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- PDB-4pv1: Cytochrome B6F structure from M. laminosus with the quinone analo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pv1
タイトルCytochrome B6F structure from M. laminosus with the quinone analog inhibitor stigmatellin
要素
  • (Cytochrome b6-f complex subunit ...) x 5
  • Apocytochrome f
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
キーワードELECTRON TRANSPORT/INHIBITOR / ALPHA HELIX / BETA SHEET / PLASTOQUINOL:PLASTOCYANIN OXIDOREDUCTASE / PLASTOCYANIN / THYLAKOID MEMBRANE / ELECTRON TRANSPORT-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / quinol-cytochrome-c reductase activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / photosynthesis / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB ...Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Iron-sulfur subunit PetC transmembrane anchor / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rudiment single hybrid motif / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PH / Octadecane / BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PENTADECANE / Chem-OPC / STIGMATELLIN A ...Chem-7PH / Octadecane / BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PENTADECANE / Chem-OPC / STIGMATELLIN A / Chem-SQD / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mastigocladus laminosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT, RESTRAINED REFINEMENT / 解像度: 3 Å
データ登録者Hasan, S.S. / Yamashita, E. / Cramer, W.A.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2014
タイトル: Traffic within the cytochrome b6f lipoprotein complex: gating of the quinone portal.
著者: Hasan, S.S. / Proctor, E.A. / Yamashita, E. / Dokholyan, N.V. / Cramer, W.A.
履歴
登録2014年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,19128
ポリマ－107,6518
非ポリマー10,54020
水28816
1
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子

A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,38256
ポリマ－215,30316
非ポリマー21,07940
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area88260 Å2
ΔGint-936 kcal/mol
Surface area78310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.085, 159.085, 361.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 24245.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83791
#3: タンパク質 Apocytochrome f


分子量: 31655.088 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 45-333 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83793
#4: タンパク質 Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein / ISP / RISP / Rieske iron-sulfur protein


分子量: 19422.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83794, EC: 1.10.9.1

-
Cytochrome b6-f complex subunit ... , 5種, 5分子 BEFGH

#2: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17687.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83792
#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit PetL / Cytochrome b6-f complex subunit VI


分子量: 3504.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83795
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit PetM / Cytochrome b6-f complex subunit VII


分子量: 3843.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83796
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit PetG / Cytochrome b6-f complex subunit V


分子量: 4016.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83797
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit PetN / Cytochrome b6-f complex subunit VIII


分子量: 3276.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mastigocladus laminosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P83798

-
非ポリマー , 13種, 36分子

#9: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#10: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#11: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#12: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#14: 化合物 ChemComp-7PH / (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 564.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H57O8P
#15: 化合物 ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane / オクタデカン


分子量: 254.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38
#16: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物 ChemComp-OPC / (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE / DIOLEOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 801.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H87NO8P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#19: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#20: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#21: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.9 %
解説: RPIM IS 0.035 (0.647 FOR THE HIGHEST RESOLUTION SHELL)
結晶化pH: 8.3
詳細: PH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.997→137.772 Å / Num. obs: 50303 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 38

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT, RESTRAINED REFINEMENT
解像度: 3→48.34 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.92 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 2552 5.08 %
Rwork0.216 --
obs0.217 50203 91.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 108.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7330 0 703 16 8049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64611253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7713240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0221189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.997-3.05470.4676620.38631029X-RAY DIFFRACTION37
3.0547-3.11710.3754800.35721404X-RAY DIFFRACTION50
3.1171-3.18480.38441140.31731996X-RAY DIFFRACTION70
3.1848-3.25890.35231320.30652517X-RAY DIFFRACTION89
3.2589-3.34040.29671570.2922773X-RAY DIFFRACTION98
3.3404-3.43070.32231510.28052838X-RAY DIFFRACTION99
3.4307-3.53160.30871330.26622879X-RAY DIFFRACTION100
3.5316-3.64560.3031740.24392834X-RAY DIFFRACTION100
3.6456-3.77580.28351440.23462879X-RAY DIFFRACTION100
3.7758-3.92690.26261580.20792863X-RAY DIFFRACTION100
3.9269-4.10560.23721510.20342888X-RAY DIFFRACTION100
4.1056-4.32190.21721440.19262900X-RAY DIFFRACTION100
4.3219-4.59250.21871550.17862910X-RAY DIFFRACTION100
4.5925-4.94670.19151690.16962906X-RAY DIFFRACTION100
4.9467-5.44390.22491600.17432915X-RAY DIFFRACTION100
5.4439-6.23030.25771500.21362974X-RAY DIFFRACTION100
6.2303-7.84410.22411630.21492998X-RAY DIFFRACTION100
7.8441-48.34260.22691550.22153148X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8916-1.49541.77331.1754-1.39571.6569-0.1221.08430.4842-0.5815-0.28810.0403-0.37840.9695-0.07541.4714-0.4817-0.0010.8916-0.05640.7266-27.60596.129837.7548
20.6081-0.55260.87260.534-0.79161.24850.40580.87380.3648-0.0057-0.1531-0.39590.24611.09140.09570.6035-0.40450.14321.3043-0.00590.885-21.530288.389618.6571
31.08420.02350.22330.44160.55681.49860.43080.50430.06320.51-0.20580.5106-0.0947-0.25540.03350.30550.05150.01130.4339-0.05270.5596-50.687570.401919.0278
40.5085-0.4166-0.12561.46530.53580.22590.3180.38380.2786-0.1815-0.09240.095-0.25440.41390.06330.20140.014-0.00430.65840.05180.2834-36.246470.39599.3238
50.63570.10890.11430.33270.14050.67960.08150.7274-0.1184-0.0463-0.08950.3350.05150.79970.4282-0.20790.325-0.02920.7263-0.11380.4394-33.97362.441415.8996
60.12490.1031-0.1590.16-0.00330.530.09080.3082-0.56150.30880.010.0520.0975-0.012-0.00080.45560.024-0.0570.6118-0.17510.6507-50.442150.587815.1363
70.9850.26680.56381.0812-0.49181.73340.16130.2565-0.28810.0221-0.1420.19020.15760.26550.00310.32140.0866-0.00080.4969-0.12810.4785-36.13659.98522.1064
80.124-0.3150.06711.39470.34210.23360.0319-0.3136-0.2449-0.32690.051-1.004-0.06660.65010.0970.37-0.23920.211.2661-0.05470.7943-8.988286.607512.4253
91.2036-0.610.05191.36570.61661.79460.2590.24840.6021-0.0939-0.19960.17050.01490.4686-0.02110.38270.01360.03970.61920.0890.3247-38.43580.396211.2647
100.0556-0.1906-0.09210.71840.34590.1506-0.16920.2138-0.39150.51211.1562-0.17120.8120.6254-0.01130.7474-0.1951-0.04861.3151-0.14490.7328-54.407750.43127.6146
110.8323-0.8404-0.37891.0459-0.38951.55170.2610.7945-0.4002-0.1958-0.16740.03210.16560.55450.00230.5170.17780.01611.0787-0.25180.5021-30.909755.85520.6772
120.8947-0.02650.22670.02450.16971.29520.00910.1036-1.34390.2493-0.50090.15441.4633-0.2291-0.03620.5980.0986-0.22191.0965-0.16281.1219-73.449146.79060.0274
132.22471.64870.93831.36820.37412.4165-0.04241.1067-0.0151-0.16460.06170.27640.21620.01470.04430.47980.1391-0.10371.1098-0.19930.6727-70.14457.7551-10.3187
140.9022-0.4922-0.26041.95390.04640.62250.32511.03380.3036-0.1316-0.05340.3497-0.1314-0.32190.20350.37980.1748-0.31391.3378-0.18180.6983-73.378556.2206-6.523
151.14060.0543-0.10030.5663-0.70530.8994-1.16650.6470.2462-0.96610.21760.1850.0268-0.0562-0.49541.94680.151-0.3821.7556-1.11052.8038-73.781520.8963-22.9371
16-0.4439-0.1582-0.5197-0.01770.27860.2070.16750.69430.0688-0.1961-0.02480.0312-0.3644-0.05260.22080.25230.2334-0.50180.892-0.6330.7688-63.83631.919-13.5915
170.6463-0.78270.05540.89530.21342.14580.51670.56560.79330.0724-0.19680.5375-0.7864-0.07170.07740.5158-0.04820.06120.4340.24720.5808-41.423594.27268.0894
181.5116-0.2401-0.85940.2670.00230.42790.10640.41260.9774-0.45510.24350.60670.330.23490.00210.577-0.02310.07420.50450.07010.718-43.884596.270917.1556
190.1644-0.2604-0.28390.57790.51130.35680.53670.2730.320.0862-0.35910.2415-0.20920.19190.00040.61430.16540.02580.48950.080.8071-81.515365.099240.6729
200.7690.57170.01260.46260.23670.3733-0.1651-0.97530.45011.5683-0.29421.2609-1.0686-0.43880.00391.79590.22260.39091.0824-0.09421.5962-77.452374.261854.6859
210.59250.3201-0.40860.1903-0.11580.38421.1109-0.139-0.7272-0.2344-0.2837-0.39250.5327-2.3107-0.00062.03440.1103-0.11071.91570.22982.771-84.950679.425141.425
222.1221-0.7971-1.27390.8030.08321.07830.80670.70840.701-0.0158-0.05220.4289-0.7866-0.50310.50430.6110.16930.27480.74770.56480.7141-46.119396.3609-3.6154
232.13780.326-0.1192.6843-0.58590.2112-0.2441.42460.226-0.82330.4531-0.1141-0.55261.03870.15680.5447-0.02960.01151.45250.28540.4454-40.344782.2469-6.6145
240.4773-0.68140.36241.1056-0.86080.72260.46830.35580.04740.07-0.23920.09450.13470.38350.08990.57920.08290.10041.0318-0.1610.381-33.944271.8396-3.4129
250.074-0.47640.05492.8552-0.33490.0378-0.1757-0.55950.8948-1.07880.69220.8259-0.22470.79760.0131.0713-0.10810.55661.89890.33431.3344-12.093484.013-1.5314
260.01580.0825-0.09190.3394-0.3950.3407-0.47130.0235-0.076-0.17690.1398-0.0369-0.68150.1483-0.08980.5762-0.04440.08151.05450.31780.9292-44.41685.6628-0.0893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 31 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 78 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 79 through 114 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 156 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 157 through 215 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 20 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 21 through 67 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 68 through 78 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 79 through 160 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 20 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 21 through 91 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 92 through 175 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 176 through 195 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 196 through 251 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 252 through 288 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 9 through 42 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 43 through 101 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 102 through 153 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 154 through 179 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 2 through 29 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 2 through 32 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 1 through 30 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 31 through 37 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 2 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る