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- PDB-4pr9: Human Vinculin (residues 891-1066) in complex with PIP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pr9
タイトルHuman Vinculin (residues 891-1066) in complex with PIP
要素Vinculin
キーワードCELL ADHESION / STRUCTURAL PROTEIN / 5-helix bundle / cytoskeletal protein / lipids
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding ...regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / fascia adherens / cell-cell contact zone / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / brush border / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of cell migration / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / morphogenesis of an epithelium / cell projection / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / platelet aggregation / specific granule lumen / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cell-cell junction / Platelet degranulation / extracellular vesicle / actin binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIO / Vinculin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chinthalapudi, K. / Rangarajan, E.S. / Patil, D. / Izard, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanism and function of lipid-directed oligomerization of vinculin
著者: Chinthalapudi, K. / Rangarajan, E.S. / Patil, D. / Izard, T.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Vinculin
C: Vinculin
D: Vinculin
E: Vinculin
F: Vinculin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,55912
ポリマ－118,0436
非ポリマー2,5166
水72140
1
A: Vinculin
B: Vinculin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9335
ポリマ－39,3482
非ポリマー1,5853
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Vinculin
D: Vinculin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4403
ポリマ－39,3482
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Vinculin
F: Vinculin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1864
ポリマ－39,3482
非ポリマー8392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.579, 102.579, 190.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質
Vinculin


分子量: 19673.855 Da / 分子数: 6
断片: C-terminal domain (UNP residues 891-1066 of isoform 1)
変異: R1060A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / プラスミド: pGEX 6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18206
#2: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG3350, 2% tryptone, 0.05 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→88.836 Å / Num. all: 19218 / Num. obs: 19218 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 111.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RKE

1rke


解像度: 3.2→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9543 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.509 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2501 967 5.04 %RANDOM
Rwork0.2039 ---
obs0.2062 19178 99.68 %-
all-19218 --
原子変位パラメータBiso mean: 142.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7218 Å20 Å20 Å2
2--9.7218 Å20 Å2
3----19.4437 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.018 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7994 0 140 40 8174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1411033HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3179SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes209HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1153HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8211HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1173SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9535SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 144 5.26 %
Rwork0.234 2594 -
all0.2356 2738 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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