[日本語] English
万見
- PDB-4pot: Structure of Human Polyomavirus 9 VP1 pentamer in complex with N-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pot
タイトルStructure of Human Polyomavirus 9 VP1 pentamer in complex with N-glycolylneuraminic acid containing 3'-sialyllactosamine
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / jelly roll fold / capsid formation / receptor interaction / carbohydrate / sialyloligosaccharide / viral coat protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Human polyomavirus 9 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khan, Z.M. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and glycan microarray analysis of human polyomavirus 9 VP1 identifies N-glycolyl neuraminic acid as a receptor candidate.
著者: Khan, Z.M. / Liu, Y. / Neu, U. / Gilbert, M. / Ehlers, B. / Feizi, T. / Stehle, T.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,28869
ポリマ－301,58010
非ポリマー9,70859
水43,1462395
1
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,61334
ポリマ－150,7905
非ポリマー4,82329
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29060 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area48620 Å2
手法PISA
2
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,67535
ポリマ－150,7905
非ポリマー4,88530
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28910 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area49430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.400, 177.650, 198.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEUAA46 - 5220 - 26
21THRTHRLEULEUBB46 - 5220 - 26
31THRTHRLEULEUCC46 - 5220 - 26
41THRTHRLEULEUDD46 - 5220 - 26
51THRTHRLEULEUEE46 - 5220 - 26
61THRTHRLEULEUFF46 - 5220 - 26
71THRTHRLEULEUGG46 - 5220 - 26
81THRTHRLEULEUHH46 - 5220 - 26
91THRTHRLEULEUII46 - 5220 - 26
101THRTHRLEULEUJJ46 - 5220 - 26
12GLYGLYGLYGLYAA140 - 160114 - 134
22GLYGLYGLYGLYBB140 - 160114 - 134
32GLYGLYGLYGLYCC140 - 160114 - 134
42GLYGLYGLYGLYDD140 - 160114 - 134
52GLYGLYGLYGLYEE140 - 160114 - 134
62GLYGLYGLYGLYFF140 - 160114 - 134
72GLYGLYGLYGLYGG140 - 160114 - 134
82GLYGLYGLYGLYHH140 - 160114 - 134
92GLYGLYGLYGLYII140 - 160114 - 134
102GLYGLYGLYGLYJJ140 - 160114 - 134
13ASPASPVALVALAA250 - 268224 - 242
23ASPASPVALVALBB250 - 268224 - 242
33ASPASPVALVALCC250 - 268224 - 242
43ASPASPVALVALDD250 - 268224 - 242
53ASPASPVALVALEE250 - 268224 - 242
63ASPASPVALVALFF250 - 268224 - 242
73ASPASPVALVALGG250 - 268224 - 242
83ASPASPVALVALHH250 - 268224 - 242
93ASPASPVALVALII250 - 268224 - 242
103ASPASPVALVALJJ250 - 268224 - 242
14SERSERPROPROAA280 - 287254 - 261
24SERSERPROPROBB280 - 287254 - 261
34SERSERPROPROCC280 - 287254 - 261
44SERSERPROPRODD280 - 287254 - 261
54SERSERPROPROEE280 - 287254 - 261
64SERSERPROPROFF280 - 287254 - 261
74SERSERPROPROGG280 - 287254 - 261
84SERSERPROPROHH280 - 287254 - 261
94SERSERPROPROII280 - 287254 - 261
104SERSERPROPROJJ280 - 287254 - 261

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.310071, 0.74329, -0.59277), (-0.697436, 0.601562, 0.389494), (0.646095, 0.292648, 0.704925)20.96739, 20.64163, -18.91958
3given(-0.805757, 0.49903, -0.318943), (-0.386365, -0.034766, 0.921691), (0.448863, 0.865887, 0.220821)53.2975, 11.35712, -13.10715
4given(-0.804925, -0.381288, 0.454659), (0.501543, -0.027712, 0.864689), (-0.317096, 0.924041, 0.213538)53.85766, -14.50073, 9.22254
5given(0.313982, -0.691338, 0.650744), (0.737374, 0.609325, 0.291554), (-0.598076, 0.388299, 0.701091)20.65329, -21.72684, 17.62349
6given(-0.811878, -0.443886, 0.379236), (-0.447651, 0.056307, -0.892434), (0.374785, -0.894313, -0.24442)49.56405, -40.59221, -72.06876
7given(-0.804373, 0.435414, -0.404227), (0.445981, -0.007014, -0.895015), (-0.392537, -0.900203, -0.188544)48.97663, -66.55318, -49.69522
8given(0.309688, 0.668838, -0.675832), (0.675749, -0.654853, -0.338425), (-0.668922, -0.351886, -0.654767)16.30397, -73.05834, -41.8099
9given(0.995164, -0.07457, -0.063932), (-0.073852, -0.997177, 0.013533), (-0.06476, -0.008746, -0.997863)-3.49411, -50.86768, -59.72261
10given(0.283912, -0.762966, 0.580756), (-0.764026, -0.545975, -0.343766), (0.57936, -0.346113, -0.737935)17.70153, -30.70048, -78.38499

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
VP1 / Major Capsid Protein


分子量: 30157.977 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 32-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human polyomavirus 9 (ウイルス) / 遺伝子: gp3, vp1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E9NQ90
#2: 多糖
N-glycolyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 690.603 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Gca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCCO/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Gc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 2444分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.15
詳細: 20% v/v isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.15, soaked in 40 mM (N-glycolyl neuraminic acid) 3'-sialyllactosamine for 20 minutes, cryoprotectant: 25% v/v ethylene ...詳細: 20% v/v isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.15, soaked in 40 mM (N-glycolyl neuraminic acid) 3'-sialyllactosamine for 20 minutes, cryoprotectant: 25% v/v ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bartels Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→132.422 Å / Num. all: 211585 / Num. obs: 212860 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.84 % / Biso Wilson estimate: 28.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.52
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.98 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 15585 / % possible all: 99.65

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0025精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4POQ

4poq


解像度: 2.1→132.422 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 9.523 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22428 10548 5 %RANDOM
Rwork0.18394 ---
all0.18595 211585 --
obs0.18595 201037 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→132.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20595 0 636 2395 23626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2222.00129681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16752708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.52125.598845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92153460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1541570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.23532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6731.55710838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1712.6213541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1271.77710909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.4816.72735773
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 401 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.110.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.150.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.090.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.130.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.150.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.150.5
7GMEDIUM POSITIONAL0.160.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.230.5
9IMEDIUM POSITIONAL0.110.5
10JMEDIUM POSITIONAL0.150.5
1AMEDIUM THERMAL1.612
2BMEDIUM THERMAL1.192
3CMEDIUM THERMAL1.172
4DMEDIUM THERMAL1.222
5EMEDIUM THERMAL1.252
6FMEDIUM THERMAL1.62
7GMEDIUM THERMAL1.312
8HMEDIUM THERMAL1.52
9IMEDIUM THERMAL1.432
10JMEDIUM THERMAL1.672
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 797 -
Rwork0.263 14761 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50250.70780.99171.89373.966310.663-0.054-0.09740.1855-0.28140.00140.0574-0.83150.29810.05260.271900.00490.1011-0.0370.171355.3404-31.2588-46.0626
20.4945-0.5067-0.6561.74390.06841.28150.0384-0.06220.1105-0.07630.0399-0.289-0.03380.1801-0.07830.22810.02470.01380.0869-0.01590.059356.1861-52.0684-64.0231
30.2613-0.03980.06320.73230.14620.87230.0052-0.04310.02170.0206-0.009-0.0839-0.02460.04880.00370.23260.01050.02120.02910.00450.014348.1615-51.929-57.8602
41.21220.70861.32291.86792.12813.90290.069-0.0769-0.00610.08320.0544-0.18490.09490.1114-0.12340.24610.01710.0180.0222-0.00540.027450.705-43.95-55.0506
50.50221.33492.24739.87472.082312.4606-0.1484-0.08120.044-0.4530.02460.1821-0.5687-0.50760.12380.384-0.0146-0.02140.0376-0.03470.089234.5364-8.2008-52.464
60.8973-0.0183-0.01970.87180.30461.13770.0260.0120.1279-0.1106-0.07790.0148-0.17440.04410.05190.30420.02240.00530.0370.01750.028831.6129-27.5079-77.8989
70.41520.02880.14420.48280.14990.35830.02490.00490.0316-0.075-0.0332-0.0307-0.03180.01090.00830.28930.01560.0140.02310.00480.005133.7867-35.3913-72.16
80.50450.53770.46973.63882.32292.43330.0151-0.02690.0494-0.00560.0222-0.075-0.05320.1369-0.03730.23860.01270.0070.0248-0.00520.010330.8934-27.2784-68.0537
90.70231.64621.53897.77284.32473.50650.0469-0.15120.07440.504-0.2220.27120.1598-0.31810.17510.26590.03780.01960.1339-0.05530.10890.0473-26.8665-48.0458
100.84310.46410.16380.4040.10511.2523-0.0089-0.03130.1641-0.0798-0.0930.2165-0.1772-0.22740.10190.31210.0429-0.06370.1138-0.06330.1506-0.8045-37.9883-69.2172
110.36440.0041-0.16430.66860.17910.36740.0240.01360.0032-0.0223-0.05570.1067-0.0295-0.08870.03170.26270.0061-0.02590.0469-0.01940.02298.8141-39.9912-67.0609
120.4507-0.4982-0.27414.11882.43812.22610.00850.00740.0454-0.119-0.04860.0614-0.1625-0.06280.04010.2296-0.0024-0.00860.0616-0.01720.0134.6561-35.6848-59.4326
131.51770.0122-1.73476.70494.4915.8481-0.121-0.3317-0.10770.67210.24650.02810.16770.4365-0.12540.37010.02780.10960.20080.05480.12596.632-45.8632-21.8284
140.46640.02690.32830.9350.56461.54310.0043-0.0857-0.05490.1481-0.09150.16690.1113-0.16180.08720.263-0.0440.0230.069-0.00070.11562.6138-65.8326-44.194
150.1496-0.09510.05460.38670.02840.4263-0.0268-0.0161-0.05020.0184-0.01170.08610.0195-0.08020.03850.2661-0.0280.00580.0565-0.02030.06017.0693-59.4676-50.2949
160.7657-0.4726-0.84481.6341.81922.86960.015-0.03410.0054-0.022-0.09120.1442-0.0542-0.1470.07620.23510.0015-0.00320.04020.00850.03518.7354-56.8857-40.4034
174.156-2.3321-2.63645.85365.9637.82980.0984-0.44490.45030.11930.3228-0.399-0.28080.7397-0.42120.3718-0.0201-0.02760.2119-0.01170.091941.0953-51.9355-21.243
180.80060.0257-0.06821.21460.6431.28010.0191-0.1629-0.09120.1620.0459-0.10770.20010.1303-0.0650.2890.0198-0.00090.05920.03210.045338.2211-69.976-38.804
190.46530.0656-0.07460.1636-0.02920.51970.0024-0.0791-0.05030.042-0.03590.04360.08740.010.03350.2910.01110.00730.02830.00930.035430.5096-67.6181-45.7221
200.6833-0.1388-0.33671.64232.35154.8755-0.0019-0.0998-0.02350.0788-0.05830.02420.0769-0.11890.06010.26310.01550.00980.02980.01130.011837.1224-63.4545-38.5978
210.4913-0.4714-0.22925.06093.04162.223-0.06250.0424-0.0941-0.2066-0.140.4027-0.1719-0.1660.20250.2269-0.01930.01830.08680.01470.05520.5443-14.5082-1.9585
220.208-0.1432-0.09550.9780.22130.4088-0.0223-0.0747-0.02270.0568-0.03790.16570.0501-0.07760.06020.25980.00340.02450.08820.00210.03997.8135-11.01656.109
231.0873-0.11170.3510.9107-0.15841.0820.0175-0.1355-0.15680.0584-0.03950.05420.101-0.06140.0220.281-0.00340.02680.05580.02070.032613.1881-17.513210.4106
240.36350.52390.06722.15270.69170.7058-0.0095-0.0212-0.05760.03670.00030.01410.1196-0.00190.00920.24820.0164-0.00310.04590.01690.03286.9448-16.7839-2.1464
250.69122.09021.61728.3024.55954.1157-0.0910.1749-0.0129-0.47640.1764-0.0384-0.11970.371-0.08540.3070.0291-0.00210.14510.01020.06258.6145-1.0443-34.6414
260.49-0.2293-0.79581.3820.27731.39870.0440.1851-0.0512-0.2143-0.13990.2677-0.1377-0.37860.0960.30390.0551-0.05350.1505-0.05020.07535.36614.3031-15.2751
270.47880.23830.06380.51070.21280.5985-0.01580.0082-0.0182-0.0326-0.00120.0516-0.0164-0.08030.0170.24910.0167-0.00610.01360.00040.014611.15227.1786-12.7598
2811.5632-8.07219.32116.7207-4.688311.098-0.6999-1.8153-0.79690.44681.06540.9497-0.4562-1.8866-0.36550.48350.0396-0.04250.40820.02350.5639-5.3485-9.6669-36.1034
291.80652.39173.94094.94416.718511.70450.01510.3604-0.2763-0.07530.5832-0.3510.21130.9816-0.59830.3169-0.07380.03660.1744-0.00950.101643.30490.2923-37.7022
300.83290.00410.23991.18240.69990.8537-0.05130.12030.0238-0.18350.0854-0.0143-0.19840.2176-0.03410.2895-0.040.00380.0737-0.00150.023541.197716.0954-24.3149
310.5719-0.1346-0.00080.2598-0.05660.6407-0.00650.0244-0.0136-0.00180.01420.0263-0.04080.038-0.00770.2644-0.02030.00340.00680.00110.002735.894912.9877-17.5555
322.2814-7.69575.28427.6459-20.080515.31310.050.0856-0.18050.59520.5980.8321-0.9083-0.8729-0.6480.62310.2116-0.04880.71730.13310.146733.04534.5151-50.702
330.63360.29190.2532.26563.0147.29340.00760.0204-0.13320.25030.0082-0.08440.46240.1702-0.01580.180.03-0.01470.08440.01360.093857.3405-15.9275-5.5688
340.6550.36390.71821.88280.27760.89570.03450.1311-0.1379-0.11870.1396-0.54210.00740.2071-0.17410.262-0.04310.02740.1533-0.04990.202660.852-3.6641-5.8396
350.1525-0.06460.04280.55380.09640.4631-0.0209-0.0299-0.019-0.0040.009-0.0930.02140.07180.0120.2445-0.0076-0.00620.07050.00180.028851.0037-2.365-4.5744
360.9479-0.6515-0.83552.43552.67544.07860.02590.0343-0.0044-0.05840.0864-0.1815-0.03090.1352-0.11230.2294-0.0139-0.00480.03540.00970.033353.1486-10.961-8.0456
374.91530.5422-3.19847.95456.52768.1472-0.57950.6175-0.4631-0.1292-0.29990.73340.4132-0.73560.87950.43040.0039-0.0550.1533-0.04470.255430.6021-42.3643-5.3221
380.6048-0.1314-0.0550.18990.10050.495-0.0246-0.0822-0.06760.13780.02410.00920.06480.0220.00050.29540.00730.00110.08310.03330.016233.3909-20.324514.3248
390.84220.4007-0.11460.7346-0.18430.6834-0.0333-0.0529-0.12120.11120.0168-0.13530.07940.08240.01650.27480.0075-0.02050.07470.00830.030544.4875-19.366910.214
400.3783-0.3325-0.01471.91690.66210.57250.01030.031-0.0430.0526-0.0122-0.01160.05280.05430.00190.24750.00230.00220.07340.02370.017332.1716-26.235.2402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3A107 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4A248 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5B34 - 44
6X-RAY DIFFRACTION6B45 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7B109 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8B247 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9C34 - 54
10X-RAY DIFFRACTION10C55 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11C111 - 247
12X-RAY DIFFRACTION12C248 - 302
13X-RAY DIFFRACTION13D34 - 48
14X-RAY DIFFRACTION14D49 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15D110 - 243
16X-RAY DIFFRACTION16D244 - 302
17X-RAY DIFFRACTION17E34 - 50
18X-RAY DIFFRACTION18E51 - 122
19X-RAY DIFFRACTION19E123 - 251
20X-RAY DIFFRACTION20E252 - 302
21X-RAY DIFFRACTION21F34 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22F71 - 179
23X-RAY DIFFRACTION23F180 - 240
24X-RAY DIFFRACTION24F241 - 304
25X-RAY DIFFRACTION25G33 - 53
26X-RAY DIFFRACTION26G54 - 109
27X-RAY DIFFRACTION27G110 - 297
28X-RAY DIFFRACTION28G298 - 302
29X-RAY DIFFRACTION29H34 - 53
30X-RAY DIFFRACTION30H54 - 122
31X-RAY DIFFRACTION31H123 - 297
32X-RAY DIFFRACTION32H298 - 302
33X-RAY DIFFRACTION33I34 - 68
34X-RAY DIFFRACTION34I69 - 109
35X-RAY DIFFRACTION35I110 - 247
36X-RAY DIFFRACTION36I248 - 302
37X-RAY DIFFRACTION37J34 - 50
38X-RAY DIFFRACTION38J51 - 179
39X-RAY DIFFRACTION39J180 - 238
40X-RAY DIFFRACTION40J239 - 304

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る