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- PDB-4pp4: Minute virus of mice non-structural protein-1N-terminal nuclease ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pp4
タイトルMinute virus of mice non-structural protein-1N-terminal nuclease domain reveals a unique Zn2+ coordination in the active site pocket and shows a novel mode of DNA recognition at the origin of replication
要素Non-capsid protein NS-1
キーワードREPLICATION / Nuclease activity / single/double strand DNA binding / nicking protein
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling hairpin viral DNA replication / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity ...rolling hairpin viral DNA replication / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont-mediated perturbation of host transcription / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Parvovirus non-structural protein 1, N-terminal / Parvovirus non-structural protein 1, C-terminal / Parvovirus non-structural protein 1, C-terminal / Parvovirus non-structural protein 1 / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Initiator protein NS1
類似検索 - 構成要素
生物種Murine minute virus (マウス微小ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tewary, S.K. / Zhao, H. / Tang, L.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2014
タイトル: Structures of minute virus of mice replication initiator protein N-terminal domain: Insights into DNA nicking and origin binding.
著者: Tewary, S.K. / Liang, L. / Lin, Z. / Lynn, A. / Cotmore, S.F. / Tattersall, P. / Zhao, H. / Tang, L.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-capsid protein NS-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4915
ポリマ－32,3431
非ポリマー1474
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.940, 121.650, 41.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Non-capsid protein NS-1 / NCVP1 / Non-structural protein NS1


分子量: 32343.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-255 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine minute virus (マウス微小ウイルス)
株: MVM prototype / 遺伝子: NS1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3(834) / 参照: UniProt: P03134
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 2.8M sodium formate, 100mM sodium acetate trihydrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日
詳細: Mirrors Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.45 Å / Num. obs: 51499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.45→33.706 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1852 3676 3.87 %
Rwork0.1661 --
obs0.1668 51449 95.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2074 0 7 242 2323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1522880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.198774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4504-1.46950.30661080.2889267473
1.4695-1.48960.30791140.265284277
1.4896-1.51090.24661210.2571300482
1.5109-1.53340.30791410.2449335890
1.5334-1.55740.24521490.23623639100
1.5574-1.58290.29071480.22053674100
1.5829-1.61020.23561460.20963641100
1.6102-1.63950.19671460.1933365699
1.6395-1.6710.19631520.19133679100
1.671-1.70510.21861380.17593595100
1.7051-1.74220.20991460.1787372899
1.7422-1.78270.241440.1817363899
1.7827-1.82730.20591410.1728366499
1.8273-1.87670.18661500.1683364199
1.8767-1.9320.19061510.1662364399
1.932-1.99430.16511500.1683364399
1.9943-2.06560.20581470.1615364999
2.0656-2.14830.18121470.1597363099
2.1483-2.2460.18971420.1505363699
2.246-2.36440.181460.1531364799
2.3644-2.51250.17321490.1574365299
2.5125-2.70640.19521420.1627364299
2.7064-2.97860.20511490.1715358798
2.9786-3.40930.16771430.1684351096
3.4093-4.29390.12651390.1348347694
4.2939-33.71490.1771270.1526318586
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.9267 Å / Origin y: 42.9099 Å / Origin z: 20.799 Å
111213212223313233
T0.1002 Å20.0068 Å2-0.0073 Å2-0.0948 Å2-0.0308 Å2--0.0893 Å2
L1.4928 °20.4827 °2-0.345 °2-1.8488 °2-0.6136 °2--1.1861 °2
S0.0442 Å °-0.0039 Å °0.0688 Å °0.0055 Å °0.01 Å °-0.0666 Å °0.0096 Å °0.0066 Å °-0.0357 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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