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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4ps1 | ||||||
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| Title | Caspase-8 specific unnatural amino acid peptides | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcaspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / Apoptotic execution phase / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis ...caspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / Apoptotic execution phase / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / self proteolysis / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / CLEC7A/inflammasome pathway / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / natural killer cell activation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / response to anesthetic / execution phase of apoptosis / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / response to tumor necrosis factor / B cell activation / positive regulation of proteolysis / macrophage differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of execution phase of apoptosis / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / proteolysis involved in protein catabolic process / T cell activation / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / Regulation of NF-kappa B signaling / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / NOD1/2 Signaling Pathway / protein processing / Regulation of necroptotic cell death / response to estradiol / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / lamellipodium / heart development / cell body / scaffold protein binding / response to ethanol / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.731 Å | ||||||
Authors | Wolan, D.W. / Vickers, C.J. / Gonzalez-Paez, G.E. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2014Title: Selective inhibition of initiator versus executioner caspases using small peptides containing unnatural amino acids. Authors: Vickers, C.J. / Gonzalez-Paez, G.E. / Litwin, K.M. / Umotoy, J.C. / Coutsias, E.A. / Wolan, D.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4ps1.cif.gz | 408.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4ps1.ent.gz | 334.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4ps1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4ps1_validation.pdf.gz | 487.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4ps1_full_validation.pdf.gz | 490.2 KB | Display | |
| Data in XML | 4ps1_validation.xml.gz | 44.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4ps1_validation.cif.gz | 65.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4ps1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4pryC ![]() 4przC ![]() 4ps0C ![]() 4jj7S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 31447.617 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 217-479 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CASP8, CASP8 MCH5, MCH5 / Plasmid: pet23b / Production host: ![]() #2: Protein/peptide | ( Mass: 704.767 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically #3: Chemical | ChemComp-DTT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.24 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M Sodium citrate, pH 5.5, 36% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.97945 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 3, 2014 / Details: mirrors |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.73→50 Å / Num. all: 119448 / Num. obs: 119448 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 4JJ7 Resolution: 1.731→44.95 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.72 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.731→44.95 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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