PDB-4ptw: Halothermothrix orenii beta-glucosidase A, 2-deoxy-2-fluoro-gluco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ptw

タイトル

Halothermothrix orenii beta-glucosidase A, 2-deoxy-2-fluoro-glucose complex

要素

Glycoside hydrolase family 1

キーワード

HYDROLASE / (beta/alpha)8 fold / TIM barrel / glycoside hydrolase / beta-glucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Halothermothrix orenii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hassan, N. / Nguyen, T.H. / Kori, L.D. / Patel, B.K.C. / Haltrich, D. / Divne, C. / Tan, T.C.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Biochemical and structural characterization of a thermostable beta-glucosidase from Halothermothrix orenii for galacto-oligosaccharide synthesis.
著者: Hassan, N. / Nguyen, T.H. / Intanon, M. / Kori, L.D. / Patel, B.K. / Haltrich, D. / Divne, C. / Tan, T.C.

履歴

登録	2014年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif Item: _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2022年8月24日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4ptw.ent.gz	299.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4ptw_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
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CIF形式データ	4ptw_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4ptw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/4ptw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ptvC 4ptxC 3ta9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wc4-1 2wc4-3 2ces-1 6ziv-4 2cbv-1 1w3j-1 1oif-1 4ptv-2 2j79-1 2o9p-d 2z1s-d 2j79-2 2j77-2 3ta9-1 2j78-2 2j7f-1 5idi-2 2cbu-2 2j78-1 4gxp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside hydrolase family 1

B: Glycoside hydrolase family 1

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycoside hydrolase family 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycoside hydrolase family 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.983, 97.540, 109.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Glycoside hydrolase family 1

分子量: 52285.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Halothermothrix orenii (バクテリア)
株: H 168 / 遺伝子: bgla, Hore_15280 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8CYA8, beta-glucosidase

#2: 糖

ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose / 2-フルオロ-D-ブドウ糖

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₁FO₅

#3: 化合物

ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル

分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium cacodylate, sodium acetate, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator, Si(111) crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.781 Å / Num. all: 64629 / Num. obs: 64629 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_sym value: 0.157 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 8644 / R_sym value: 1.31 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TA9

3ta9

解像度: 2→47.78 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2349	2000	3.09 %	random
R_work	0.1774	-	-	-
all	0.1792	64627	-	-
obs	0.1792	64627	99.29 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7296	0	46	409	7751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7566
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	10247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.355	2793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1329

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3109	139	0.264	4366	99
2.05-2.1055	0.345	142	0.2467	4407	99
2.1055-2.1674	0.3242	140	0.2304	4437	99
2.1674-2.2374	0.2815	141	0.2168	4389	99
2.2374-2.3173	0.3151	142	0.2191	4438	99
2.3173-2.4101	0.2833	141	0.1932	4419	99
2.4101-2.5198	0.2026	141	0.1833	4426	99
2.5198-2.6526	0.2643	142	0.1793	4448	99
2.6526-2.8188	0.2605	143	0.1831	4484	99
2.8188-3.0364	0.2489	144	0.1875	4483	100
3.0364-3.3419	0.2228	143	0.173	4492	100
3.3419-3.8253	0.2029	144	0.1536	4534	100
3.8253-4.8188	0.1623	147	0.1322	4567	100
4.8188-47.7951	0.2222	151	0.1675	4737	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0163	0.0088	0.0046	0.0211	0.005	0.0096	0.0107	0.0095	0.0155	0.0058	0.0056	-0.0064	0.0035	0.0038	0.0147	0.0226	0.0279	-0.0219	0.0281	0.0081	0.084	6.8132	109.867	22.705
2	0.0061	0.0017	0.0078	0.0017	0.0003	0.0437	0.0213	-0.04	0.0429	0.0401	-0.0113	0.0104	0.0307	-0.0622	0.0026	0.0578	0.0124	0.0069	0.0546	-0.0102	0.0758	-0.8948	105.3926	28.9019
3	0.0101	-0.012	0.0258	0.0299	-0.0335	0.0651	0.0528	0.0209	-0.0222	-0.1065	-0.0102	0.005	0.0527	0.012	0.0208	0.0641	0.0259	0.0015	0.0433	-0.0041	0.0716	4.225	99.4813	12.7353
4	0.0282	-0.0127	0.0114	0.0618	0.0403	0.0451	0.03	0.0901	0.0061	-0.152	-0.0103	-0.0137	0.012	0.0379	0.032	0.1391	0.0495	0.0283	0.0167	-0.0518	-0.0792	5.1875	106.7447	-2.9272
5	0.0073	-0.007	-0.0108	0.0056	0.0069	0.0177	-0.0067	0.0257	0.0023	-0.0718	0.0218	-0.0669	-0.0417	0.025	0.0097	0.0916	0.0034	0.0661	0.0573	0.0139	0.0784	12.2075	118.2684	-0.837
6	0.0132	-0.0078	-0.0103	0.0135	-0.0104	0.0365	0.0481	0.0115	0.0106	-0.0626	-0.012	0.0075	-0.0338	0.0053	0.0612	0.1489	0.0017	-0.0482	0.0311	0.0248	0.043	1.8941	121.6054	4.3288
7	0.017	-0.0078	0.0037	0.0241	-0.0045	0.0012	0.0129	0.021	0.0293	-0.0058	0.0013	-0.0274	-0.0775	-0.014	0.0316	0.1787	0.0543	-0.0775	-0.0426	0.0171	0.0987	-0.1597	125.2927	17.6026
8	0.0083	0.0122	-0.0027	0.0198	-0.0022	0.002	0.0029	-0.0234	0.028	0.0415	-0.0034	-0.0025	-0.0452	-0.0055	-0.0005	0.1137	0.0508	-0.0651	0.0059	0.0063	0.0787	2.1586	123.3732	26.3278
9	0.0334	0.0047	0.0144	0.0075	-0.0176	0.0531	-0.0071	-0.0088	0.0109	-0.0128	0.0236	-0.0394	-0.0506	0.0255	0.015	0.0429	0.0547	-0.0037	0.0887	-0.0246	0.1003	41.6437	86.9014	-1.7029
10	0.0118	-0.0033	-0.0079	0.0145	-0.0032	0.0173	-0.0102	0.0113	-0.0225	-0.0011	0.017	-0.0292	0.012	-0.0082	0.0066	0.0445	0.0347	0.0349	0.0847	-0.0334	0.1031	35.5127	76.7226	-1.8933
11	0.0222	-0.006	-0.0004	0.0213	0.0051	0.0057	0.015	-0.0724	-0.0532	0.044	0.0469	0.0046	-0.0114	-0.0535	0.1227	-0.1071	0.099	0.1032	0.014	-0.0518	-0.0031	31.6458	82.0019	11.9181
12	0.1037	-0.0279	-0.0862	0.0453	-0.0118	0.1055	0.0116	-0.1667	-0.0028	0.1303	0.1045	-0.0006	-0.0142	0.067	0.0966	0.1187	0.0935	0.0208	0.1811	-0.04	-0.0043	39.7788	87.444	26.3529
13	0.0066	0.0015	-0.002	0.0012	0.0011	0.0022	0.0017	0.0006	0.0102	0.0153	0.0023	-0.0057	-0.0184	0.0134	-0.0013	0.1543	-0.0338	0.0169	0.117	-0.1226	0.1124	49.6482	102.6711	21.4199
14	0.0017	-0.0014	-0.0009	0.0003	-0.0002	0.0038	0.0082	-0.0336	-0.014	0.0155	0.0294	-0.014	0.0159	0.0076	0.026	0.1108	0.0856	-0.0649	0.2223	-0.0025	0.0738	51.3804	81.2642	22.6379
15	0.0597	-0.0241	0.0103	0.03	-0.0005	0.0021	0.0005	-0.0485	-0.0274	0.0211	0.0695	-0.0584	-0.0095	0.0814	0.0745	-0.0647	0.0312	-0.042	0.1219	-0.0566	0.0796	57.0597	88.3883	6.7004
16	0.0015	-0.001	-0.0037	0.0063	0.0076	0.0114	0.0034	0.0094	-0.003	-0.0146	0.043	-0.0811	-0.0037	0.0725	0.0265	0.0101	-0.0065	0.0114	0.1358	-0.0397	0.1053	54.2404	89.534	-1.9949

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 4:48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 49:110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 111:211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 212:289 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 290:315 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 316:354 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 355:408 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 409:448 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 4:71 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 72:110 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 111:211 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 212:303 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 304:330 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 331:354 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 355:408 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 409:448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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