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- PDB-4pw7: structure of UHRF2-SRA in complex with a 5mC-containing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pw7
タイトルstructure of UHRF2-SRA in complex with a 5mC-containing DNA
要素
  • 5mC-containing DNA1
  • 5mC-containing DNA2
  • E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
キーワードLIGASE/DNA / SRA / 5hmC binding / 5hmC-containing DNA / methylation / nuclear / LIGASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO transferase activity / protein sumoylation / protein autoubiquitination / heterochromatin / pericentric heterochromatin / SUMOylation of transcription cofactors / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding ...SUMO transferase activity / protein sumoylation / protein autoubiquitination / heterochromatin / pericentric heterochromatin / SUMOylation of transcription cofactors / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cell cycle / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / SRA-YDG / PUA domain-like / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG ...: / : / : / : / SRA-YDG / PUA domain-like / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者ZHou, T. / Xiong, J. / Wang, M. / Yang, N. / Wong, J. / Zhu, B. / Xu, R.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Hydroxymethylcytosine Recognition by the SRA Domain of UHRF2.
著者: Zhou, T. / Xiong, J. / Wang, M. / Yang, N. / Wong, J. / Zhu, B. / Xu, R.M.
履歴
登録2014年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
C: 5mC-containing DNA1
D: 5mC-containing DNA2
E: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
F: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
G: 5mC-containing DNA1
H: 5mC-containing DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9218
ポリマ－116,9218
非ポリマー00
水16,790932
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
C: 5mC-containing DNA1
D: 5mC-containing DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4604
ポリマ－58,4604
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
2
E: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
F: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2
G: 5mC-containing DNA1
H: 5mC-containing DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4604
ポリマ－58,4604
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.331, 83.694, 83.686
Angle α, β, γ (deg.)89.97, 89.94, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase UHRF2 / Np95/ICBP90-like RING finger protein / Np95-like RING finger protein / Nuclear protein 97 / Nuclear ...Np95/ICBP90-like RING finger protein / Np95-like RING finger protein / Nuclear protein 97 / Nuclear zinc finger protein Np97 / RING finger protein 107 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 2 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 2


分子量: 25579.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF2, NIRF, RNF107 / プラスミド: pET28a-smt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL
参照: UniProt: Q96PU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: DNA鎖 5mC-containing DNA1


分子量: 3708.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5mC-containing DNA2


分子量: 3592.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% ethanol and 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 77335 / Num. obs: 75805 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7677 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1491)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OLN

3oln


解像度: 2.001→28.05 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 3802 5.02 %RANDOM
Rwork0.1634 ---
all0.166 77335 --
obs0.1657 75755 97.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→28.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6107 974 0 932 8013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96310480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6532925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421087
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0012-2.02650.29881280.24642512X-RAY DIFFRACTION94
2.0265-2.05320.27611370.23112663X-RAY DIFFRACTION97
2.0532-2.08130.26641330.21732643X-RAY DIFFRACTION97
2.0813-2.1110.27551500.21242657X-RAY DIFFRACTION97
2.111-2.14250.29621340.21482641X-RAY DIFFRACTION97
2.1425-2.1760.22031510.18932644X-RAY DIFFRACTION97
2.176-2.21160.26461440.19222641X-RAY DIFFRACTION97
2.2116-2.24980.22591420.19412627X-RAY DIFFRACTION97
2.2498-2.29060.25421440.18922658X-RAY DIFFRACTION97
2.2906-2.33470.25041460.18652734X-RAY DIFFRACTION98
2.3347-2.38230.20941450.18732575X-RAY DIFFRACTION98
2.3823-2.43410.23731240.18272622X-RAY DIFFRACTION98
2.4341-2.49070.24911180.18052720X-RAY DIFFRACTION98
2.4907-2.55290.24411420.16722663X-RAY DIFFRACTION98
2.5529-2.62190.21221680.16512696X-RAY DIFFRACTION98
2.6219-2.6990.21281490.16642671X-RAY DIFFRACTION98
2.699-2.7860.20081460.15872636X-RAY DIFFRACTION98
2.786-2.88550.21351380.1662665X-RAY DIFFRACTION98
2.8855-3.00090.20621490.15732697X-RAY DIFFRACTION99
3.0009-3.13730.2131360.16182700X-RAY DIFFRACTION99
3.1373-3.30250.19381350.14352699X-RAY DIFFRACTION99
3.3025-3.5090.15861300.14242690X-RAY DIFFRACTION99
3.509-3.77940.18171280.12842701X-RAY DIFFRACTION99
3.7794-4.15860.17951480.12982686X-RAY DIFFRACTION99
4.1586-4.75780.16811540.11912720X-RAY DIFFRACTION99
4.7578-5.98480.18941490.15492729X-RAY DIFFRACTION100
5.9848-28.05240.1971340.16472663X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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