PDB-4pv6: Crystal Structure Analysis of Ard1 from Thermoplasma volcanium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pv6

タイトル

Crystal Structure Analysis of Ard1 from Thermoplasma volcanium

要素

N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

キーワード

TRANSFERASE / N-terminal acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma volcanium (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.32 Å

データ登録者

Ma, C. / Lee, S.J. / Lee, B.J.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Structure of Thermoplasma volcanium Ard1 belongs to N-acetyltransferase family member suggesting multiple ligand binding modes with acetyl coenzyme A and coenzyme A.
著者: Ma, C. / Pathak, C. / Jang, S. / Lee, S.J. / Nam, M. / Kim, S.J. / Im, H. / Lee, B.J.

履歴

登録	2014年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pv6.cif.gz	489.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pv6.ent.gz	409.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pv6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pv6_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pv6_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	4pv6_validation.xml.gz	104.7 KB	表示
CIF形式データ	4pv6_validation.cif.gz	132.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/4pv6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x7bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ku4-1 2cnt-1 3gkn-1 3cqn-1 4ic9-d 2cnt-4 1xiy-2 3bx8-1 2cns-3 2ejb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

C: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

D: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

G: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

I: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

K: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

M: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

F: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

N: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

A: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

B: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

H: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

J: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

L: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

O: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

E: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

P: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

308 kDa, 16 ポリマー
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1

C: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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2

D: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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3

G: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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4

I: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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5

K: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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6

M: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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7

F: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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8

N: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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9

A: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 1 ポリマー
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10

B: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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11

H: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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12

J: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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13

L: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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14

O: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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15

E: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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16

P: N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.240, 129.935, 158.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	N-terminal acetyltransferase complex subunit [ARD1] 分子量: 18870.615 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 株: ATCC 51530 / DSM 4299 / JCM 9571 / NBRC 15438 / GSS1 / 遺伝子: TV0014, TvArd1, TVG0012647 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q97CT7
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.66 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris, HCl, potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 60855 / Num. obs: 57796
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2X7B

2x7b

解像度: 3.32→49.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 20.418 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2462	3078	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20522	-	-	-
obs	0.20729	57758	99.13 %	-
all	-	60855	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.51 Å²	-0 Å²	1.41 Å²
2-	-	2.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.32→49.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19559	0	405	51	20015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	20398
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	19139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.575	1.972	27644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	43708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.233	5	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.041	22.029	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.942	15	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.969	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	22586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.848	8.535	9599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.847	8.535	9598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.123	12.785	11962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.058	8.976	10799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.319→3.405 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	214	-
R_work	0.273	4027	-
obs	-	-	94.35 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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