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万見
- PDB-4pt4: Crystal structure Analysis of N terminal region containing the di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pt4
タイトルCrystal structure Analysis of N terminal region containing the dimerization domain and DNA binding domain of HU protein(Histone like protein-DNA binding) from Mycobacterium tuberculosis [H37Ra]
要素DNA-binding protein HU homolog
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DIMERIZATION BY FOUR HELIX BUNDLE INTERACTION / DNA condensation / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


biofilm matrix assembly / : / cellular response to iron ion starvation / DNA protection / nucleoid / chromosome condensation / supercoiled DNA binding / DNA-binding transcription activator activity / ferroxidase / ferroxidase activity ...biofilm matrix assembly / : / cellular response to iron ion starvation / DNA protection / nucleoid / chromosome condensation / supercoiled DNA binding / DNA-binding transcription activator activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / peptidoglycan-based cell wall / protein-DNA complex / cell wall organization / structural constituent of chromatin / iron ion transport / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DNA-binding protein HupB / DNA-binding protein HupB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Bhowmick, T. / Ramagopal, U.A. / Ghosh, S. / Nagaraja, V. / Ramakumar, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Targeting Mycobacterium tuberculosis nucleoid-associated protein HU with structure-based inhibitors
著者: Bhowmick, T. / Ghosh, S. / Dixit, K. / Ganesan, V. / Ramagopal, U.A. / Dey, D. / Sarma, S.P. / Ramakumar, S. / Nagaraja, V.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年5月21日ID: 3C4I
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年7月26日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity_name_com ...database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_related / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_related.details / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein HU homolog
B: DNA-binding protein HU homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5296
ポリマ－21,3442
非ポリマー1844
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.774, 53.974, 41.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein HU homolog / Histone-like protein


分子量: 10672.215 Da / 分子数: 2
断片: N terminal UNP residues 1-99 (dimerization domain and DNA binding domain)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
遺伝子: hupB, MRA_3015 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5U6Z7, UniProt: P9WMK7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.13 % / Mosaicity: 1.172 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 3M Sodium formate, 0.1M Tris-Cl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (Cryogenically cooled)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 10304 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.04-2.123.40.3919670.79792.9
2.12-2.213.60.34310100.90197.5
2.21-2.313.70.27410160.96199.1
2.31-2.433.90.24410400.92699.5
2.43-2.5840.20410290.98599.6
2.58-2.7840.1510361.02399.5
2.78-3.0640.10210301.12899.7
3.06-3.5140.07710441.2299.8
3.51-4.423.90.0610521.3199.8
4.42-503.70.06110801.43399.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P71

1p71


解像度: 2.04→41.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.2366 / WRfactor Rwork: 0.1766 / FOM work R set: 0.7719 / SU B: 15.753 / SU ML: 0.183 / SU R Cruickshank DPI: 0.2594 / SU Rfree: 0.2072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 491 4.8 %RANDOM
Rwork0.1877 ---
obs0.1906 10291 98.32 %-
all-10468 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.19 Å2 / Biso mean: 34.753 Å2 / Biso min: 18.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å2-0 Å21.14 Å2
2---1.82 Å20 Å2
3---3.44 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.249 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→41.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1465 0 12 86 1563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.9582009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77133432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8845194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3821.80361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03415252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8131520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0793.047782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0773.048783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1544.555974
LS精密化 シェル解像度: 2.037→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 33 -
Rwork0.271 618 -
all-651 -
obs--85.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4088-0.02930.17150.0342-0.06390.1783-0.00340.0301-0.02070.0020.0107-0.0023-0.01140.0077-0.00730.0262-0.00440.00160.0176-0.00630.002516.51519.0224-2.3187
20.5462-0.0436-0.01580.02840.02380.0757-0.0262-0.03340.02450.01030.0143-0.00090.01880.02270.01190.0197-0.00260.00310.01930.00040.003816.2236.11122.5959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 244
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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