PDB-3do4: Crystal structure of transthyretin variant T60A at acidic pH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3do4

タイトル

Crystal structure of transthyretin variant T60A at acidic pH

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TTR / AMYLOID FIBRILS / POINT MUTATION / RETINOL-BINDING / THYROID HORMONE / Amyloid / Disease mutation / Gamma-carboxyglutamic acid / Glycoprotein / Hormone / Polymorphism / Polyneuropathy / Secreted / Vitamin A

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cendron, L. / Zanotti, G. / Folli, C. / Berni, R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Amyloidogenic potential of transthyretin variants: Insights from structural and computational analyses
著者: Cendron, L. / Trovato, A. / Seno, F. / Folli, C. / Alfieri, B. / Zanotti, G. / Berni, R.

履歴

登録	2008年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3do4.cif.gz	189.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3do4.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3do4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3do4_validation.pdf.gz	508 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3do4_full_validation.pdf.gz	550.6 KB	表示
XML形式データ	3do4_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	3do4_validation.cif.gz	58.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/3do4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/3do4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f41S 2g4e 3djr 3djs 3djt S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pvm-1 1ttr-2 3a4d-1 1iii-1 5u4a-1 2h4e-1 4pvl-1 3cxf-1 2noy-1 5h0x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (13) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (10) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (13)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (10)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

C: Transthyretin

D: Transthyretin

E: Transthyretin

F: Transthyretin

G: Transthyretin

H: Transthyretin

ヘテロ分子

110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Transthyretin

F: Transthyretin

G: Transthyretin

H: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Transthyretin

B: Transthyretin

C: Transthyretin

E: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.586, 75.907, 107.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	CYS	CYS	LEU	LEU	A	A	10 - 55	10 - 55
2	1	CYS	CYS	LEU	LEU	C	C	10 - 55	10 - 55
3	1	CYS	CYS	LEU	LEU	D	D	10 - 55	10 - 55
4	1	CYS	CYS	LEU	LEU	E	E	10 - 55	10 - 55
5	1	CYS	CYS	LEU	LEU	F	F	10 - 55	10 - 55
6	1	CYS	CYS	LEU	LEU	G	G	10 - 55	10 - 55
7	1	CYS	CYS	LEU	LEU	H	H	10 - 55	10 - 55
8	1	CYS	CYS	LEU	LEU	B	B	10 - 55	10 - 55
9	2	VAL	VAL	ASP	ASP	A	A	65 - 99	65 - 99
10	2	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	65 - 99	65 - 99
11	2	VAL	VAL	ASP	ASP	D	D	65 - 99	65 - 99
12	2	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	65 - 99	65 - 99
13	2	VAL	VAL	ASP	ASP	F	F	65 - 99	65 - 99
14	2	VAL	VAL	ASP	ASP	G	G	65 - 99	65 - 99
15	2	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	65 - 99	65 - 99
16	2	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	65 - 99	65 - 99
17	3	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	103 - 125	103 - 125
18	3	ARG	ARG	PRO	PRO	C	C	103 - 125	103 - 125
19	3	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	103 - 125	103 - 125
20	3	ARG	ARG	PRO	PRO	E	E	103 - 125	103 - 125
21	3	ARG	ARG	PRO	PRO	F	F	103 - 125	103 - 125
22	3	ARG	ARG	PRO	PRO	G	G	103 - 125	103 - 125
23	3	ARG	ARG	PRO	PRO	H	H	103 - 125	103 - 125
24	3	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	103 - 125	103 - 125

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13747.334 Da / 分子数: 8 / 変異: T60A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 15% PEG 4000, 0.05M NaAcetate, 0.1M AmmoniumAcetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9729 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→107.2 Å / Num. all: 38055 / Num. obs: 38055 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5558 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F41

1f41

解像度: 2.4→107.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 9.698 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26743	1900	5 %	RANDOM
R_work	0.20191	-	-	-
obs	0.20517	36139	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.332 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	0 Å²	-2.4 Å²
2-	-	-2.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→107.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7152	0	20	131	7303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	7367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.215	1.949	10055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.425	5	920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.842	23.684	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.527	15	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.628	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.267	0.3	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.333	0.5	4809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.5	535
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.35	0.3	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.472	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.287	2	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.794	3	7520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.254	2	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.206	3	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	416	medium positional	0.2	0.5
2	C	416	medium positional	0.19	0.5
3	D	416	medium positional	0.22	0.5
4	E	416	medium positional	0.2	0.5
5	F	416	medium positional	0.2	0.5
6	G	416	medium positional	0.22	0.5
7	H	416	medium positional	0.22	0.5
8	B	416	medium positional	0.16	0.5
1	A	390	loose positional	0.58	5
2	C	390	loose positional	0.52	5
3	D	390	loose positional	0.51	5
4	E	390	loose positional	0.68	5
5	F	390	loose positional	0.63	5
6	G	390	loose positional	0.58	5
7	H	390	loose positional	0.54	5
8	B	390	loose positional	0.52	5
1	A	416	medium thermal	6.15	2
2	C	416	medium thermal	2.65	2
3	D	416	medium thermal	2.58	2
4	E	416	medium thermal	2.43	2
5	F	416	medium thermal	3.14	2
6	G	416	medium thermal	3.12	2
7	H	416	medium thermal	4.5	2
8	B	416	medium thermal	2.92	2
1	A	390	loose thermal	9.46	10
2	C	390	loose thermal	4.09	10
3	D	390	loose thermal	5.4	10
4	E	390	loose thermal	4.83	10
5	F	390	loose thermal	5.22	10
6	G	390	loose thermal	5.04	10
7	H	390	loose thermal	7.04	10
8	B	390	loose thermal	5.71	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	139	-
R_work	0.274	2658	-
obs	-	-	99.68 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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