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- PDB-4pvm: Neutron structure of human transthyretin (TTR) at room temperatur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pvm
タイトルNeutron structure of human transthyretin (TTR) at room temperature to 2.0A resolution (Laue)
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BETA SANDWICH / SERUM
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Fisher, S.J. / Blakeley, M.P. / Haupt, M. / Mason, S.A. / Cooper, J.B. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2014
タイトル: Binding site asymmetry in human transthyretin: insights from a joint neutron and X-ray crystallographic analysis using perdeuterated protein
著者: Haupt, M. / Blakeley, M.P. / Fisher, S.J. / Mason, S.A. / Cooper, J.B. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T.
履歴
登録2014年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_radiation / software / Item: _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 2.02024年3月20日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0732
ポリマ－28,0732
非ポリマー00
水1,60389
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin

A: Transthyretin
B: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1474
ポリマ－56,1474
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.680, 86.260, 65.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-220-

DOD

21A-221-

DOD

31A-221-

DOD

41A-247-

DOD

51B-215-

DOD

61B-235-

DOD

71B-237-

DOD

-
要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 14036.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PALB, TTR / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2.15M SODIUM MALONATE, 23MG/ML PROTEIN, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTOROTHER13.18-4.22
シンクロトロンESRF ID23-120.9791
検出器
タイプID検出器日付
LADI-III1IMAGE PLATE2010年5月12日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年2月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1NiTi multilayer filterLAUELneutron1
2SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
13.181
24.221
30.97911
反射

Entry-ID: 4PVM

解像度 (Å)Num. allNum. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(F)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)Biso Wilson estimate (Å2)
2-43.68172161348078.3225.10.18217.3
1.85-43.132171899.423.50.09327.419.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2-2.1140.3373.41524162.1
1.85-1.953.490.422.67297.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
QLDデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_914)精密化
LAUEGENデータ削減
LSCALEデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化

Baniso 12: -0 Å2 / % reflection Rfree: 10.01 % / 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBaniso 11 (Å2)Baniso 13 (Å2)Baniso 22 (Å2)Baniso 23 (Å2)Baniso 33 (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)Bsol (Å2)ksol (e/Å3)Biso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Num. reflection RworkFOM work R setSU ML位相誤差
2-36.378NEUTRON DIFFRACTION-1.0713-00.459300.6120.27090.20860.214713411339176.9311.4631.420.591
1.95-43.13X-RAY DIFFRACTION-0.30740-0.0845-00.3920.20250.15290.157718671865599.4421.3442.430.3986.4825.176.77167880.81820.1717.88
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1801 0 0 89 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0133836
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.3546829
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082289
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.007669
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9291029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection allTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.0001-2.07160.32011030.2797923NEUTRON DIFFRACTION10261060
2.0716-2.15450.32131100.2524987NEUTRON DIFFRACTION10971065
2.1545-2.25260.29421140.24311021NEUTRON DIFFRACTION11351066
2.2526-2.37130.25441120.25161014NEUTRON DIFFRACTION11261066
2.3713-2.51990.32481220.24741103NEUTRON DIFFRACTION12251072
2.5199-2.71440.30341400.24291254NEUTRON DIFFRACTION13941080
2.7144-2.98740.29621460.20251303NEUTRON DIFFRACTION14491084
2.9874-3.41940.23091540.19261396NEUTRON DIFFRACTION15501088
3.4194-4.3070.23441660.14871488NEUTRON DIFFRACTION16541094
4.307-36.3840.24161740.18141561NEUTRON DIFFRACTION17351093
1.95-2.00270.21951420.17281274X-RAY DIFFRACTION141613100
2.0027-2.06170.21631410.16471277X-RAY DIFFRACTION141813100
2.0617-2.12820.19751420.15241270X-RAY DIFFRACTION141213100
2.1282-2.20430.21631420.14621274X-RAY DIFFRACTION141613100
2.2043-2.29250.19381410.15291269X-RAY DIFFRACTION141013100
2.2925-2.39680.18571430.14471288X-RAY DIFFRACTION143113100
2.3968-2.52320.2161410.15081276X-RAY DIFFRACTION141713100
2.5232-2.68130.22191420.1581276X-RAY DIFFRACTION141813100
2.6813-2.88820.21191440.16351297X-RAY DIFFRACTION144113100
2.8882-3.17880.20661440.16021296X-RAY DIFFRACTION14401399
3.1788-3.63860.19971460.14711311X-RAY DIFFRACTION14571399
3.6386-4.58340.18661460.13081307X-RAY DIFFRACTION14531399
4.5834-43.14050.19951530.16591373X-RAY DIFFRACTION15261397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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