PDB-4poo: The crystal structure of Bacillus subtilis YtqB in complex with SAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4poo

タイトル

The crystal structure of Bacillus subtilis YtqB in complex with SAM

要素

Putative RNA methylase

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann-like fold / a putative methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Park, S.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of a putative SAM-dependent methyltransferase, YtqB, from Bacillus subtilis
著者: Park, S.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2014年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4poo.cif.gz	146.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4poo.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4poo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4poo_validation.pdf.gz	920.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4poo_full_validation.pdf.gz	922.5 KB	表示
XML形式データ	4poo_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	4poo_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4poo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4poo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ponSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yq5-1 1i6w-d 2z80-1 5otm-d 5yq5-2 1qol-4 3vko-d 2j0u-2 6trr-1 5ct4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative RNA methylase

B: Putative RNA methylase

ヘテロ分子

44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.066, 77.661, 100.481
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	6 - 11
2	1	1	5	B	6 - 11
1	2	1	5	A	13 - 21
2	2	1	5	B	13 - 21
1	3	1	5	A	24 - 53
2	3	1	5	B	24 - 53
1	4	1	5	A	56 - 151
2	4	1	5	B	56 - 151
1	5	1	5	A	154 - 158
2	5	1	5	B	154 - 158
1	6	1	5	A	161 - 166
2	6	1	5	B	161 - 166
1	7	1	5	A	168 - 176
2	7	1	5	B	168 - 176
1	8	1	5	A	180 - 188
2	8	1	5	B	180 - 188
1	1	2	1	A	301
2	1	2	1	B	301

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative RNA methylase 分子量: 21789.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア) 株: ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23 / 遺伝子: BSUW23_14785, ytqB / プラスミド: a modified pET49b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E0TY72
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30-36% PEG200/5% PEG2000/0.1M sodium cacodylate (pH 6.5) or 30-36% PEG200/5% PEG2000/0.1 M Hepes (pH 7.0) , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291 K PH範囲: 6.5, 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1)
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 19185 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PON

4pon

解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 14.6 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25995	982	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22013	-	-	-
obs	0.22207	18155	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.166 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2595	0	54	10	2659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.983	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.977	3	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.526	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.97	25.185	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.699	15	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.417	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.701	1.5	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.198	1.5	715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.239	2	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.215	3	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.504	4.5	910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	2	B	41	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	865	medium positional	0.18	0.5
1	1	A	910	loose positional	0.41	5
2	2	B	41	tight thermal	0.23	0.5
1	1	A	865	medium thermal	0.67	2
1	1	A	910	loose thermal	0.85	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.261 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	73	-
R_work	0.245	1271	-
obs	-	-	95.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.422	2.6842	0.6434	5.8032	1.8309	5.8976	0.2122	-0.1663	-0.0158	0.1054	-0.2647	-0.3125	-0.5242	0.3209	0.0525	0.6474	-0.0788	0.0078	0.1285	-0.0352	0.2146	13.8	30.071	117.907
2	2.2821	0.2471	-0.3125	5.6419	1.1176	3.1251	0.1456	-0.1913	0.2438	0.1644	-0.3106	0.6728	-0.0644	-0.3174	0.165	0.551	0.0026	-0.0012	0.227	-0.1277	0.2718	1.189	20.286	115.367
3	2.0407	-0.2394	0.2021	7.0305	0.997	2.3778	-0.008	0.0924	-0.2278	-0.8008	-0.0158	-0.5727	-0.0632	0.0989	0.0237	0.4663	0.0029	0.1013	0.0498	-0.0082	0.2061	9.815	-7.399	97.096
4	1.2555	0.9766	-0.4687	10.9989	1.2872	1.8582	0.1394	-0.3728	-0.1174	0.5267	-0.3409	0.35	0.0144	-0.2358	0.2014	0.5276	-0.043	0.0158	0.2229	-0.023	0.1574	3.487	-1.797	111.186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	112 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	116 - 190

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関連情報:EMDBヘッダ

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