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- PDB-4pzo: Crystal structure of PHC3 SAM L967R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pzo
タイトルCrystal structure of PHC3 SAM L967R
要素Polyhomeotic-like protein 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SAM domain / Polycomb group / polymer / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN gene transcription ...PRC1 complex / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN gene transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / : / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / : / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyhomeotic-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Nanyes, D.R. / Junco, S.E. / Taylor, A.B. / Robinson, A.K. / Patterson, N.L. / Shivarajpur, A. / Halloran, J. / Hale, S.M. / Kaur, Y. / Hart, P.J. / Kim, C.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Multiple polymer architectures of human polyhomeotic homolog 3 sterile alpha motif.
著者: Nanyes, D.R. / Junco, S.E. / Taylor, A.B. / Robinson, A.K. / Patterson, N.L. / Shivarajpur, A. / Halloran, J. / Hale, S.M. / Kaur, Y. / Hart, P.J. / Kim, C.A.
履歴
登録2014年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhomeotic-like protein 3
B: Polyhomeotic-like protein 3
C: Polyhomeotic-like protein 3
D: Polyhomeotic-like protein 3
E: Polyhomeotic-like protein 3
F: Polyhomeotic-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4206
ポリマ－57,4206
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Polyhomeotic-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5701
ポリマ－9,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Polyhomeotic-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5701
ポリマ－9,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Polyhomeotic-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5701
ポリマ－9,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Polyhomeotic-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5701
ポリマ－9,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: Polyhomeotic-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5701
ポリマ－9,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
F: Polyhomeotic-like protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5701
ポリマ－9,5701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.944, 51.745, 124.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Polyhomeotic-like protein 3 / Early development regulatory protein 3 / Homolog of polyhomeotic 3 / hPH3


分子量: 9569.988 Da / 分子数: 6 / 断片: sterile alpha motif / 変異: L967R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDR3, PH3, PHC3 / プラスミド: pET-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q8NDX5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0 M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.64 Å / Num. obs: 32712 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4722 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PZN

4pzn


解像度: 2.25→40.557 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 47.64 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3347 2010 6.15 %random
Rwork0.2823 ---
obs0.2842 32704 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.557 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3381 0 0 107 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5924642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4371286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2502-2.30650.38741400.33782176X-RAY DIFFRACTION94
2.3065-2.36890.37591450.33212159X-RAY DIFFRACTION94
2.3689-2.43860.37131360.32022155X-RAY DIFFRACTION94
2.4386-2.51730.36251410.32372190X-RAY DIFFRACTION94
2.5173-2.60720.31831400.30362176X-RAY DIFFRACTION94
2.6072-2.71160.32211460.30032189X-RAY DIFFRACTION94
2.7116-2.83490.31981420.2952180X-RAY DIFFRACTION94
2.8349-2.98440.34981400.30272186X-RAY DIFFRACTION94
2.9844-3.17130.32951430.27992194X-RAY DIFFRACTION94
3.1713-3.4160.33151450.27872182X-RAY DIFFRACTION94
3.416-3.75950.3271420.2692213X-RAY DIFFRACTION94
3.7595-4.3030.33411430.2562204X-RAY DIFFRACTION94
4.303-5.41910.33731430.26232210X-RAY DIFFRACTION94
5.4191-39.73550.36141510.26642278X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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