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万見
- PDB-4pyp: Crystal structure of the human glucose transporter GLUT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pyp
タイトルCrystal structure of the human glucose transporter GLUT1
要素Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane transporter / helix / Glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose transporter complex / Defective SLC2A1 causes GLUT1 deficiency syndrome 1 (GLUT1DS1) / long-chain fatty acid import across plasma membrane / fucose transmembrane transporter activity / response to Thyroglobulin triiodothyronine / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / Lactose synthesis / dehydroascorbic acid transport / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process ...glucose transporter complex / Defective SLC2A1 causes GLUT1 deficiency syndrome 1 (GLUT1DS1) / long-chain fatty acid import across plasma membrane / fucose transmembrane transporter activity / response to Thyroglobulin triiodothyronine / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / Lactose synthesis / dehydroascorbic acid transport / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / cellular hyperosmotic response / photoreceptor cell maintenance / female germ cell nucleus / female pronucleus / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cortical actin cytoskeleton / D-glucose import / xenobiotic transmembrane transporter activity / intercalated disc / transport across blood-brain barrier / cellular response to glucose starvation / photoreceptor inner segment / central nervous system development / female pregnancy / Regulation of insulin secretion / response to insulin / sarcolemma / cerebral cortex development / caveola / Z disc / kinase binding / cellular response to mechanical stimulus / melanosome / presynapse / midbody / protein-containing complex assembly / basolateral plasma membrane / blood microparticle / response to hypoxia / apical plasma membrane / Golgi membrane / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glucose transporter, type 1 (GLUT1) / Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; ...Glucose transporter, type 1 (GLUT1) / Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.166 Å
データ登録者Deng, D. / Yan, C.Y. / Xu, C. / Wu, J.P. / Sun, P.C. / Hu, M.X. / Yan, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the human glucose transporter GLUT1
著者: Deng, D. / Xu, C. / Sun, P.C. / Wu, J.P. / Yan, C.Y. / Hu, M.X. / Yan, N.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0422
ポリマ－55,7351
非ポリマー3061
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.509, 101.996, 65.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 1 / Glucose transporter type 1 / erythrocyte/brain / GLUT-1 / HepG2 glucose transporter


分子量: 55735.133 Da / 分子数: 1 / 変異: N45T, E329Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC2A1, GLUT1 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P11166
#2: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97906 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97906 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→40 Å / Num. all: 12834 / Num. obs: 12780 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 88.41 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GC0

4gc0


解像度: 3.166→32.674 Å / FOM work R set: 0.6827 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.38 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 635 4.97 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.2343 12780 95.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 288.85 Å2 / Biso mean: 99.25 Å2 / Biso min: 44.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.166→32.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3469 0 21 0 3490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2524850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1671277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1656-3.40980.38971220.31122158228086
3.4098-3.75250.30551310.24752511264299
3.7525-4.29440.29061370.22222483262099
4.2944-5.40650.23631310.22132491262298
5.4065-32.67530.26661140.22362502261696
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 583.8383 Å / Origin y: -31.0884 Å / Origin z: 202.8414 Å
111213212223313233
T0.5424 Å2-0.0227 Å20.1025 Å2-0.5349 Å20.0372 Å2--0.6599 Å2
L3.3068 °20.0108 °20.0876 °2-3.2016 °20.9075 °2--2.3704 °2
S0.0379 Å °-0.2773 Å °0.3084 Å °0.3977 Å °-0.0473 Å °0.1932 Å °-0.1064 Å °-0.1333 Å °-0.0141 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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