB_EXTRACT
3.14
データ抽出
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.627 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2484
2241
5 %
RANDOM
Rwork
0.2036
-
-
-
obs
0.2059
44446
99.28 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK