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万見
- PDB-4psu: Crystal structure of alpha/beta hydrolase from Rhodopseudomonas p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4psu
タイトルCrystal structure of alpha/beta hydrolase from Rhodopseudomonas palustris CGA009
要素Alpha/beta hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Putative magnesium chelatase accessory protein / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha/beta hydrolase fold
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nocek, B. / Hajighasemi, M. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Yakunin, A.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of alpha/beta hydrolase from Rhodopseudomonas palustris CGA009
著者: Nocek, B. / Hajighasemi, M. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Yakunin, A.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7282
ポリマ－32,1811
非ポリマー5471
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.013, 87.425, 93.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase


分子量: 32181.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA1511 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N9M9, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% PEG3350, 4% Jeffmine M-600, 1/300 trypsin, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→32 Å / Num. all: 16900 / Num. obs: 16885 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→31.961 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 734 5.14 %RANDOM
Rwork0.1806 ---
all0.184 ---
obs0.1827 14607 88.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2127 0 22 69 2218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8463036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.562811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.28780.3061700.23041197X-RAY DIFFRACTION35
2.2878-2.39190.2821800.22961606X-RAY DIFFRACTION48
2.3919-2.5180.20821260.22552108X-RAY DIFFRACTION61
2.518-2.67560.31091150.22742688X-RAY DIFFRACTION79
2.6756-2.88210.30621790.22913133X-RAY DIFFRACTION93
2.8821-3.17190.27772160.20953321X-RAY DIFFRACTION99
3.1719-3.63030.21171810.17583396X-RAY DIFFRACTION99
3.6303-4.57170.18571650.14053348X-RAY DIFFRACTION99
4.5717-31.96470.16521720.16043267X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.948-0.20090.03811.4107-0.32170.94810.00370.12340.3222-0.07520.05890.22490.031-0.1027-0.13090.1812-0.01290.00440.17680.08730.243820.7117.938472.204
20.5079-0.1797-0.53460.21960.31150.6707-0.2014-0.0185-0.214-0.2038-0.03260.3230.1030.1283-0.21120.2068-0.00910.01480.16680.01110.24615.83351.043477.0525
30.1617-0.1518-0.08520.15550.03660.1905-0.0477-0.31760.17040.31860.11350.03910.14780.028600.32440.06310.03720.4076-0.070.294618.896214.449192.2976
41.2303-0.17060.27281.6538-0.27940.8717-0.08550.0145-0.0555-0.15350.02840.01160.2240.1077-0.00430.2413-0.03410.01070.18760.00590.226526.53280.486873.9388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 160 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 213 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 214 through 292 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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