PDB-4pva: Crystal structure of GH62 hydrolase from thermophilic fungus Scyt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pva

タイトル

Crystal structure of GH62 hydrolase from thermophilic fungus Scytalidium thermophilum

要素

GH62 hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Arabinofuranosidase / arabinofuranohydrolase / GH62 hydrolase / fungal genomics / arabinoxylan / lignocellulose degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Scytalidium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Nocek, B. / Kaur, A.P. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: Microb Biotechnol / 年: 2015
タイトル: Functional and structural diversity in GH62 alpha-L-arabinofuranosidases from the thermophilic fungus Scytalidium thermophilum.
著者: Kaur, A.P. / Nocek, B.P. / Xu, X. / Lowden, M.J. / Leyva, J.F. / Stogios, P.J. / Cui, H. / Di Leo, R. / Powlowski, J. / Tsang, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2014年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pva.cif.gz	154.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pva.ent.gz	127.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pva_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pva_full_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示
XML形式データ	4pva_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	4pva_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pva	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pvi
類似構造データ	5ag3-1 3cxu-2 4ufp-1 1t1i-d 4y9s-2 4ufn-2 1is9-d 4ufp-2 4uhb-2 3cxu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GH62 hydrolase

ヘテロ分子

39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.004, 72.004, 61.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	GH62 hydrolase 分子量: 39198.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scytalidium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059U759*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.2 M ammonium di-hydrate phosphate, 12% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→28 Å / Num. all: 103224 / Num. obs: 97754 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.23→1.25 Å / % possible all: 52.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.23→27.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.17 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16211	4442	5 %	RANDOM
R_work	0.14298	-	-	-
obs	0.1439	84561	86.93 %	-
all	-	89003	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.531 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0.06 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→27.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2638	0	31	514	3183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.897	1.942	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.1	3	5726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.645	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.786	24.83	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.671	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.346	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.233→1.265 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	59	-
R_work	0.291	1176	-
obs	-	-	16.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.273	-0.0317	-0.0811	1.2926	-0.2195	0.9703	-0.0406	-0.1354	0.0171	-0.0244	0.0627	-0.1111	-0.0433	0.1106	-0.0221	0.0361	0.0157	-0.0071	0.0896	-0.0061	0.0562	-1.8728	1.0227	2.862
2	3.0248	-0.3539	0.1831	0.1469	0.1956	0.4712	-0.0791	-0.0975	-0.2491	0.0761	0.0306	0.0758	0.1353	0.0074	0.0485	0.055	0.0063	0.0325	0.049	0.0741	0.125	-28.8293	-13.3196	2.7445
3	0.3713	-0.0266	0.0121	0.4824	-0.0982	0.0388	-0.0665	-0.1329	-0.0615	0.0218	0.1267	0.1551	-0.0127	-0.0337	-0.0602	0.0255	0.0316	0.0264	0.0888	0.0649	0.0948	-29.3	1.5084	6.5268
4	1.6682	0.0659	0.3162	2.5573	0.1141	0.0688	-0.1766	-0.3145	-0.1082	0.2573	0.2008	0.3741	-0.0289	-0.0627	-0.0242	0.0549	0.0731	0.0696	0.1426	0.0874	0.1008	-34.5089	5.0312	13.094
5	0.6641	-0.2099	0.1309	0.4121	-0.0329	0.0498	-0.0345	-0.0044	0.0054	-0.0072	0.0479	0.1356	0.014	0.0188	-0.0134	0.045	-0.005	-0.0113	0.0483	0.0107	0.0827	-28.6519	13.3269	-8.5517
6	6.1268	-3.1082	2.1092	20.712	8.0956	5.1168	0.2459	0.6037	0.6429	-0.5021	-0.2219	-0.8281	-0.0953	0.2541	-0.024	0.0488	0.037	0.0199	0.1401	0.0002	0.1277	-16.4505	26.6109	9.0685
7	0.5928	-0.4738	-0.1311	0.4193	0.2192	0.9603	-0.0362	-0.0145	0.0803	0.0114	0.0459	-0.024	-0.0297	0.0399	-0.0098	0.0525	-0.009	-0.0099	0.0567	0.0226	0.0951	-22.9591	18.6261	-5.451
8	0.4548	-0.2053	0.0159	0.5279	0.184	0.6875	-0.0078	-0.0149	0.0128	-0.0213	0.0556	-0.0083	0.0057	0.0423	-0.0478	0.0451	0.0106	0.0063	0.0626	0.0012	0.0484	-12.532	8.3751	-6.4645
9	4.7688	-7.3945	1.6114	12.5682	0.4939	12.9987	0.6158	0.262	-0.0488	-0.8877	-0.5693	-0.2061	0.5812	0.3131	-0.0465	0.1719	0.049	-0.0066	0.1536	0.1199	0.2262	-13.5163	-8.0574	-14.1198
10	1.0094	0.4043	0.1572	1.1612	0.6359	0.376	-0.0061	-0.0212	0.0683	-0.0592	0.0377	0.0001	-0.0154	0.0224	-0.0316	0.0566	-0.0015	0.0144	0.0601	-0.0035	0.0645	-9.0734	9.0734	-6.3333
11	0.4894	-0.1763	0.1063	0.4453	0.0339	0.0598	-0.0202	-0.037	-0.0032	-0.0385	0.0736	-0.0703	-0.0022	0.0132	-0.0534	0.0511	0.0086	0.0032	0.0629	-0.0117	0.078	-7.0261	1.9477	-5.5742
12	4.7202	2.0026	2.755	3.054	-6.0689	25.3839	0.1158	-0.1831	-0.6293	-0.3367	-0.1399	-0.3978	1.2976	0.0776	0.024	0.1684	0.078	0.0798	0.1257	0.1866	0.3167	-14.0224	-15.108	-3.0737
13	0.494	-0.0341	-0.0571	0.667	0.249	0.2067	-0.0499	-0.1201	-0.056	0.025	0.0911	0.0186	0.0116	-0.0091	-0.0412	0.0477	0.0263	0.0048	0.0807	0.0263	0.0491	-15.1907	1.2837	4.5989
14	6.8034	-3.2406	-0.3441	10.0859	1.5046	1.5278	-0.0119	0.5289	-0.4368	-0.3091	0.1011	0.3499	-0.0026	0.1823	-0.0892	0.0577	-0.018	-0.0097	0.0855	-0.0376	0.072	-25.7394	-13.9128	-12.9958
15	2.4167	0.543	1.0963	0.3007	0.44	1.038	-0.0375	-0.0359	-0.1749	0.0275	0.0573	0.0355	0.0214	-0.0084	-0.0197	0.0446	0.0116	0.0086	0.0372	0.0345	0.0775	-19.7407	-8.6377	-1.0844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-7 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	53 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	138 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	148 - 177
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	178 - 182
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	183 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	220 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	255 - 259
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	260 - 268
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	269 - 294
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	295 - 299
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	300 - 332
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	333 - 338
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	339 - 350

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