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- PDB-4pon: The crystal structure of a putative SAM-dependent methyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pon
タイトルThe crystal structure of a putative SAM-dependent methyltransferase, YtqB, from Bacillus subtilis
要素Putative RNA methylase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann-like fold / a putative methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Putative rRNA methylase / Putative rRNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative RNA methylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, S.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of a putative SAM-dependent methyltransferase, YtqB, from Bacillus subtilis
著者: Park, S.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative RNA methylase
B: Putative RNA methylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5802
ポリマ－43,5802
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.859, 76.570, 100.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 191 / Label seq-ID: 7 - 197

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Putative RNA methylase


分子量: 21789.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
株: ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23 / 遺伝子: BSUW23_14785, ytqB / プラスミド: a modified pET49b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E0TY72
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30-36% PEG200/5% PEG2000/0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) or 30-36% PEG200/5% PEG2000/0.1 M Hepes (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
PH範囲: 6.5, 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月24日
放射モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 30744 / Num. obs: 30744 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EEY

3eey


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.813 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23595 1526 5 %RANDOM
Rwork0.20005 ---
obs0.20192 28698 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2629 0 0 154 2783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9633631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94734387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9645343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83225.75120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21515478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.84158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022982
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8611.51703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2311.5702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51822723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3523985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.864.5905
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2137 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.385
Bloose thermal2.0110
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 95 -
Rwork0.241 2094 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8629-1.6691-0.02475.72190.95121.68930.13090.12410.0317-0.2951-0.13430.03220.06120.09380.00340.24410.0337-0.01290.0624-0.00330.1567-10.779-29.554-16.279
21.96-1.5661-0.50310.42221.22731.04980.02660.0769-0.3841-0.2042-0.31311.49770.0801-0.11460.28640.202-0.0125-0.01710.0443-0.08760.3819-23.925-20.543-12.584
31.31670.68-0.1883.10430.30341.2412-0.0705-0.15680.08520.33190.093-0.26680.06090.0463-0.02250.15830.0197-0.05570.0316-0.03830.2138-16.6797.6983.784
41.6565-0.0711-0.28825.39350.73081.7874-0.07340.17940.0102-0.31520.01810.0004-0.0287-0.04620.05530.1422-0.0152-0.01350.0233-0.01690.1281-21.4461.68-10.727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2A115 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4B116 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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