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- PDB-4pos: Structure of Human Polyomavirus 9 VP1 pentamer in complex with 3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pos
タイトルStructure of Human Polyomavirus 9 VP1 pentamer in complex with 3'-sialyllactosamine
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / jelly roll fold / capsid formation / receptor interaction / carbohydrate / sialyloligosaccharide / viral coat protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-N-acetyllactosamine / ISOPROPYL ALCOHOL / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Human polyomavirus 9 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Khan, Z.M. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and glycan microarray analysis of human polyomavirus 9 VP1 identifies N-glycolyl neuraminic acid as a receptor candidate.
著者: Khan, Z.M. / Liu, Y. / Neu, U. / Gilbert, M. / Ehlers, B. / Feizi, T. / Stehle, T.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,51569
ポリマ－301,58010
非ポリマー8,93559
水45,4522523
1
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,92034
ポリマ－150,7905
非ポリマー4,13029
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31310 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area47920 Å2
手法PISA
2
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,59535
ポリマ－150,7905
非ポリマー4,80530
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32900 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area48140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.910, 180.630, 199.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEUAA46 - 5220 - 26
21THRTHRLEULEUBB46 - 5220 - 26
31THRTHRLEULEUCC46 - 5220 - 26
41THRTHRLEULEUDD46 - 5220 - 26
51THRTHRLEULEUEE46 - 5220 - 26
61THRTHRLEULEUFF46 - 5220 - 26
71THRTHRLEULEUGG46 - 5220 - 26
81THRTHRLEULEUHH46 - 5220 - 26
91THRTHRLEULEUII46 - 5220 - 26
101THRTHRLEULEUJJ46 - 5220 - 26
12GLYGLYGLYGLYAA140 - 160114 - 134
22GLYGLYGLYGLYBB140 - 160114 - 134
32GLYGLYGLYGLYCC140 - 160114 - 134
42GLYGLYGLYGLYDD140 - 160114 - 134
52GLYGLYGLYGLYEE140 - 160114 - 134
62GLYGLYGLYGLYFF140 - 160114 - 134
72GLYGLYGLYGLYGG140 - 160114 - 134
82GLYGLYGLYGLYHH140 - 160114 - 134
92GLYGLYGLYGLYII140 - 160114 - 134
102GLYGLYGLYGLYJJ140 - 160114 - 134
13ASPASPVALVALAA250 - 268224 - 242
23ASPASPVALVALBB250 - 268224 - 242
33ASPASPVALVALCC250 - 268224 - 242
43ASPASPVALVALDD250 - 268224 - 242
53ASPASPVALVALEE250 - 268224 - 242
63ASPASPVALVALFF250 - 268224 - 242
73ASPASPVALVALGG250 - 268224 - 242
83ASPASPVALVALHH250 - 268224 - 242
93ASPASPVALVALII250 - 268224 - 242
103ASPASPVALVALJJ250 - 268224 - 242
14SERSERPROPROAA280 - 287254 - 261
24SERSERPROPROBB280 - 287254 - 261
34SERSERPROPROCC280 - 287254 - 261
44SERSERPROPRODD280 - 287254 - 261
54SERSERPROPROEE280 - 287254 - 261
64SERSERPROPROFF280 - 287254 - 261
74SERSERPROPROGG280 - 287254 - 261
84SERSERPROPROHH280 - 287254 - 261
94SERSERPROPROII280 - 287254 - 261
104SERSERPROPROJJ280 - 287254 - 261

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.311726, 0.747854, -0.586124), (-0.683344, 0.605061, 0.408585), (0.660203, 0.273158, 0.699655)18.60553, 19.42274, -18.44719
3given(-0.802332, 0.519845, -0.293299), (-0.35834, -0.026539, 0.933214), (0.477343, 0.853848, 0.207574)49.13464, 11.22408, -14.03958
4given(-0.79968, -0.361954, 0.479062), (0.519366, -0.016635, 0.85439), (-0.301281, 0.932047, 0.201289)49.93406, -12.47107, 6.81693
5given(0.317284, -0.67609, 0.665006), (0.739265, 0.615552, 0.273098), (-0.593984, 0.404966, 0.695115)20.2246, -19.58803, 15.71243
6given(-0.855093, -0.402815, 0.32643), (-0.388692, 0.08138, -0.917767), (0.343125, -0.911656, -0.226159)45.61149, -43.31053, -70.83093
7given(-0.766137, 0.466371, -0.44219), (0.477921, -0.046578, -0.877167), (-0.429682, -0.883362, -0.187204)42.10028, -66.77619, -49.82066
8given(0.360679, 0.639884, -0.678571), (0.642792, -0.697706, -0.316267), (-0.675817, -0.32211, -0.66296)11.29791, -70.51871, -43.86893
9given(0.988844, -0.14019, -0.050344), (-0.140263, -0.990112, 0.002091), (-0.050139, 0.004994, -0.99873)-4.76908, -48.71139, -61.40253
10given(0.237558, -0.781265, 0.577227), (-0.777966, -0.508857, -0.368556), (0.581666, -0.361509, -0.728681)16.58204, -32.15887, -78.03145

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 19分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
VP1 / Major Capsid Protein


分子量: 30157.977 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 32-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human polyomavirus 9 (ウイルス) / 遺伝子: gp3, vp1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E9NQ90
#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 2573分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.15
詳細: 20% v/v isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.15, soaked in 40 mM 3'-sialyllactosamine for 20 minutes, cryoprotectant: 25% v/v ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 20% v/v isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.15, soaked in 40 mM 3'-sialyllactosamine for 20 minutes, cryoprotectant: 25% v/v ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bartels Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→133.876 Å / Num. all: 230735 / Num. obs: 235564 / % possible obs: 97.95 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.97
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.81 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Num. unique all: 16974 / % possible all: 98.02

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0025精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4POQ

4poq


解像度: 2→133.876 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.128 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21318 11549 5 %RANDOM
Rwork0.17856 ---
all0.1803 230735 --
obs0.1803 219186 97.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→133.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20646 0 584 2523 23753
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.99829673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17752721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75625.583849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.703153456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1651571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.651.39710878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1472.35113595
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.9546.25736254
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A216MEDIUM POSITIONAL0.080.5
2B216MEDIUM POSITIONAL0.090.5
3C216MEDIUM POSITIONAL0.090.5
4D216MEDIUM POSITIONAL0.080.5
5E216MEDIUM POSITIONAL0.090.5
6F216MEDIUM POSITIONAL0.10.5
7G216MEDIUM POSITIONAL0.10.5
8H216MEDIUM POSITIONAL0.150.5
9I216MEDIUM POSITIONAL0.060.5
10J216MEDIUM POSITIONAL0.110.5
1A175LOOSE POSITIONAL0.165
2B175LOOSE POSITIONAL0.185
3C175LOOSE POSITIONAL0.175
4D175LOOSE POSITIONAL0.225
5E175LOOSE POSITIONAL0.225
6F175LOOSE POSITIONAL0.195
7G175LOOSE POSITIONAL0.235
8H175LOOSE POSITIONAL0.465
9I175LOOSE POSITIONAL0.165
10J175LOOSE POSITIONAL0.245
1A216MEDIUM THERMAL0.82
2B216MEDIUM THERMAL0.912
3C216MEDIUM THERMAL0.692
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10J216MEDIUM THERMAL1.082
1A175LOOSE THERMAL1.0510
2B175LOOSE THERMAL1.3510
3C175LOOSE THERMAL1.1510
4D175LOOSE THERMAL1.6510
5E175LOOSE THERMAL1.1210
6F175LOOSE THERMAL1.3610
7G175LOOSE THERMAL1.3110
8H175LOOSE THERMAL1.0910
9I175LOOSE THERMAL0.9810
10J175LOOSE THERMAL1.5310
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 895 -
Rwork0.285 16039 -
obs-16039 97.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7161-0.00030.31552.7843.75798.2216-0.0286-0.00130.152-0.33070.0574-0.0826-0.63080.3431-0.02890.2085-0.01120.01920.10780.010.08252.2392-39.6427-57.0261
20.3962-0.15260.00272.39921.00562.0534-0.02090.01120.0542-0.00370.1755-0.3071-0.13510.3601-0.15450.21210.03050.0250.11-0.01490.046652.8155-47.9544-55.6965
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190.74650.1763-0.2550.295-0.13170.45320.016-0.0487-0.07820.0656-0.02730.01370.1695-0.01850.01120.32280.00530.00510.05610.00460.013526.0038-68.39-46.8481
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240.33040.26030.16370.38110.12190.5050.0159-0.0438-0.01450.0603-0.02920.07840.0342-0.07720.01330.26710.01880.04690.0875-0.00270.05027.7408-12.7763.46
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270.42910.11430.07990.2620.04230.6434-0.0108-0.01240.0096-0.01750.00320.087-0.0727-0.11970.00770.26980.03790.01790.0646-0.01210.0658.17516.9133-13.0893
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330.3307-0.11010.18922.13924.647912.2037-0.01480.0622-0.18230.18210.1431-0.08240.6860.4645-0.12830.23510.0410.02360.177-0.03380.17353.8486-23.6146-18.6594
340.42180.41240.58572.12410.46941.42880.01540.0685-0.07040.04560.1702-0.39560.06540.3565-0.18560.252-0.0235-0.01970.183-0.04950.112858.0608-5.0909-2.5032
350.2118-0.1172-0.00990.57660.04480.5398-0.0145-0.0043-0.00650.01420.0209-0.1093-0.01560.0961-0.00640.2532-0.0221-0.0020.0889-0.01030.026848.7395-2.4728-5.2534
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376.07731.0852-3.34879.72281.83778.86960.10510.2578-0.31910.2331-0.12550.29110.3848-0.3620.02040.4502-0.00720.01610.0279-0.01190.040831.0691-44.2993-8.6407
380.99630.0278-0.04631.4360.77951.3805-0.0027-0.0126-0.1480.208-0.02110.04580.280.02110.02380.37590.01530.00010.08740.03310.036332.0469-25.532615.6248
390.2860.1129-0.02470.59620.12540.4169-0.0094-0.0603-0.05570.15290.0148-0.05140.04740.0414-0.00540.31220.0043-0.00540.07140.00980.012535.6869-18.20511.4044
400.359-0.0191-0.08441.50330.68891.11490.00990.033200.03960.0169-0.06770.08690.0612-0.02680.27180.00740.01120.06220.00840.005130.0027-23.79024.2675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3A123 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4A246 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5B34 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6B66 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7B123 - 247
8X-RAY DIFFRACTION8B248 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9C34 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10C54 - 102
11X-RAY DIFFRACTION11C103 - 109
12X-RAY DIFFRACTION12C110 - 302
13X-RAY DIFFRACTION13D33 - 48
14X-RAY DIFFRACTION14D49 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15D110 - 297
16X-RAY DIFFRACTION16D298 - 302
17X-RAY DIFFRACTION17E34 - 65
18X-RAY DIFFRACTION18E66 - 122
19X-RAY DIFFRACTION19E123 - 245
20X-RAY DIFFRACTION20E246 - 302
21X-RAY DIFFRACTION21F34 - 70
22X-RAY DIFFRACTION22F71 - 102
23X-RAY DIFFRACTION23F103 - 109
24X-RAY DIFFRACTION24F110 - 304
25X-RAY DIFFRACTION25G34 - 68
26X-RAY DIFFRACTION26G69 - 109
27X-RAY DIFFRACTION27G110 - 265
28X-RAY DIFFRACTION28G266 - 302
29X-RAY DIFFRACTION29H33 - 53
30X-RAY DIFFRACTION30H54 - 109
31X-RAY DIFFRACTION31H110 - 247
32X-RAY DIFFRACTION32H248 - 302
33X-RAY DIFFRACTION33I32 - 53
34X-RAY DIFFRACTION34I54 - 109
35X-RAY DIFFRACTION35I110 - 247
36X-RAY DIFFRACTION36I248 - 302
37X-RAY DIFFRACTION37J32 - 46
38X-RAY DIFFRACTION38J47 - 109
39X-RAY DIFFRACTION39J110 - 220
40X-RAY DIFFRACTION40J221 - 304

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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