PDB-3d8t: Thermus thermophilus Uroporphyrinogen III Synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d8t

タイトル

Thermus thermophilus Uroporphyrinogen III Synthase

要素

Uroporphyrinogen-III synthase

キーワード

LYASE / heme biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III synthase activity / uroporphyrinogen III biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Schubert, H.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure and mechanistic implications of a uroporphyrinogen III synthase-product complex.
著者: Schubert, H.L. / Phillips, J.D. / Heroux, A. / Hill, C.P.

履歴

登録	2008年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d8t.cif.gz	232 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d8t.ent.gz	187.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d8nC 3d8rC 3d8sC 1jr2 1wd7 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gv0-d 1ud9-1 2ijx-3 3d8s-d 6guq-d 1jyf-d 4f56-1 5xss-1 1ud9-4 1isq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uroporphyrinogen-III synthase

B: Uroporphyrinogen-III synthase

ヘテロ分子

63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uroporphyrinogen-III synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uroporphyrinogen-III synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.750, 89.957, 74.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uroporphyrinogen-III synthase 分子量: 31376.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB27 / 遺伝子: TT_C0312 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72KM1, uroporphyrinogen-III synthase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, MgCl2, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月27日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 58034 / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.351

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.6→34.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.776 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	3324	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.192	48973	94.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.68 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4066	0	16	598	4680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	2.014	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.159	5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.283	22.102	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.634	15	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.393	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.483	1.5	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.258	2	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.051	3	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.552	4.5	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.753	3	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	6.14	3	466
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.975	3	4047

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	129	-
R_work	0.252	2733	-
obs	-	-	55.56 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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