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万見
- PDB-4pw8: Human tryptophan 2,3-dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pw8
タイトルHuman tryptophan 2,3-dioxygenase
要素Tryptophan 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3810 / Tryptophan 2,3-dioxygenase / Tryptophan 2,3-dioxygenase / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tryptophan 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.902 Å
データ登録者Meng, B. / Wu, D. / Gu, J.H. / Ouyang, S.Y. / Ding, W. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analyses of human tryptophan 2,3-dioxygenase
著者: Meng, B. / Wu, D. / Gu, J. / Ouyang, S. / Ding, W. / Liu, Z.J.
履歴
登録2014年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 2,3-dioxygenase
B: Tryptophan 2,3-dioxygenase
C: Tryptophan 2,3-dioxygenase
D: Tryptophan 2,3-dioxygenase
E: Tryptophan 2,3-dioxygenase
F: Tryptophan 2,3-dioxygenase
G: Tryptophan 2,3-dioxygenase
H: Tryptophan 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,1739
ポリマ－353,1148
非ポリマー591
水99155
1
A: Tryptophan 2,3-dioxygenase
B: Tryptophan 2,3-dioxygenase
C: Tryptophan 2,3-dioxygenase
D: Tryptophan 2,3-dioxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,5574
ポリマ－176,5574
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16360 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area55430 Å2
手法PISA
2
E: Tryptophan 2,3-dioxygenase
F: Tryptophan 2,3-dioxygenase
G: Tryptophan 2,3-dioxygenase
H: Tryptophan 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,6165
ポリマ－176,5574
非ポリマー591
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15870 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area56980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.334, 156.922, 160.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TO / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase


分子量: 44139.301 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 19-388 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO, TDO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6%-10% MPEG 5000, 10% 2-propanol, 0.1M sodium cacodylate, 0.1M hexammine cobalt(III) chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 75459 / Num. obs: 75459 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NW7

2nw7


解像度: 2.902→49.728 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 2006 2.66 %
Rwork0.2039 --
obs0.2044 75357 99.79 %
all-75459 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.902→49.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20395 0 1 55 20451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01220839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3828019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4947912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083545
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9019-2.97450.28561400.2627514099
2.9745-3.05490.24571430.25185159100
3.0549-3.14480.2981430.24695223100
3.1448-3.24630.27631340.24685178100
3.2463-3.36230.3041460.23345210100
3.3623-3.49680.2571380.22255220100
3.4968-3.65590.25111450.21085194100
3.6559-3.84860.22381420.19415238100
3.8486-4.08960.23011370.19055222100
4.0896-4.40520.17761470.17995241100
4.4052-4.84820.1781460.16745264100
4.8482-5.5490.21271450.19525287100
5.549-6.9880.2391460.23085354100
6.988-49.73510.18731540.1891542198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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