PDB-4pod: Structure of Triosephosphate Isomerase I170V mutant human enzyme.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pod

タイトル

Structure of Triosephosphate Isomerase I170V mutant human enzyme.

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM Alpha/Beta Barrel / TIM Barrel / Glycolytic

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / Gluconeogenesis / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis / Glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Amrich, C.G. / Aslam, A.A. / Heroux, A. / VanDemark, A.P.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
著者: Roland, B.P. / Amrich, C.G. / Kammerer, C.J. / Stuchul, K.A. / Larsen, S.B. / Rode, S. / Aslam, A.A. / Heroux, A. / Wetzel, R. / VanDemark, A.P. / Palladino, M.J.

履歴

登録	2014年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pod.cif.gz	282.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pod.ent.gz	231.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pod_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pod_full_validation.pdf.gz	432 KB	表示
XML形式データ	4pod_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	4pod_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/4pod	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pocSC 4zvjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r2r-2 4zvj-d 6upf-d 5i3h-d 2vom-1 6c2g-2 4jeq-6 1r2s-2 6up5-d 4jeq-4 1hti-d 6nlh-2 6oog-1 6d43-d 6xhr-2 1tcd-d 1ci1-d 5i3i-2 1tpw-d 1sux-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.659, 70.729, 91.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27211.986 Da / 分子数: 2 / 変異: I170V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPI, TPI1 / プラスミド: pLC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+RILP / 参照: UniProt: P60174, triose-phosphate isomerase

#1: タンパク質

Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase

分子量: 27211.986 Da / 分子数: 2 / 変異: I170V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPI, TPI1 / プラスミド: pLC3 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon+RILP / 参照: UniProt: P60174, triose-phosphate isomerase

-
非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.18 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 34% PEG 2000 MME, 0.05 KBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→38.488 Å / Num. all: 132933 / Num. obs: 27738 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.139 / Χ²: 2.119 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	1.7	0.474	960	1.326	1	67.4
2.03-2.07	2	0.455	1092	1.218	1	76.9
2.07-2.11	2.3	0.494	1225	1.28	1	86.7
2.11-2.15	2.7	0.477	1315	1.445	1	92.3
2.15-2.2	3.4	0.496	1369	1.441	1	96.7
2.2-2.25	4.1	0.517	1403	1.557	1	99.1
2.25-2.31	4.8	0.486	1411	1.605	1	99.6
2.31-2.37	5.5	0.445	1467	1.461	1	99.7
2.37-2.44	5.6	0.412	1413	1.459	1	100
2.44-2.52	5.3	0.372	1425	1.465	1	99.9
2.52-2.61	5.6	0.318	1425	1.515	1	99.7
2.61-2.71	5.3	0.29	1433	1.741	1	99.9
2.71-2.84	5.6	0.249	1452	1.849	1	99.9
2.84-2.99	5.6	0.208	1437	2.056	1	99.9
2.99-3.17	5.7	0.165	1452	2.247	1	99.9
3.17-3.42	5.4	0.138	1459	2.565	1	99.9
3.42-3.76	6	0.114	1464	2.927	1	99.9
3.76-4.31	5.8	0.093	1468	3.204	1	99.7
4.31-5.42	5.8	0.082	1483	3.097	1	99.4
5.42-40	5.3	0.074	1585	3.372	1	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 43.02 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.88 Å
Translation	2.5 Å	45.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4POC

4poc

解像度: 1.99→38.488 Å / FOM work R set: 0.856 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2131	1200	4.33 %	RANDOM
R_work	0.1704	-	-	-
obs	0.1722	27688	95.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.3 Å² / B_iso mean: 35.24 Å² / B_iso min: 18.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→38.488 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3694	0	9	267	3970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779	5102
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	660
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.528	1361

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9902-2.0698	0.2994	119	0.27	2067	2186	68
2.0698-2.164	0.2541	120	0.2308	2729	2849	90
2.164-2.2781	0.2496	120	0.2066	3047	3167	99
2.2781-2.4208	0.2229	120	0.1838	3046	3166	100
2.4208-2.6077	0.2493	180	0.1806	3005	3185	100
2.6077-2.8701	0.2048	120	0.1789	3106	3226	100
2.8701-3.2852	0.1977	120	0.1733	3101	3221	100
3.2852-4.1382	0.1884	180	0.1484	3101	3281	100
4.1382-38.495	0.2001	120	0.1467	3268	3388	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.159	0.1875	0.0456	0.3989	-0.0409	-0.0377	-0.0293	0.3794	-0.0627	-0.1997	0.0699	0.106	-0.0647	-0.2153	0.0001	0.3309	0.033	-0.0488	0.3599	-0.0225	0.2782	-9.862	11.608	-15.321
2	0.8534	-0.2693	-0.215	0.7802	-0.0578	0.1119	0.0051	0.0129	-0.0343	-0.0281	-0.0058	-0.0452	-0.0295	0.0082	-0	0.2531	-0.0138	0.012	0.2593	-0.0107	0.2186	3.31	7.805	-7.027
3	0.9594	0.3794	0.0327	0.209	-0.0292	0.0326	0.075	-0.2521	0.2593	-0.1105	0.0157	0.0482	-0.1018	0.1812	0.0004	0.2761	-0.0248	0.0266	0.3097	-0.051	0.3416	5.03	26.003	-0.046
4	0.1381	0.218	0.0192	0.3025	-0.0751	0.34	-0.0037	0.0735	0.1785	-0.0557	0.0035	-0.0363	-0.0533	0.0759	0.0001	0.214	-0.0204	0.0072	0.2555	0.0291	0.2398	-0.482	24.919	-5.072
5	0.1923	0.1677	0.1407	0.2445	0.3762	0.3173	-0.233	0.2382	0.4249	-0.0786	0.0913	0.0991	0.0603	-0.0288	-0.0003	0.2965	-0.0007	-0.0197	0.3067	0.0371	0.3579	1.105	30.621	-10.791
6	0.2073	-0.1295	0.041	0.1805	0.0489	0.0291	0.0993	0.1588	0.149	-0.026	-0.1312	0.0133	0.0135	0.1188	-0.0002	0.3017	0.0278	-0.0426	0.3408	0.0393	0.3068	-11.516	23.518	-14.763
7	0.0623	0.0103	-0.2252	-0.0117	0.0204	0.2248	-0.2004	0.0945	-0.2926	0.0922	0.0669	-0.2171	0.1978	-0.1134	0.0002	0.3375	-0.0138	0.0574	0.2925	0.0036	0.3625	4.13	-13.869	2.595
8	0.0645	-0.0628	-0.0169	0.0783	0.0622	0.0851	-0.082	0.0672	-0.2861	-0.3163	-0.0624	0.0197	0.4276	0.05	-0.0006	0.4253	0.0092	0.0183	0.3185	-0.0811	0.3808	6.357	-15.65	-11.045
9	0.3386	0.031	0.2173	0.0053	0.0158	0.144	-0.0938	0.275	-0.4949	-0.2638	-0.1956	-0.2574	0.3331	-0.2763	-0.0878	0.4031	-0.0001	0.1165	0.3117	-0.1008	0.5099	0.334	-20.009	-0.362
10	0.2962	0.0436	-0.3469	0.3151	-0.2278	0.4308	-0.066	-0.1828	-0.1673	-0.0987	-0.0203	0.0251	0.1293	-0.2866	-0.0001	0.3051	-0.0357	0.0234	0.2484	0.008	0.2836	-2.58	-9.536	-4.848
11	0.1174	0.1225	-0.0487	0.5433	-0.2941	0.1391	-0.0094	-0.0847	-0.0502	0.0651	-0.0142	0.0402	-0.1	-0.0131	-0	0.2514	-0.008	0.0213	0.2418	0.0079	0.2396	-4.658	-0.369	6.506
12	0.466	0.2668	-0.2146	0.228	-0.3024	0.7138	-0.1242	-0.202	0.585	0.0409	-0.2304	0.2099	-0.0643	0.2595	-0.01	0.3101	-0.0231	-0.0061	0.3905	-0.0038	0.3037	5.893	-6.067	17.36
13	0.0531	0.0826	0.0796	0.0941	0.1271	0.1304	0.3228	-0.4902	0.1679	0.4052	-0.1587	0.055	-0.2488	-0.1673	-0.0002	0.4093	-0.0018	0.0465	0.4719	0.0703	0.3718	-0.275	-5.857	23.166
14	0.5139	0.2804	0.2765	0.6337	0.4272	0.4842	0.0671	-0.1021	-0.5725	0.0627	-0.0382	0.0476	0.1612	-0.1565	0.2361	0.299	0.0159	0.0336	0.3094	0.1439	0.3373	-5.047	-12.325	14.434
15	0.0259	-0.0143	0.003	0.0485	0.0628	0.0709	0.1893	-0.0575	-0.2898	-0.0219	-0.2173	-0.2111	-0.3688	0.2766	-0	0.3258	-0.0066	0.0221	0.494	0.0867	0.3894	16.197	-10.319	13.556
16	0.0707	0.0604	0.0614	0.0871	0.0926	0.1361	-0.1078	-0.5669	-0.1897	0.2402	-0.0495	-0.2734	0.1481	0.4016	-0.0002	0.3666	-0.0011	0.0016	0.4172	0.1084	0.4197	3.767	-16.985	23.832
17	1.465	-0.1861	-0.1844	0.191	0.2687	0.3054	0.1687	-0.6306	-0.0585	0.1724	-0.0501	-0.0918	0.2138	0.1732	-0.0182	0.3023	0.0202	0.0503	0.2767	0.1046	0.4156	2.129	-18.41	15.195
18	0.185	0.0021	0.2277	0.2139	0.0955	0.3241	-0.1017	-0.1498	-0.3003	-0.1409	-0.1473	-0.0398	0.0471	0.1796	-0.0466	0.3688	0.0631	0.0853	0.3057	0.0662	0.4573	9.517	-21.304	6.544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:43 )	A	4 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 44:118 )	A	44 - 118
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 119:152 )	A	119 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 153:176 )	A	153 - 176
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 177:215 )	A	177 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 216:247 )	A	216 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 3:16 )	B	3 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 17:30 )	B	17 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 31:43 )	B	31 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 44:66 )	B	44 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 67:117 )	B	67 - 117
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 118:137 )	B	118 - 137
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 138:152 )	B	138 - 152
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 153:164 )	B	153 - 164
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 165:176 )	B	165 - 176
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 177:194 )	B	177 - 194
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 195:215 )	B	195 - 215
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 216:246 )	B	216 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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