PDB-4ps0: Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ps0

タイトル

Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides

要素

(BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE
Caspase-3

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

caspase-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis ...caspase-3 / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / glial cell apoptotic process / NADE modulates death signalling / luteolysis / response to cobalt ion / cellular response to staurosporine / death-inducing signaling complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / response to anesthetic / Apoptosis induced DNA fragmentation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / death receptor binding / Signaling by Hippo / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / axonal fasciculation / regulation of synaptic vesicle cycle / fibroblast apoptotic process / epithelial cell apoptotic process / Other interleukin signaling / platelet formation / negative regulation of cytokine production / positive regulation of amyloid-beta formation / execution phase of apoptosis / negative regulation of B cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / B cell homeostasis / negative regulation of cell cycle / response to tumor necrosis factor / cell fate commitment / response to amino acid / response to X-ray / Pyroptosis / regulation of macroautophagy / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to glucose / response to glucocorticoid / response to UV / keratinocyte differentiation / striated muscle cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein maturation / enzyme activator activity / erythrocyte differentiation / hippocampus development / response to nicotine / apoptotic signaling pathway / sensory perception of sound / protein catabolic process / regulation of protein stability / protein processing / response to hydrogen peroxide / response to wounding / neuron differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / peptidase activity / heart development / protease binding / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / response to hypoxia / postsynaptic density / response to xenobiotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Wolan, D.W. / Vickers, C.J. / Gonzalez-Paez, G.E.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Selective inhibition of initiator versus executioner caspases using small peptides containing unnatural amino acids.
著者: Vickers, C.J. / Gonzalez-Paez, G.E. / Litwin, K.M. / Umotoy, J.C. / Coutsias, E.A. / Wolan, D.W.

履歴

登録	2014年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4ps0.ent.gz	175.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ps0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

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アクチン (Actin)
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#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Caspase-3

B: Caspase-3

C: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE

D: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE

66.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Caspase-3

C: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE

登録者が定義した集合体
33.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Caspase-3

D: (BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE

登録者が定義した集合体
33.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.198, 69.189, 93.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Caspase-3 / CASP-3 / Apopain / Cysteine protease CPP32 / CPP-32 / Protein Yama / SREBP cleavage activity 1 / ...CASP-3 / Apopain / Cysteine protease CPP32 / CPP-32 / Protein Yama / SREBP cleavage activity 1 / SCA-1 / Caspase-3 subunit p17 / Caspase-3 subunit p12 分子量: 32722.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP3, CASPASE-3 CPP32, CPP32 / プラスミド: pet23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(de3)plyss / 参照: UniProt: P42574, caspase-3
#2: タンパク質・ペプチド	(BAL)LQ(HYP)(1U8) PEPTIDE 分子量: 704.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.15 M sodium citrate, pH 5.5, 14% PEG 6000, 0.3% sodium azide, 0.01 M DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→50 Å / Num. all: 76222 / Num. obs: 76222 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 477E

477e

解像度: 1.63→40.042 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1792	3836	5.04 %	random
R_work	0.153	-	-	-
obs	0.1543	76158	97.75 %	-
all	-	76158	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→40.042 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3938	0	0	476	4414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	4058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.553	5471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.962	1511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6298-1.6504	0.2638	126	0.2488	2537	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6504-1.6722	0.2303	127	0.2199	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6722-1.6951	0.2828	138	0.2192	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6951-1.7193	0.2497	144	0.2127	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7193-1.7449	0.2856	135	0.2009	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7449-1.7722	0.2147	156	0.1794	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7722-1.8013	0.2048	132	0.1763	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8013-1.8323	0.2168	135	0.1686	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8323-1.8656	0.2163	145	0.1754	2595	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8656-1.9015	0.2243	129	0.1818	2658	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9015-1.9403	0.2115	146	0.1943	2715	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9403-1.9825	0.1948	140	0.1531	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9825-2.0286	0.1751	130	0.1464	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0286-2.0794	0.2119	137	0.1624	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0794-2.1356	0.1819	142	0.1481	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1356-2.1984	0.1953	142	0.1462	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1984-2.2694	0.17	170	0.1551	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2694-2.3505	0.1603	160	0.1407	2608	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3505-2.4446	0.1805	131	0.1426	2661	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4446-2.5558	0.1636	151	0.1466	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5558-2.6905	0.1827	143	0.151	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6905-2.8591	0.1877	169	0.1561	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8591-3.0797	0.1848	160	0.1524	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0797-3.3895	0.1595	128	0.1487	2719	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3895-3.8797	0.1419	149	0.1359	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8797-4.8866	0.1475	124	0.123	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8866-40.0539	0.1769	147	0.1601	2757	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9083	-1.099	0.4655	1.9753	-0.1025	1.7169	0.0708	0.2002	-0.2814	0.0534	0.0095	0.096	0.1545	-0.0179	-0.0306	0.113	-0.02	0.0312	0.0749	0.002	0.1176	-12.0775	-12.7685	-33.7671
2	6.7283	-3.1831	0.6248	3.727	-0.111	1.7574	0.0213	0.1832	-0.1897	-0.1557	0.0328	0.2352	0.0562	-0.1879	-0.0102	0.1314	-0.039	-0.005	0.1505	-0.002	0.116	-16.6936	-5.9275	-43.373
3	5.3458	-0.5196	0.4132	1.3615	-0.219	1.1257	0.0044	0.0305	-0.3811	0.0666	0.0436	0.1562	0.1824	-0.1913	-0.0462	0.1908	-0.039	-0.0104	0.1544	-0.0227	0.2344	-19.4915	-17.1667	-34.6989
4	2.7439	-1.0566	0.5265	1.6893	-0.3166	1.5844	0.0139	-0.1691	-0.2375	0.1546	0.0518	0.1118	0.1812	-0.1902	-0.0736	0.1657	-0.0303	0.0036	0.1584	0.0111	0.2025	-16.7509	-13.9755	-27.0752
5	1.3776	-0.0637	0.4557	1.7868	-0.529	1.7348	-0.0071	-0.0737	0.0123	0.1312	0.0393	-0.0221	-0.0312	-0.0482	-0.0369	0.0975	0.0025	0.0296	0.1341	0.0059	0.119	-14.0671	-0.6494	-26.3547
6	1.2069	-1.0166	0.3838	2.6803	0.015	1.9881	0.0241	0.1258	0.0524	-0.074	0.0221	-0.1656	-0.0281	0.1932	-0.0371	0.1421	-0.02	0.0193	0.1882	0.0083	0.1711	-4.4314	2.1262	-36.3979
7	1.656	-1.1133	1.2902	2.5324	-1.4322	1.8796	0.0277	0.1302	0.0237	-0.0005	0.0067	-0.0578	-0.0469	0.0657	-0.0472	0.133	-0.0167	0.0264	0.1768	0.0021	0.1479	-10.4299	3.2141	-33.0978
8	2.9802	1.3465	-1.7843	2.1679	-1.3197	4.511	0.1987	-0.4089	0.2936	0.2801	-0.0892	0.0589	-0.5944	0.2982	-0.1331	0.2075	0.0175	-0.0251	0.1517	-0.0472	0.1772	-4.0837	13.9576	-11.1861
9	5.182	2.4276	-3.2713	2.8096	-1.6888	4.1685	0.0524	-0.2611	-0.0678	0.3552	-0.0283	-0.0654	-0.1059	0.0389	-0.0495	0.3215	0.0115	-0.0436	0.2606	-0.04	0.1629	-2.2006	7.2103	-0.9342
10	1.9144	0.0052	-1.5893	0.9577	-0.1147	2.8978	0.0572	-0.1586	0.3271	0.1719	-0.0204	0.1315	-0.494	-0.1853	-0.0432	0.392	0.0162	-0.0069	0.2889	-0.0959	0.2844	-9.0577	18.524	-6.4608
11	1.6098	0.513	-0.1563	1.9666	-0.5393	2.3904	-0.0421	-0.1605	0.2034	0.0753	0.0519	0.1837	-0.3884	-0.2158	-0.0498	0.2736	0.0432	0.0091	0.1988	-0.0516	0.2077	-11.9381	15.3937	-13.8929
12	1.3902	-0.3224	0.284	2.0573	-0.723	1.9077	-0.0202	-0.1593	-0.0325	0.0997	0.026	-0.0099	-0.0307	-0.0259	-0.0017	0.1362	0.0113	0.009	0.1606	-0.0104	0.134	-10.4982	1.796	-15.3292
13	1.7566	0.9619	0.0184	3.5666	-1.0518	3.7661	0.0101	-0.067	-0.1099	0.1373	0.0327	-0.267	-0.0216	0.2774	-0.0207	0.1756	0.0195	-0.0354	0.2326	-0.0109	0.1956	3.0187	-1.3713	-13.916
14	0.4735	0.0574	-0.2451	2.3702	-3.1725	5.9634	0.0186	-0.1879	-0.1072	0.1008	0.101	0.069	0.2253	-0.1283	-0.1253	0.2469	0.01	-0.0234	0.2396	0.0496	0.2088	-9.1699	-10.6341	-5.2315
15	6.5279	-0.2772	2.168	5.7352	-0.6729	8.5471	0.0336	0.1867	0.1347	0.089	0.0804	-0.296	-0.346	0.86	-0.0869	0.1891	-0.026	0.0054	0.1651	-0.0334	0.1428	0.8713	8.8403	-24.6263
16	8.2852	6.6387	0.5265	5.3236	0.3665	2.1875	0.097	0.7298	0.1149	-0.347	0.1021	0.2983	-0.3325	-0.1384	-0.1893	0.2063	0.0296	-0.0175	0.2762	0.0364	0.2408	-24.7134	7.1417	-42.3672
17	5.2628	-3.8504	-4.0152	2.8238	2.9371	3.0631	0.0767	-0.5322	-0.1227	1.3441	0.1708	-0.6215	0.8185	0.6667	-0.2415	0.5101	0.0537	-0.0456	0.4804	0.0795	0.2211	-9.6351	-5.6995	3.246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 34:59 )	A	34 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 60:80 )	A	60 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 81:105 )	A	81 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 106:155 )	A	106 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 156:213 )	A	156 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 214:246 )	A	214 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 247:279 )	A	247 - 279
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 34:59 )	B	34 - 59
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 60:80 )	B	60 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 81:105 )	B	81 - 105
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 106:154 )	B	106 - 154
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 155:213 )	B	155 - 213
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 214:246 )	B	214 - 246
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 247:267 )	B	247 - 267
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 268:276 )	B	268 - 276
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 402:403 )	C	402 - 403
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 402:403 )	D	402 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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