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- PDB-4pxh: Structure of P450sky (CYP163B3), a cytochrome P450 from skyllamyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxh
タイトルStructure of P450sky (CYP163B3), a cytochrome P450 from skyllamycin biosynthesis in complex with a peptidyl carrier protein domain
要素
  • P450 monooxygenase
  • Peptide synthetase
キーワードOXIDOREDUCTASE/PROTEIN BINDING / Cytochrome P450 fold / beta-aminoacyl carrier protein hydroxylase / peptidyl carrier protein domains / skyllamycin NRPS / OXIDOREDUCTASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / catalytic activity / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / ACP-like / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site ...Non-ribosomal peptide synthase / ACP-like / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-KH4 / Peptide synthetase / p450 monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. Acta 2897 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Haslinger, K. / Cryle, M.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: The structure of a transient complex of a nonribosomal Peptide synthetase and a cytochrome p450 monooxygenase.
著者: Haslinger, K. / Brieke, C. / Uhlmann, S. / Sieverling, L. / Sussmuth, R.D. / Cryle, M.J.
履歴
登録2014年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年8月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450 monooxygenase
B: Peptide synthetase
C: P450 monooxygenase
D: Peptide synthetase
E: P450 monooxygenase
F: Peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,87412
ポリマ－178,6676
非ポリマー3,2076
水1,31573
1
A: P450 monooxygenase
B: Peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6254
ポリマ－59,5562
非ポリマー1,0692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
2
C: P450 monooxygenase
D: Peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6254
ポリマ－59,5562
非ポリマー1,0692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
3
E: P450 monooxygenase
F: Peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6254
ポリマ－59,5562
非ポリマー1,0692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.700, 161.700, 337.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 P450 monooxygenase / cytochrome P450 sky32 (CYP163B3)


分子量: 49369.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. Acta 2897 (バクテリア)
株: Acta 2897 / 遺伝子: sky32 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: F2YRY7, unspecific monooxygenase
#2: タンパク質 Peptide synthetase / PCP7


分子量: 10186.228 Da / 分子数: 3 / Fragment: peptidyl carrier protein domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. Acta 2897 (バクテリア)
株: Acta 2897 / 遺伝子: sky30 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: F2YRY5
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-KH4 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] 1H-imidazole-4-carbothioate


分子量: 452.420 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N4O8PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 0.15 M calcium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.893 Å / Num. all: 72148 / Num. obs: 72098 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.7→3 Å / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PWV

4pwv


解像度: 2.7→47.893 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 19.736 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24598 3577 5 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
obs0.21608 68521 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20.52 Å20 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11443 0 213 73 11729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02211932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.871.99916256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.31151454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.95723.67575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68115.0231925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.09915107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1731.57262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.333211712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.49234670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8424.54539
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 231 -
Rwork0.27 4981 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2563-0.64320.81192.8953-0.37931.9209-0.07680.13750.16880.16090.0018-0.2148-0.05630.22450.07510.03560.0098-0.01420.14280.09210.0907-33.331569.978-13.7048
211.8302-5.01839.52723.9613-4.124215.76830.38231.0293-0.0003-0.1395-0.498-0.16160.61471.11560.11570.27820.1373-0.06420.4210.15320.1515-9.584559.147211.0096
31.10170.5139-0.40253.3203-0.37761.4469-0.0299-0.0286-0.1625-0.2010.0069-0.10240.12540.12860.0230.1018-0.0058-0.01870.05030.0460.0794-31.7749115.319212.2987
414.15445.5886-11.533.3256-3.844216.66270.2265-0.18610.1587-0.1261-0.15980.047-0.15980.2067-0.06670.2650.03670.07670.16650.12010.1553-7.073128.7556-9.9663
53.0877-0.40820.74511.83370.16722.4628-0.2182-0.29720.434-0.04860.06960.2481-0.2893-0.29940.14870.11830.0093-0.13850.13910.00570.23-76.6339101.129440.823
69.45815.16196.74017.02476.080215.1487-0.46120.12610.159-0.05880.39490.0856-0.3350.39370.06620.34510.024-0.21360.2698-0.08370.2835-53.673115.894664.0012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 423
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 419
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5E11 - 417
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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