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- PDB-3hyr: Structural Insight into G Protein Coupling and Regulation of Fe2+... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hyr
タイトルStructural Insight into G Protein Coupling and Regulation of Fe2+ Membrane Transport
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / iron transport / G protein / Cell inner membrane / Cell membrane / GTP-binding / Ion transport / Iron / Membrane / Nucleotide-binding / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion import across plasma membrane / ferrous iron transmembrane transporter activity / DNA damage response / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fe(2+) transporter FeoB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Maher, M.J. / Jormakka, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of GDP release and gating in G protein coupled Fe2+ transport.
著者: Guilfoyle, A. / Maher, M.J. / Rapp, M. / Clarke, R. / Harrop, S. / Jormakka, M.
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B
C: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7053
ポリマ－89,7053
非ポリマー00
水8,647480
1
A: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9021
ポリマ－29,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9021
ポリマ－29,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9021
ポリマ－29,9021
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.120, 84.440, 66.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

-
要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein B


分子量: 29901.518 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: feoB, b3409, JW3372 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33650
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 400, 100mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→72.17 Å / % possible obs: 99.9 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0063精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 19.147 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28718 1948 5 %RANDOM
Rwork0.22501 ---
obs0.22817 36896 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.993 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.31 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5790 0 0 480 6270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9818081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8915779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5224.805256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.059151033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8671542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2979
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7951.53807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56926126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.632123
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4744.51942
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1935 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.040.05
Btight positional0.040.05
Ctight positional0.040.05
Atight thermal0.110.5
Btight thermal0.110.5
Ctight thermal0.110.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 145 -
Rwork0.322 2697 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51090.29390.0611.2514-0.07410.1710.0120.0042-0.08270.0063-0.010.1473-0.02180.0232-0.0020.0535-0.0013-0.0130.0602-0.00610.03112.105535.6483-9.9792
21.2193-0.226-0.90854.72692.42011.765-0.22660.0177-0.2840.02210.02860.03750.138400.19810.0810.00940.04710.0306-0.01590.070832.585126.4164-20.0229
31.21280.00290.15611.0025-0.17120.4601-0.0195-0.03430.02690.00810.0187-0.0906-0.01-0.03750.00080.05190.00970.00260.0528-0.00950.011546.997353.4748-9.9002
42.2251-0.1062-1.16480.03330.23821.92470.10580.05710.3555-0.0171-0.00450.0005-0.219-0.0962-0.10130.0670.02070.03050.00720.0110.076344.626475.6057-20.342
50.94130.3317-0.05781.5439-0.05750.07880.00510.00230.1773-0.0191-0.01060.23560.04420.01970.00550.058800.00490.06430.00550.060714.030574.8612-10.1152
62.0155-0.50661.36441.7481-0.50642.01920.0351-0.05020.1088-0.28650.02850.45520.0759-0.2902-0.06370.0516-0.0141-0.09860.11710.01430.2721-4.03961.7566-20.6978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2A172 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4B172 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6C172 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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